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- PDB-5djq: The structure of CBB3 cytochrome oxidase. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5djq
タイトルThe structure of CBB3 cytochrome oxidase.
要素
  • (Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit ...) x 3
  • Putative uncharacterized protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / cbb3-cytochrome c oxidase / Pseudomonas_stutzeri
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic respiration, using ferrous ions as electron donor / : / : / cytochrome complex / aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity ...aerobic respiration, using ferrous ions as electron donor / : / : / cytochrome complex / aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / : / electron transport coupled proton transport / proton transmembrane transport / oxygen binding / electron transfer activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2250 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #130 / Cytochrome c oxidase, monohaem subunit/FixO / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO / N-terminal domain of cytochrome oxidase-cbb3, FixP / Cytochrome C Oxidase; Chain A ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2250 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #130 / Cytochrome c oxidase, monohaem subunit/FixO / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I / Cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP, N-terminal domain superfamily / Cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO / N-terminal domain of cytochrome oxidase-cbb3, FixP / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HEXACYANOFERRATE(3-) / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HYDROGEN PEROXIDE / PHOSPHATE ION / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1 / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II / Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP1 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
Pseudomonas stutzeri ATCC 14405 = CCUG 16156 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Buschmann, S. / Warkentin, E. / Xie, H. / Kohlstaedt, M. / Langer, J.D. / Ermler, U. / Michel, H.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: The structure of cbb3 cytochrome oxidase provides insights into proton pumping.
著者: Buschmann, S. / Warkentin, E. / Xie, H. / Langer, J.D. / Ermler, U. / Michel, H.
#1: ジャーナル: Mbio / 年: 2016
タイトル: Identification and Characterization of the Novel Subunit CcoM in the cbb33Cytochrome c Oxidase from Pseudomonas stutzeri ZoBell.
著者: Kohlstaedt, M. / Buschmann, S. / Xie, H. / Resemann, A. / Warkentin, E. / Langer, J.D. / Michel, H.
履歴
登録2015年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1
B: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II
C: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP1
D: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1
E: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II
F: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP1
G: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1
H: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II
I: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP1
K: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1
L: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II
M: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP1
N: Putative uncharacterized protein
O: Putative uncharacterized protein
P: Putative uncharacterized protein
Q: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,59860
ポリマ－453,30616
非ポリマー14,29244
水00
1
A: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1
B: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II
C: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP1
N: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,90015
ポリマ－113,3274
非ポリマー3,57311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23800 Å2
ΔGint-310 kcal/mol
Surface area34060 Å2
手法PISA
2
D: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1
E: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II
F: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP1
O: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,90015
ポリマ－113,3274
非ポリマー3,57311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23930 Å2
ΔGint-311 kcal/mol
Surface area33910 Å2
手法PISA
3
G: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1
H: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II
I: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP1
P: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,90015
ポリマ－113,3274
非ポリマー3,57311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23760 Å2
ΔGint-309 kcal/mol
Surface area33950 Å2
手法PISA
4
K: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1
L: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II
M: Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP1
Q: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,90015
ポリマ－113,3274
非ポリマー3,57311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23570 Å2
ΔGint-307 kcal/mol
Surface area34310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.475, 279.933, 175.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit ... , 3種, 12分子 ADGKBEHLCFIM

#1: タンパク質
Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoN1 / Cytochrome CBB3 subunit CcoN1


分子量: 52829.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 参照: UniProt: D9IA43, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質
Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II / Cytochrome c oxidase / cbb3-type / subunit O


分子量: 22842.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 参照: UniProt: D9IA44
#3: タンパク質
Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP1 / Cbb3-Cox subunit CcoP1 / C-type cytochrome CcoP1 / Cyt c(P1) / Cytochrome c oxidase subunit III


分子量: 33691.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 参照: UniProt: D9IA45

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 NOPQ

#4: タンパク質・ペプチド
Putative uncharacterized protein


分子量: 3963.710 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas stutzeri ATCC 14405 = CCUG 16156 (バクテリア)
参照: UniProt: H7ESS5

-
非ポリマー , 7種, 44分子

#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#9: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#10: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#11: 化合物
ChemComp-FC6 / HEXACYANOFERRATE(3-) / FERRI(III)HEXACYANIDE


