PDB-5dj4: Leucine-bound Sestrin2 from Homo sapiens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dj4

タイトル

Leucine-bound Sestrin2 from Homo sapiens

要素

Sestrin-2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / mTOR / leucine / amino-acid / sensing

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of response to reactive oxygen species / sulfiredoxin activity / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / L-leucine binding / Atg1/ULK1 kinase complex / TORC2 complex / regulation of TORC1 signaling / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / cellular response to leucine starvation / PH domain binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.697 Å

データ登録者

Saxton, R.A. / Knockenhauer, K.E. / Schwartz, T.U.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	(R01CA103866	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI47389	米国
Department of Defense (DOD, United States)	W81XWH-07-0448	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structural basis for leucine sensing by the Sestrin2-mTORC1 pathway.
著者: Saxton, R.A. / Knockenhauer, K.E. / Wolfson, R.L. / Chantranupong, L. / Pacold, M.E. / Wang, T. / Schwartz, T.U. / Sabatini, D.M.

履歴

登録	2015年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月13日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年4月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dj4.cif.gz	717.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dj4.ent.gz	600.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5dj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5dj4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6n0m-1 5cuf-2 5t0n-2 5cuf-4 3p24-4 5t0n-1 5cuf-3 5cl6-d 5cl7-d 5cl8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sestrin-2

B: Sestrin-2

C: Sestrin-2

D: Sestrin-2

E: Sestrin-2

ヘテロ分子

273 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Sestrin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Sestrin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Sestrin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Sestrin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Sestrin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
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6

A: Sestrin-2

ヘテロ分子

A: Sestrin-2

ヘテロ分子

A: Sestrin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 3 ポリマー
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7

B: Sestrin-2

ヘテロ分子

B: Sestrin-2

ヘテロ分子

B: Sestrin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 3 ポリマー
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8

C: Sestrin-2

ヘテロ分子

D: Sestrin-2

ヘテロ分子

E: Sestrin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	293.029, 293.029, 293.029
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	Sestrin-2 / Hi95 分子量: 54560.566 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SESN2, SEST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: P58004
#2: 化合物	ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.2 M disodium malonate, 0.1 M MES pH 6.0, 1% (v/v) Jeffamine ED 2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→92.67 Å / Num. obs: 114283 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40 % / Net I/σ(I): 24.47
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 39.4 % / R_sym value: 15.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.697→92.664 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2226	2001	1.75 %
R_work	0.1964	-	-
obs	0.1969	114265	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.697→92.664 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14751	0	45	115	14911

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	15210
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	20601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.079	5509
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	2230
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2606

