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- PDB-5djo: Crystal structure of the CC1-FHA tandem of Kinesin-3 KIF13A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5djo
タイトルCrystal structure of the CC1-FHA tandem of Kinesin-3 KIF13A
要素Kinesin-like protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / coiled-coil / FHA domain
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle cargo loading / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Golgi to plasma membrane protein transport / melanosome organization / microtubule motor activity / kinesin complex / endosome to lysosome transport / microtubule-based movement / regulation of cytokinesis ...vesicle cargo loading / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Golgi to plasma membrane protein transport / melanosome organization / microtubule motor activity / kinesin complex / endosome to lysosome transport / microtubule-based movement / regulation of cytokinesis / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / midbody / microtubule binding / microtubule / endosome membrane / Golgi membrane / cell division / centrosome / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Tumour Suppressor Smad4 / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain ...Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Tumour Suppressor Smad4 / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / SMAD/FHA domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Kinesin family member 13A / Kinesin-like protein KIF13A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Ren, J.Q. / Li, W. / Huo, L. / Feng, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Correlation of the Neck Coil with the Coiled-coil (CC1)-Forkhead-associated (FHA) Tandem for Active Kinesin-3 KIF13A
著者: Ren, J. / Huo, L. / Wang, W. / Zhang, Y. / Li, W. / Lou, J. / Xu, T. / Feng, W.
履歴
登録2015年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein
B: Kinesin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0119
ポリマ－39,6152
非ポリマー3967
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.154, 50.014, 66.941
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-393-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein


分子量: 19807.498 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 386-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif13a / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8VQ75, UniProt: Q9EQW7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2 M calcium acetate, 16% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→49.55 Å / Num. obs: 33409 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.74→1.79 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FM8

3fm8


解像度: 1.74→40.488 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 1593 4.77 %
Rwork0.1629 31811 -
obs0.1656 33404 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.77 Å2 / Biso mean: 38.5082 Å2 / Biso min: 14.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→40.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2494 0 26 264 2784
Biso mean--56.02 47.9 -
残基数----318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0633599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2251009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7401-1.79630.2811540.19492895X-RAY DIFFRACTION100
1.7963-1.86050.25651210.16972914X-RAY DIFFRACTION100
1.8605-1.93490.24411530.15742861X-RAY DIFFRACTION100
1.9349-2.0230.19981320.14742907X-RAY DIFFRACTION99
2.023-2.12970.21631440.14282910X-RAY DIFFRACTION99
2.1297-2.26310.2111450.14162898X-RAY DIFFRACTION99
2.2631-2.43780.20291720.14612854X-RAY DIFFRACTION99
2.4378-2.68310.22791600.15952919X-RAY DIFFRACTION100
2.6831-3.07120.23411490.17042920X-RAY DIFFRACTION99
3.0712-3.86890.21511330.15922866X-RAY DIFFRACTION97
3.8689-40.4880.21541300.17772867X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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