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- PDB-5diy: Thermobaculum terrenum O-GlcNAc hydrolase mutant - D120N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5diy
タイトルThermobaculum terrenum O-GlcNAc hydrolase mutant - D120N
要素
  • Hyaluronidase
  • TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
キーワードHYDROLASE / GH84 / OGA / O-GlcNAc hydrolase / O-GlcNAcase
機能・相同性
機能・相同性情報


hexosaminidase activity / carbohydrate derivative metabolic process / cardiac septum development / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / coronary vasculature development / non-canonical NF-kappaB signal transduction / aorta development / mitogen-activated protein kinase p38 binding / protein serine/threonine phosphatase activity / heart morphogenesis ...hexosaminidase activity / carbohydrate derivative metabolic process / cardiac septum development / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / coronary vasculature development / non-canonical NF-kappaB signal transduction / aorta development / mitogen-activated protein kinase p38 binding / protein serine/threonine phosphatase activity / heart morphogenesis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase activator activity / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / lung development / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / molecular adaptor activity / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein-containing complex / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily ...Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hyaluronidase / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobaculum terrenum (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Ostrowski, A. / Gundogdu, M. / Ferenbach, A.T. / Lebedev, A. / van Aalten, D.M.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT087590MA 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Evidence for a Functional O-Linked N-Acetylglucosamine (O-GlcNAc) System in the Thermophilic Bacterium Thermobaculum terrenum.
著者: Ostrowski, A. / Gundogdu, M. / Ferenbach, A.T. / Lebedev, A.A. / van Aalten, D.M.
履歴
登録2015年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22015年12月30日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model / Author supporting evidence
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
Q: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
A: Hyaluronidase
B: Hyaluronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9016
ポリマ－112,4584
非ポリマー4422
水5,350297
1
P: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
A: Hyaluronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4503
ポリマ－56,2292
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area21020 Å2
手法PISA
2
Q: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
B: Hyaluronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4503
ポリマ－56,2292
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area20900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.176, 52.550, 131.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase ...Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase 1-binding protein 1 / TAK1-binding protein 1


分子量: 750.797 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 392-398 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15750
#2: タンパク質 Hyaluronidase


分子量: 55478.367 Da / 分子数: 2 / Mutation: D120N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobaculum terrenum (バクテリア)
遺伝子: Tter_0116 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D1CDN2
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 38% PEG-4000, 400 mM sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl / PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→49.03 Å / Num. all: 237569 / Num. obs: 57769 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.06→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 5.992 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23633 2923 5.1 %RANDOM
Rwork0.20054 ---
obs0.20238 54843 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.583 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.27 Å20 Å2-0.17 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.06→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7709 0 28 297 8034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197861
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1791.95610671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.908316650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7855929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05924.03402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.334151304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3121552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.143.2413734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.143.243733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9064.8524657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9064.8534658
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2453.364127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2453.364128
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1364.9826015
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.5825.7329217
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.5325.6769121
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.114 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 208 -
Rwork0.3 4012 -
obs--98.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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