+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tty | ||||||
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Title | Structure of ClpP from Staphylococcus aureus (apo, closed state) | ||||||
Components | ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit | ||||||
Keywords | HYDROLASE / caseinolytic protease / allosteric regulation / extended conformation / closed state | ||||||
Function / homology | Function and homology information endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Malik, I.T. / Pereira, R. / Vielberg, M.-T. / Mayer, C. / Straetener, J. / Thomy, D. / Famulla, K. / Castro, H.C. / Sass, P. / Groll, M. / Broetz-Oesterheldt, H. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2020 Title: Functional Characterisation of ClpP Mutations Conferring Resistance to Acyldepsipeptide Antibiotics in Firmicutes. Authors: Malik, I.T. / Pereira, R. / Vielberg, M.T. / Mayer, C. / Straetener, J. / Thomy, D. / Famulla, K. / Castro, H. / Sass, P. / Groll, M. / Brotz-Oesterhelt, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6tty.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6tty.ent.gz | 896.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6tty.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6tty_validation.pdf.gz | 527.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6tty_full_validation.pdf.gz | 538.3 KB | Display | |
Data in XML | 6tty_validation.xml.gz | 106.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6tty_validation.cif.gz | 153.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/6tty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/6tty | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ttzC 3v5eS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22578.680 Da / Num. of mol.: 14 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) Gene: clpP, clpP_1, clpP_2, BN1321_180012, BTN44_08670, C7P97_11805, CSC83_03355, CSC87_04280, DB727_01400, E3A28_04745, E4U00_01395, EP54_12650, EQ90_03850, ERS072840_01646, ERS140147_01605, FA040_ ...Gene: clpP, clpP_1, clpP_2, BN1321_180012, BTN44_08670, C7P97_11805, CSC83_03355, CSC87_04280, DB727_01400, E3A28_04745, E4U00_01395, EP54_12650, EQ90_03850, ERS072840_01646, ERS140147_01605, FA040_07130, FVP29_07535, HMPREF3211_00508, M1K003_1188, NCTC10654_00875, NCTC10702_01301, NCTC5664_02933, NCTC7878_03438, NCTC7988_00802, RK64_04595, SAMEA2445518_01089 Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A077UUA2, UniProt: Q2G036*PLUS, endopeptidase Clp #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 100 mM MES, 0.2 M MgAc, 15% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 215068 / % possible obs: 90.3 % / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 30904 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3V5E Resolution: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.511 / SU ML: 0.096 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 3.11 / ESU R Free: 0.146 Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 107.52 Å2 / Biso mean: 27.5 Å2 / Biso min: 14.76 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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