PDB-5dl6: Crystal structure of Acinetobacter baumannii OccAB2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dl6

タイトル

Crystal structure of Acinetobacter baumannii OccAB2

要素

Putative porin for vanillate trafficking (VanP)

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / beta-barrel / antibiotic uptake Acinetobacter

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / membrane => GO:0016020 / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Zahn, M. / Basle, A. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Outer Membrane Permeability of Acinetobacter baumannii.
著者: Zahn, M. / Bhamidimarri, S.P. / Basle, A. / Winterhalter, M. / van den Berg, B.

履歴

登録	2015年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dl6.cif.gz	169.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dl6.ent.gz	136.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dl6_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dl6_full_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示
XML形式データ	5dl6_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	5dl6_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/5dl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/5dl6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dl5C 5dl7C 5dl8C 3sysS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dl7-d 4frx-1 3jty-2 3jty-3 3szd-1 3sy9-1 1pew-3 3sy7-d 1l4i-d 4ft6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative porin for vanillate trafficking (VanP)

47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.169, 150.169, 105.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	177
Space group name H-M	P622

#1: タンパク質	Putative porin for vanillate trafficking (VanP) 分子量: 47026.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E4HLL9, UniProt: A0A5P9QVH7*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22% PEG 400 0.2 M calcium chloride 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→55.32 Å / Num. obs: 15640 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0131	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SYS

3sys

解像度: 2.9→55.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 45.275 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.845 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28424	746	4.8 %	RANDOM
R_work	0.23703	-	-	-
obs	0.23951	14888	97.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.17 Å²	0.58 Å²	0 Å²
2-	-	1.17 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→55.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3170	0	0	0	3170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	3250
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.177	1.943	4402
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.145	3	6794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.573	5	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.265	24.083	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.349	15	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.08	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.032	4.137	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.032	4.136	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.275	6.204	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.275	6.204	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.145	4.371	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.145	4.371	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.481	6.483	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.297	33.106	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.297	33.109	3398
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.473	54	-
R_work	0.299	1085	-
obs	-	-	99.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0758	0.5928	0.1649	6.0531	-4.3404	5.5523	0.0393	0.0191	-0.0074	-0.1769	-0.0051	0.0371	0.3594	-0.0335	-0.0343	0.1059	0.0443	-0.0219	0.1216	-0.0885	0.0689	13.5214	45.22	25.8263
2	1.1055	0.0741	0.2898	1.4033	-0.3849	0.1954	0.0872	0.08	0.0172	-0.2059	-0.117	-0.0871	0.0874	0.0782	0.0298	0.1876	-0.0035	-0.0111	0.2296	0.023	0.0107	30.3038	47.0429	25.9947
3	0.065	-0.2336	-0.4052	1.9134	2.8538	4.3519	0.0056	0.1313	0.0686	-0.0478	-0.261	0.2798	-0.0156	-0.5295	0.2555	0.4656	0.0874	0.0006	0.3777	0.2204	0.3404	32.8279	31.3349	30.9429
4	1.9206	-0.7459	0.6944	1.32	-0.6354	0.4075	0.1676	0.3972	-0.0623	-0.1767	-0.1233	0.177	0.1141	0.1112	-0.0442	0.2324	0.0753	-0.0396	0.2594	-0.0602	0.0687	20.8846	31.416	27.0502

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 285
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	286 - 308
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	309 - 398

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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