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6969-2.7643	0.2954	140	0.2713	7980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7643-2.8391	0.2889	141	0.2671	7948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8391-2.9226	0.3286	140	0.2619	7967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9226-3.0169	0.301	144	0.2555	8022	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0169-3.1248	0.2723	142	0.2402	7934	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1248-3.2499	0.2693	147	0.2323	7989	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2499-3.3978	0.2503	142	0.2289	8006	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3978-3.577	0.2438	146	0.2128	7982	X-RAY DIFFRACTION	100
3.577-3.8011	0.2335	145	0.1849	7999	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8011-4.0945	0.196	141	0.169	8040	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0945-4.5066	0.1918	143	0.1587	8009	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5066-5.1587	0.1765	144	0.16	8040	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1587-6.4991	0.2186	138	0.2046	8109	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4991-92.7186	0.1992	148	0.1861	8239	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1715	0.5156	0.1192	1.5001	-0.1382	1.2829	-0.0496	0.0389	0.0998	-0.0839	0.0226	-0.0452	-0.0804	-0.0079	0.0474	0.4242	0.0431	-0.0075	0.4253	0.0033	0.5002	193.7329	80.7904	71.5174
2	2.2087	0.5875	0.2633	1.939	0.2042	2.2447	-0.036	-0.2432	0.173	0.0049	0.0101	0.6544	-0.1053	-0.5848	0.0461	0.5056	0.1063	0.0483	0.7687	-0.0071	0.8066	172.6938	78.8373	77.3029
3	2.6229	0.1417	-0.5201	1.8214	0.2699	3.4338	0.0012	-0.1784	-0.1481	0.0254	0.0271	0.3441	0.1686	-0.4446	-0.0249	0.3944	0.0005	-0.0014	0.5431	0.0383	0.5555	177.9252	70.8542	78.3116
4	1.9909	-0.3295	-0.5474	1.6916	-0.1983	1.021	0.0127	0.0178	0.0107	0.0698	-0.006	0.1135	-0.0656	-0.065	-0.0112	0.4493	0.013	-0.0364	0.4541	-0.0146	0.3662	91.1895	67.7287	92.8264
5	1.6163	-0.7334	0.0852	2.4748	-0.0507	1.3158	-0.1857	-0.3428	0.0325	0.5404	0.1366	-0.5348	0.1896	0.3954	0.0219	0.6639	0.0167	-0.1184	0.8606	0.02	0.6367	111.775	64.1037	100.2087
6	2.9435	0.6364	0.1138	2.5374	-0.0769	2.1873	-0.0592	-0.0556	-0.0921	0.0986	0.0001	-0.4018	0.1414	0.4542	0.0711	0.4054	0.0583	-0.0281	0.5163	0.0394	0.4422	110.4202	63.2417	90.6402
7	1.5926	0.5789	0.8984	1.1145	0.1334	2.5108	0.1098	0.1386	-0.1447	-0.0096	0.0858	-0.1619	0.116	0.2097	-0.1789	0.5565	-0.0417	0.0384	0.5997	-0.0599	0.4821	188.9456	46.0144	126.8912
8	1.5708	-0.1623	-0.9911	2.0487	-0.068	3.1646	0.0893	0.3637	0.0529	-0.4478	0.0582	0.0031	-0.419	-0.1237	-0.1527	0.7068	-0.0507	0.0223	0.7912	0.0322	0.6235	177.0802	56.7305	111.4969
9	2.8744	-0.7333	0.2321	2.4454	0.0438	2.6414	0.0318	0.4347	-0.1555	-0.318	0.0901	0.1537	0.1894	-0.3176	-0.1267	0.5812	-0.1122	0.0288	0.7033	-0.001	0.4705	173.5788	47.9514	114.4225
10	1.3138	-0.4924	0.3396	1.096	-0.0671	1.608	-0.0029	-0.0108	-0.0007	0.2258	-0.0774	0.2061	0.1715	-0.206	0.1073	0.5091	0.0182	0.023	0.7266	-0.0843	0.5071	118.2544	43.3521	135.9258
11	3.0774	-0.5381	-0.4278	2.1316	0.1783	1.8132	-0.052	0.0062	0.2291	0.0256	0.0843	-0.4789	0.0253	0.6981	-0.0494	0.6126	-0.0245	-0.043	0.871	-0.0053	0.6711	139.3486	47.7012	126.9019
12	2.0544	-0.2178	-0.7177	3.1846	-0.5105	2.6806	-0.0479	0.4876	-0.1409	-0.1739	-0.0275	-0.1357	0.2342	0.2631	0.0681	0.4597	0.0267	-0.0247	0.7838	-0.0663	0.4891	131.6651	43.202	122.0147
13	1.2186	-0.2363	-0.1893	2.6725	-0.836	1.2098	0.0064	0.0293	0.0421	-0.3993	-0.011	0.2132	0.0903	-0.0879	0.0143	0.4751	0.0009	-0.0024	0.4746	-0.0223	0.6787	133.3116	93.6165	50.0176
14	2.4108	0.8134	-0.3374	2.0312	-0.0216	1.8478	0.0824	-0.3614	-0.0588	0.2043	-0.1561	0.5221	0.1707	-0.2125	0.0819	0.5686	0.003	0.0727	0.7444	0.0287	0.8557	131.9374	83.7687	69.2132
15	2.1825	0.5734	0.6385	2.2347	-0.2505	3.0947	0.0132	-0.2173	-0.3564	-0.1045	-0.0673	-0.0106	0.336	0.0828	0.0606	0.4254	0.0331	0.0652	0.4823	0.0285	0.7094	138.9246	79.9664	63.4137

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 66 through 213 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 214 through 338)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 339 through 501 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 66 through 213 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 214 through 338)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 339 through 501 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 66 through 213 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 214 through 338 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 339 through 501)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 66 through 123 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 214 through 338 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 339 through 501 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 66 through 213)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 214 through 338 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 339 through 501 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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