分子量: 211.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6FeN6

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.09 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20mM TRIS(HCL), 0.1 M NACL, 0.058% ALPHA-UDM, 0.0125% DECANOYLSUCROSE, 0.018% ALPHA-DDM, 0.016 M K3FE(CN)6,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→14.982 Å / Num. obs: 108344 / % possible obs: 98.51 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
Oモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 3.2→14.982 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 5480 5.06 %
Rwork0.187 --
obs0.1888 108344 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→14.982 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31022 0 952 0 31974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00933102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.35545404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.37611306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0694723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0115531
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.2360.28791800.26583462X-RAY DIFFRACTION100
3.236-3.27370.35531730.26633467X-RAY DIFFRACTION100
3.2737-3.31320.31821940.27463421X-RAY DIFFRACTION100
3.3132-3.35470.27972000.25813416X-RAY DIFFRACTION100
3.3547-3.39830.2652220.24353408X-RAY DIFFRACTION100
3.3983-3.44430.25931950.22673429X-RAY DIFFRACTION100
3.4443-3.49290.25531570.22043473X-RAY DIFFRACTION100
3.4929-3.54440.24421800.21493456X-RAY DIFFRACTION100
3.5444-3.5990.27181680.23273445X-RAY DIFFRACTION100
3.599-3.65720.30921660.23153438X-RAY DIFFRACTION99
3.6572-3.71930.26021690.21313468X-RAY DIFFRACTION100
3.7193-3.78580.2441880.20193421X-RAY DIFFRACTION100
3.7858-3.85740.23481980.20173398X-RAY DIFFRACTION99
3.8574-3.93480.22781800.1923472X-RAY DIFFRACTION99
3.9348-4.01870.2071740.18143450X-RAY DIFFRACTION99
4.0187-4.11030.21821770.17713454X-RAY DIFFRACTION99
4.1103-4.21090.18981650.17783445X-RAY DIFFRACTION99
4.2109-4.32210.22211740.17463424X-RAY DIFFRACTION99
4.3221-4.44610.2161960.17123432X-RAY DIFFRACTION99
4.4461-4.58560.20471680.17043462X-RAY DIFFRACTION99
4.5856-4.74450.21611780.16573415X-RAY DIFFRACTION98
4.7445-4.9280.18991730.16493439X-RAY DIFFRACTION98
4.928-5.14360.20521850.1693421X-RAY DIFFRACTION98
5.1436-5.40260.21861940.16923393X-RAY DIFFRACTION98
5.4026-5.72330.19971860.17513396X-RAY DIFFRACTION97
5.7233-6.13690.21441740.1723414X-RAY DIFFRACTION97
6.1369-6.70370.2271870.17723403X-RAY DIFFRACTION96
6.7037-7.56260.18251820.16413387X-RAY DIFFRACTION96
7.5626-9.15170.18812130.15693365X-RAY DIFFRACTION95
9.1517-14.98260.21671840.18513390X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.66220.04141.03622.40830.51654.136-0.206-0.24020.27270.41380.0528-0.3745-0.40221.07610.10120.6364-0.0067-0.09870.78390.010.456113.1434123.2107174.4293
21.98330.55790.98342.06490.23593.8099-0.0978-0.65940.09580.6510.059-0.142-0.0380.35830.07870.79060.2357-0.00250.83860.02440.3831102.0659116.2355187.4328
32.45310.69220.59913.58891.77614.3516-0.2596-0.28270.49440.32980.04530.3188-0.5544-0.02810.2640.63150.20720.01770.4926-0.00050.439492.262126.0368177.4889
41.68340.12321.02841.2672-0.01763.8986-0.1366-0.1445-0.22760.29870.1695-0.30420.67310.7712-0.14790.72820.27060.04140.71360.08520.5727106.0528102.9001165.6839
56.1569-1.11380.52274.21620.41184.5281-0.09960.4656-0.119-0.25950.1605-0.38490.18060.78810.00120.52530.0810.01880.6048-0.00030.3219103.2625108.5726147.344
61.9779-0.14320.74411.54860.02033.474-0.1871-0.5487-0.10450.91870.1971-0.05820.82990.5205-0.18551.37130.4359-0.02331.10790.20040.6769105.626998.5877191.2732
71.6681-0.44190.63642.9023-2.31738.02780.0378-0.1379-0.22350.09310.02850.25810.1648-0.3274-0.11640.3998-0.03510.06620.4568-0.0920.532977.244101.9561137.4029
82.94341.8346-0.53953.1425-2.95524.99110.2334-0.936-0.97511.9272-0.4477-0.13760.1952-0.1820.15221.85820.04090.26661.08660.49241.3859101.489249.0166154.4506
91.06151.35320.61934.4842-2.29483.8895-0.5181-0.4244-1.20410.00410.43770.91311.2329-0.81650.01441.6218-0.17310.44480.96450.34621.992691.07737.9007144.0738
104.62622.8384-1.28096.3826-4.77623.7873-0.33370.25430.09690.32881.172.14350.3863-1.4345-0.81240.9417-0.00090.13990.86950.42961.826885.928553.882141.0939
111.45660.07361.41253.5034-0.34451.3737-0.5012-0.1656-1.5326-0.5376-0.0404-1.73040.92990.61040.57931.2580.31050.39270.91950.18961.8957113.812846.5815135.3211
126.5098-4.36351.10155.4368-2.4313.7745-0.3286-0.1028-0.89280.3713-0.4077-1.47950.30150.96570.43460.79440.11490.01870.99440.2471.4832119.918664.9371133.688
131.5061-1.39820.45594.0406-0.4714.6974-0.70260.0726-1.8486-1.2207-0.1055-0.58282.1392-0.37030.3122.315-0.14680.77381.03820.0522.8366100.613724.1128136.3276
