+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dj8 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Fc Heterodimer Design 7.7 D399M/Y407A + T366V/K409I | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Model details | Design XXX | |||||||||
![]() | Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. ...Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Gutierrez, B. / Hendle, J. / Secrist, E. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Computationally Designed Bispecific Antibodies using Negative State Repertoires. Authors: Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Atwell, S. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Hassanali, S. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 105 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 81.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5di8C ![]() 5dj0C ![]() 5dj2C ![]() 5dj6C ![]() 5djaC ![]() 5djcC ![]() 5djdC ![]() 5djxC ![]() 5djyC ![]() 5djzC ![]() 5dk0C ![]() 5dk2C ![]() 5dvkC ![]() 5dvlC ![]() 5dvmC ![]() 5dvnC ![]() 5dvoC C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 25537.029 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 104-330 / Mutation: D399M, Y407A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: transient expression / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: Protein | Mass: 26964.311 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 104-330 / Mutation: T366V, K409I Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: transient expression / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#3: Protein/peptide | Mass: 1533.749 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: CPC Scientific Inc., Sunnyvale CA / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||
#4: Polysaccharide | ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.25 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion / Details: 31% PEG 3350 + 100mM Ammonium Iodide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Oct 2, 2013 / Details: Diamond (111) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→28.8 Å / Num. obs: 23694 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.121 / Rsym value: 0.092 / Net I/av σ(I): 6.558 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 82649 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.295 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→28.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|