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- PDB-5djm: Structure of WT Human Glutathione Transferase in complex with cis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5djm
タイトルStructure of WT Human Glutathione Transferase in complex with cisplatin in the absence of glutathione.
要素Glutathione S-transferase P
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Anticancer Cisplatin / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide storage / S-nitrosoglutathione binding / TRAF2-GSTP1 complex / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / cellular response to cell-matrix adhesion / glutathione derivative biosynthetic process ...nitric oxide storage / S-nitrosoglutathione binding / TRAF2-GSTP1 complex / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / cellular response to cell-matrix adhesion / glutathione derivative biosynthetic process / response to L-ascorbic acid / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / nitric oxide binding / JUN kinase binding / glutathione peroxidase activity / Paracetamol ADME / oligodendrocyte development / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of JNK cascade / cellular response to glucocorticoid stimulus / prostaglandin metabolic process / negative regulation of interleukin-1 beta production / regulation of stress-activated MAPK cascade / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase / negative regulation of ferroptosis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / glutathione transferase activity / response to amino acid / negative regulation of tumor necrosis factor production / animal organ regeneration / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / toxic substance binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of MAPK cascade / xenobiotic metabolic process / cellular response to epidermal growth factor stimulus / fatty acid binding / central nervous system development / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / glutathione metabolic process / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to insulin stimulus / response to estradiol / cellular response to lipopolysaccharide / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / response to ethanol / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / : / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glutathione S-transferase P
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Parker, L.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: A structure-based mechanism of cisplatin resistance mediated by Glutathione Transferase P1-1
著者: Parker, L.J. / Italiano, L.C. / Hancock, N.C. / Aitken, J. / Harris, H.H. / Hansen, G. / Ascher, D.B. / Morton, C.J. / Parker, M.W. / Lo Bello, M.
履歴
登録2015年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase P
B: Glutathione S-transferase P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7317
ポリマ－46,7562
非ポリマー9765
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area17350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.517, 90.130, 68.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase P / GST class-pi / GSTP1-1


分子量: 23377.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTP1, FAEES3, GST3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P09211, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100MM MES, PH 5.5, PH 6.0, 28% (W/V) PEG 8000, 20MM CACL2 10MM DTT. Soaked in 0.1MM Cisplatin for 24hrs

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.88 Å / Num. obs: 36278 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 29.42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 268519
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible allRmerge(I) obs
1.9-1.947.62.91763423210.8620.32798
9.11-46.884.734.911442460.9570.04768.30.094

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.8データスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GSS

5gss


解像度: 1.9→27.978 Å / FOM work R set: 0.7931 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 1833 5.06 %Random Selection
Rwork0.2066 34423 --
obs0.2083 36256 97.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.35 Å2 / Biso mean: 32.79 Å2 / Biso min: 3.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→27.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3110 0 53 105 3268
Biso mean--41.87 29.21 -
残基数----396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4244336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007555
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9891192
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9001-1.95150.34081210.28892658277998
1.9515-2.00890.30591280.27132655278398
2.0089-2.07370.3491500.26872613276398
2.0737-2.14780.28361560.24652648280498
2.1478-2.23380.27761450.23142633277898
2.2338-2.33540.28651490.22112621277098
2.3354-2.45850.26131550.22032673282899
2.4585-2.61240.2531310.20472655278699
2.6124-2.81390.27711490.21652647279698
2.8139-3.09680.28311440.22622672281699
3.0968-3.54410.25241350.20342695283099
3.5441-4.46230.18151370.17452691282899
4.4623-27.98130.18311330.17842562269592

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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