142.4067-0.0583-0.0083.0708-1.88222.6061-0.35090.6781-0.3574-1.42350.1705-0.68531.02-0.50340.19991.3004-0.18310.26731.1846-0.06120.7553114.816776.5301108.5198
151.9479-0.0571-0.24581.3627-1.0985.24170.17820.28380.2557-0.2972-0.164-0.0841-1.18490.2353-0.01541.14680.11120.02530.75560.03470.4199104.8445117.354975.4612
160.76980.86920.4391.5439-0.68484.55890.03950.9177-0.0273-0.7369-0.06320.0131-0.113-0.53670.03121.0890.2651-0.10031.226-0.14080.445196.1883104.822865.093
172.85160.2914-2.22231.6879-0.93856.1041-0.24360.3949-0.3668-0.3499-0.1369-0.28310.7940.41970.50770.86110.22430.04080.8049-0.16660.5345107.39196.304574.6756
180.77160.41480.19941.4786-1.56896.05710.16970.40480.2454-0.1795-0.17090.5159-0.6365-1.2377-0.12950.86560.2913-0.03390.8941-0.04830.594186.1228111.813987.8146
193.9912-0.8622-1.04523.8233-0.01134.90310.26870.00740.20760.2992-0.23780.0729-0.96890.0996-0.08491.07320.03810.01680.6206-0.09040.414994.3597111.4143105.3577
201.18390.4022-0.78191.7638-1.07914.09220.05031.27730.1179-0.49020.21470.4968-0.2042-2.1045-0.28691.28820.3605-0.22422.296-0.14740.899878.1252108.109863.4656
214.04460.24122.08091.35580.26627.0889-0.19080.1326-0.6057-0.19830.06930.06660.4718-0.1281-0.00630.80860.01610.17570.4134-0.08540.668789.753487.2612119.5089
220.9884-0.2329-0.17350.6424-0.78211.339-0.41620.869-0.1382-0.9026-0.74331.63310.2944-1.6632-0.75360.5942-0.3199-0.9721.7112-1.58041.97932.8504105.7126110.7925
230.36110.04890.52270.11960.09041.20560.0687-0.1115-0.5135-0.3273-0.43571.2271.0022-1.3306-0.38220.6157-1.20460.10392.0012-1.57222.691626.283295.1883124.4555
242.63350.53570.86463.0124-0.20620.30240.34020.2909-0.53970.2141-0.59470.62721.2315-0.80960.26840.9485-0.360.22691.0346-0.48481.481443.068492.3108123.7072
251.61890.47510.15321.0871-1.08411.2747-0.01420.10520.1254-0.1853-0.68061.7729-0.2717-1.37930.2130.61420.1408-0.221.5423-0.77531.891433.4654119.5809129.268
266.3874-1.57830.29131.83010.28022.7618-0.31090.46330.5083-0.7309-0.48370.7203-0.8875-0.5010.5090.82380.0732-0.3670.6878-0.23140.975250.5704128.1412125.8046
271.30730.49351.07380.25890.17161.43990.21370.028-0.28830.0133-0.76051.04260.4688-1.57160.24311.1556-0.46140.28212.578-1.07352.744413.4876103.5854134.7798
286.93031.0767-2.13363.1499-0.13033.40250.0277-0.2814-0.19950.2079-0.12730.26420.1728-0.08680.11060.52050.0167-0.06340.31860.02570.398268.5999126.7512147.8156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 211 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resid 212 through 370 ) or (resid 501 through 502) )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 371 through 470 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resid 6 through 114 ) or resid 211 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 115 through 202 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 106 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 107 through 303 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 8 through 211 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and ((resid 212 through 370 ) or (resid 501 through 502) )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 371 through 470 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and ((resid 6 through 114 ) or resid 211 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 115 through 202 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 1 through 106 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 107 through 303 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 6 through 211 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and ((resid 212 through 370 ) or (resid 501 through 502) )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 371 through 470 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and ((resid 6 through 114 ) or resid 211 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 115 through 202 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'I' and (resid 1 through 106 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid 107 through 303 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'K' and (resid 6 through 211 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'K' and ((resid 212 through 370 ) or (resid 501 through 502) )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'K' and (resid 371 through 470 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'L' and ((resid 6 through 114 ) or resid 211 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'L' and (resid 115 through 202 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'M' and (resid 1 through 106 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'M' and (resid 107 through 303 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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