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- PDB-5dkp: Crystal Structure of N. meningitidis ClpP in complex with agonist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dkp
タイトルCrystal Structure of N. meningitidis ClpP in complex with agonist ADEP A54556.
要素
  • ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
  • agonist ADEP A54556
キーワードhydrolase/antibiotic / Hydrolase / Agonist / Degradation / Antimicrobial / hydrolase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADEP1 / : / : / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.381 Å
データ登録者Goodreid, J.D. / Janetzko, J. / Santa Maria Jr., J.P. / Wong, K. / Leung, E. / Eger, B.T. / Bryson, S. / Pai, E.F. / Gray-Owen, S.D. / Walker, S. ...Goodreid, J.D. / Janetzko, J. / Santa Maria Jr., J.P. / Wong, K. / Leung, E. / Eger, B.T. / Bryson, S. / Pai, E.F. / Gray-Owen, S.D. / Walker, S. / Houry, W.A. / Batey, R.A.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)MOP-130374 カナダ
CIHR Institute of Infection and ImmunityXNE-86945 カナダ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Development and Characterization of Potent Cyclic Acyldepsipeptide Analogues with Increased Antimicrobial Activity.
著者: Goodreid, J.D. / Janetzko, J. / Santa Maria, J.P. / Wong, K.S. / Leung, E. / Eger, B.T. / Bryson, S. / Pai, E.F. / Gray-Owen, S.D. / Walker, S. / Houry, W.A. / Batey, R.A.
履歴
登録2015年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22016年3月30日Group: Other
改定 1.32016年4月6日Group: Other
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.72023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
c: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
d: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
e: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
f: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
g: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
h: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
i: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
j: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
k: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
l: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
m: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
n: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
O: agonist ADEP A54556
P: agonist ADEP A54556
Q: agonist ADEP A54556
R: agonist ADEP A54556
S: agonist ADEP A54556
T: agonist ADEP A54556
U: agonist ADEP A54556
V: agonist ADEP A54556
W: agonist ADEP A54556
X: agonist ADEP A54556
Y: agonist ADEP A54556
Z: agonist ADEP A54556
o: agonist ADEP A54556
p: agonist ADEP A54556
q: agonist ADEP A54556
r: agonist ADEP A54556
s: agonist ADEP A54556
t: agonist ADEP A54556
u: agonist ADEP A54556
v: agonist ADEP A54556
w: agonist ADEP A54556
x: agonist ADEP A54556
y: agonist ADEP A54556
z: agonist ADEP A54556
0: agonist ADEP A54556
1: agonist ADEP A54556
2: agonist ADEP A54556
3: agonist ADEP A54556
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)663,70087
ポリマ－662,53756
非ポリマー1,16431
水15,385854
1
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
O: agonist ADEP A54556
P: agonist ADEP A54556
Q: agonist ADEP A54556
R: agonist ADEP A54556
S: agonist ADEP A54556
T: agonist ADEP A54556
U: agonist ADEP A54556
V: agonist ADEP A54556
W: agonist ADEP A54556
X: agonist ADEP A54556
Y: agonist ADEP A54556
Z: agonist ADEP A54556
o: agonist ADEP A54556
p: agonist ADEP A54556
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,81642
ポリマ－331,26828
非ポリマー54714
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
c: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
d: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
e: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
f: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
g: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
h: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
i: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
j: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
k: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
l: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
m: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
n: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
q: agonist ADEP A54556
r: agonist ADEP A54556
s: agonist ADEP A54556
t: agonist ADEP A54556
u: agonist ADEP A54556
v: agonist ADEP A54556
w: agonist ADEP A54556
x: agonist ADEP A54556
y: agonist ADEP A54556
z: agonist ADEP A54556
0: agonist ADEP A54556
1: agonist ADEP A54556
2: agonist ADEP A54556
3: agonist ADEP A54556
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,88545
ポリマ－331,26828
非ポリマー61617
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.640, 198.850, 144.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ...
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 22925.166 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: clpP, NMB1312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JZ38, endopeptidase Clp
#2: タンパク質・ペプチド ...
agonist ADEP A54556


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 736.855 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 参照: NOR: NOR01131, ADEP1
#3: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 854 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM TRIS/HCl, pH 7.5, 200 mM KCl, 1 mM DTT, 10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→142.7 Å / Num. obs: 259622 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.39→2.59 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U0G

4u0g


解像度: 2.381→42.4 Å / FOM work R set: 0.8461 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 23.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 10324 3.98 %Random
Rwork0.1958 249298 --
obs0.1975 259622 99.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.23 Å2 / Biso mean: 26.58 Å2 / Biso min: 6.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.381→42.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41408 0 1487 854 43749
Biso mean--26.89 20.92 -
残基数----5328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00943571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28958727
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0546591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.02118481
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3814-2.40840.28113030.22397799810293
2.4084-2.43680.2783390.21828244858399
2.4368-2.46650.27463330.21488289862299
2.4665-2.49770.29513270.22398250857799
2.4977-2.53060.29333420.22788333867599
2.5306-2.56520.30573370.22058303864099
2.5652-2.60190.27723460.2118250859699
2.6019-2.64070.27573460.21488271861799
2.6407-2.6820.28183510.20728317866899
2.682-2.72590.26053480.20938323867199
2.7259-2.77290.26913360.21282578593100
2.7729-2.82330.26463380.209883548692100
2.8233-2.87760.27233420.210583218663100
2.8776-2.93640.24193380.202583318669100
2.9364-3.00020.25643460.200483138659100
3.0002-3.070.24593660.201682908656100
3.07-3.14670.25143500.211883048654100
3.1467-3.23180.26533590.211483008659100
3.2318-3.32680.24923550.206483308685100
3.3268-3.43410.26374020.209383038705100
3.4341-3.55680.25173670.201983158682100
3.5568-3.69920.22013360.192783708706100
3.6992-3.86740.22333420.188183138655100
3.8674-4.07120.2193450.174284008745100
4.0712-4.3260.19373750.167583358710100
4.326-4.65960.18543290.158983798708100
4.6596-5.12780.20193090.168184408749100
5.1278-5.86820.22933270.201184158742100
5.8682-7.38690.20593640.196284008764100
7.3869-42.40640.18463260.16858449877599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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