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- PDB-5dkf: Reaction of phosphorylated CheY with imidazole 3 of 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dkf
タイトルReaction of phosphorylated CheY with imidazole 3 of 3
要素Chemotaxis protein CheY
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / two component signaling / asp to his phosphotransfer / response regulator / receiver domain
機能・相同性
機能・相同性情報


archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / IMIDAZOLE / : / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Page, S. / Silversmith, R.E. / Bourret, R.B. / Collins, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM050860 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Imidazole as a Small Molecule Analogue in Two-Component Signal Transduction.
著者: Page, S.C. / Silversmith, R.E. / Collins, E.J. / Bourret, R.B.
履歴
登録2015年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein CheY
B: Chemotaxis protein CheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,88614
ポリマ－28,0222
非ポリマー86412
水5,477304
1
A: Chemotaxis protein CheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5248
ポリマ－14,0111
非ポリマー5127
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chemotaxis protein CheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3626
ポリマ－14,0111
非ポリマー3515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.580, 53.740, 162.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 129 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chemotaxis protein CheY


分子量: 14011.229 Da / 分子数: 2 / 変異: F14Q, N59K, E89Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: cheY, Z2936, ECs2592 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AE68

-
非ポリマー , 5種, 316分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: MnCl2, BeCl2, NaF, imidazole, Tris, ammonium sulfate, glycerol.
PH範囲: 8.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→81.3 Å / Num. obs: 37450 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 16

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→81.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.802 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1775 1790 5 %RANDOM
Rwork0.1569 ---
obs0.1579 33866 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.5 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.54 Å2 / Biso mean: 22.423 Å2 / Biso min: 8.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å2-0 Å20 Å2
2--0.23 Å2-0 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→81.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1962 0 82 304 2348
Biso mean--24.95 33.12 -
残基数----256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0192157
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6722.0042893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31634950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4915278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.40525.86287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.96315403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.972159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.010.7681082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0080.7661081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4611.141370
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16340 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 135 -
Rwork0.217 2482 -
all-2617 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7124-0.3469-0.70121.8186-0.45532.3799-0.02580.1334-0.19040.042-0.01750.00260.16430.07240.04330.0193-0.0115-0.00150.10310.00130.02118.1858.8626.074
21.2875-0.28580.01953.92230.6043.0229-0.02290.04080.0313-0.00470.01580.3332-0.0624-0.18930.00710.1145-0.01570.01260.02270.0080.0359-3.23213.28333.791
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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