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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5djc | |||||||||
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タイトル | Fc Heterodimer Design 8.1 L368V/Y407A + T366V/K409F | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Heterodimer / Immunoglobulin / CH3 / Fc / Bispecific Antibody | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / antigen binding / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Model details | Design XXX | |||||||||
![]() | Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. ...Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Gutierrez, B. / Hendle, J. / Secrist, E. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Computationally Designed Bispecific Antibodies using Negative State Repertoires. 著者: Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Atwell, S. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Hassanali, S. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 153.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5di8C ![]() 5dj0C ![]() 5dj2C ![]() 5dj6C ![]() 5dj8C ![]() 5djaC ![]() 5djdC ![]() 5djxC ![]() 5djyC ![]() 5djzC ![]() 5dk0C ![]() 5dk2C ![]() 5dvkC ![]() 5dvlC ![]() 5dvmC ![]() 5dvnC ![]() 5dvoC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Ig gamma-1 chain C ... , 2種, 4分子 ADBE
#1: タンパク質 | 分子量: 25506.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 104-330 / 変異: L368V, Y407A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: transient expression / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 26998.326 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 104-330 / 変異: T366V, K409F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: transient expression / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 6分子 CF
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1533.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CPC Scientific Inc., Sunnyvale CA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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-非ポリマー , 2種, 190分子 ![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-IOD / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 17% PEG 3350 + 100mM Ammonium Iodide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月2日 / 詳細: Diamond (111) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 62804 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2 % / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.063 / Net I/av σ(I): 8.95 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 123662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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