PDB-5dk1: S. erythraea trypsin mixed catalytic intermediate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dk1

タイトル

S. erythraea trypsin mixed catalytic intermediate

要素

Trypsin

キーワード

HYDROLASE / serine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.938 Å

データ登録者

Blankenship, E. / Lodowski, D.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: High resolution structures of S. erythraeus trypsin throughout the catalytic cycle
著者: Blankenship, E. / Lodowski, D.T.

履歴

登録	2015年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dk1.cif.gz	168.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dk1.ent.gz	136.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dj7C 5dkmC 4m7gS 5djm 5kwm C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hmz-d 4l19-2 5u3e-d 2e6v-5 1gz9-d 2faw-1 3g6n-1 4kmy-d 1ejh-3 4d69-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (1) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trypsin

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.037, 53.297, 124.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-540- HOH

#1: タンパク質	Trypsin / SET 分子量: 23655.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア) プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P24664, trypsin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM HEPES, pH 8.0, 2.3 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.688 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月1日
放射	モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.688 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.938→62.426 Å / Num. all: 233940 / Num. obs: 173768 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 0.9382→0.951 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2356: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4M7G

4m7g

解像度: 0.938→39.368 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1171	3473	2 %
R_work	0.1071	-	-
obs	0.1073	173750	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.938→39.368 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1657	0	0	329	1986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2141
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.129	2951
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.942	799
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	319
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	423

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.9382-0.9511	0.3281	113	0.3416	5507	X-RAY DIFFRACTION	80
0.9511-0.9647	0.3241	129	0.3108	6615	X-RAY DIFFRACTION	97
0.9647-0.9791	0.2996	128	0.2705	6891	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9791-0.9944	0.2203	147	0.2411	6781	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9944-1.0107	0.2324	132	0.2054	6849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0107-1.0281	0.1883	161	0.178	6818	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0281-1.0468	0.1708	125	0.153	6896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0468-1.0669	0.1157	146	0.1377	6853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0669-1.0887	0.1225	135	0.1249	6834	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0887-1.1124	0.1233	164	0.118	6825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1124-1.1383	0.0973	131	0.0967	6892	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1383-1.1667	0.0921	141	0.0878	6854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1667-1.1983	0.0849	127	0.0805	6856	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1983-1.2335	0.109	153	0.0751	6863	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2335-1.2734	0.1002	147	0.0744	6868	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2734-1.3189	0.0754	148	0.0759	6843	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3189-1.3717	0.0962	145	0.077	6900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3717-1.4341	0.0909	139	0.0718	6839	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4341-1.5097	0.084	140	0.0733	6861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5097-1.6043	0.0778	116	0.0768	6942	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6043-1.7282	0.0958	152	0.0817	6880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7282-1.9021	0.0959	139	0.0859	6892	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9021-2.1773	0.0981	144	0.0897	6925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1773-2.7431	0.1037	139	0.1028	6941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7431-39.4031	0.1524	132	0.13	7052	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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