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- PDB-5dgm: Crystal structure of human FPPS in complex with monophosphonate c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dgm
タイトルCrystal structure of human FPPS in complex with monophosphonate compound 7
要素Farnesyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / ISOPRENE BIOSYNTHESIS / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / Cholesterol biosynthesis / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / Cholesterol biosynthesis / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-59Z / PHOSPHATE ION / Farnesyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Rondeau, J.M. / Bourgier, E. / Lehmann, S.
引用
#1: ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2010
タイトル: Allosteric non-bisphosphonate FPPS inhibitors identified by fragment-based discovery
著者: Jahnke, W. / Rondeau, J.M. / Cotesta, S. / Marzinzik, A. / Pelle, X. / Geiser, M. / Strauss, A. / Goette, M. / Bitsch, F. / Hemmig, R. / Henry, C. / Lehmann, S. / Glickman, J.F. / Roddy, T.P. ...著者: Jahnke, W. / Rondeau, J.M. / Cotesta, S. / Marzinzik, A. / Pelle, X. / Geiser, M. / Strauss, A. / Goette, M. / Bitsch, F. / Hemmig, R. / Henry, C. / Lehmann, S. / Glickman, J.F. / Roddy, T.P. / Stout, S.J. / Green, J.R.
#2: ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2015
タイトル: Discovery of Novel Allosteric Non-Bisphosphonate Inhibitors of Farnesyl Pyrophosphate Synthase by Integrated Lead Finding.
著者: Marzinzik, A.L. / Amstutz, R. / Bold, G. / Bourgier, E. / Cotesta, S. / Glickman, J.F. / Gotte, M. / Henry, C. / Lehmann, S. / Hartwieg, J.C. / Ofner, S. / Pelle, X. / Roddy, T.P. / Rondeau, ...著者: Marzinzik, A.L. / Amstutz, R. / Bold, G. / Bourgier, E. / Cotesta, S. / Glickman, J.F. / Gotte, M. / Henry, C. / Lehmann, S. / Hartwieg, J.C. / Ofner, S. / Pelle, X. / Roddy, T.P. / Rondeau, J.M. / Stauffer, F. / Stout, S.J. / Widmer, A. / Zimmermann, J. / Zoller, T. / Jahnke, W.
履歴
登録2015年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6413
ポリマ－40,1841
非ポリマー4572
水59433
1
F: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2826
ポリマ－80,3682
非ポリマー9144
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area4630 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area29160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.723, 110.723, 76.775
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase


分子量: 40183.855 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 72-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Tuner
参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物 ChemComp-59Z / {2-[(phosphonomethyl)carbamoyl]-1H-benzo[g]indol-1-yl}acetic acid


分子量: 362.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N2O6P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 / 詳細: 1.2M sodium potassium phosphate, 25% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月12日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→78 Å / Num. obs: 11498 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 65.24 Å2 / Rmerge F obs: 0.078 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 21.05 / Num. measured all: 157936
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.86-2.960.2610.4436.2914983109710950.4699.8
2.96-3.080.2310.4096.915749114611460.425100
3.08-3.210.1710.3038.8314501104910480.31599.9
3.21-3.360.1380.23910.9114273102410240.248100
3.36-3.530.1160.18113.66131729479470.188100
3.53-3.730.0740.13418.38129649259250.139100
3.73-3.970.0640.10321.97122878818810.107100
3.97-4.260.0520.0825.64115298288270.08399.9
4.26-4.630.0390.06431.38106147667650.06699.9
4.63-5.120.0330.05436.5399357167160.056100
5.12-5.790.0350.05834.0686216266250.0699.8
5.79-6.820.0350.05633.9375665595590.059100
6.82-8.720.020.0445.9662094744730.04199.8
8.72-13.910.0120.03354.4842463423400.03499.4
13.910.0160.04345.2412871301250.04696.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSDecember 2004データ削減
XSCALEDecember 2003データスケーリング
CNSCNX 2005位相決定
Coot0.6.2モデル構築
BUSTER-TNT1.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→54.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9358 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.32 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.321
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 1145 9.96 %RANDOM
Rwork0.1846 ---
obs0.1889 11497 99.92 %-
原子変位パラメータBiso max: 202.16 Å2 / Biso min: 21.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.4486 Å20 Å20 Å2
2--7.4486 Å20 Å2
3----14.8973 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.399 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.86→54.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2774 0 30 33 2837
Biso mean--81.72 44.3 -
残基数----343
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1018SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes82HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes404HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2864HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion357SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3598SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2864HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3883HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.66
LS精密化 シェル解像度: 2.86→3.13 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2857 248 9.22 %
Rwork0.191 2442 -
all0.1994 2690 -
obs--99.92 %
精密化 TLS手法: refined / 詳細: FPPS / Origin x: 10.3024 Å / Origin y: 79.7587 Å / Origin z: 27.4896 Å
111213212223313233
T-0.3316 Å2-0.0277 Å20.031 Å2--0.2553 Å20.0095 Å2--0.1338 Å2
L3.0486 °20.8834 °2-2.0112 °2-2.4886 °2-0.7812 °2--2.682 °2
S-0.2174 Å °-0.1408 Å °-0.3227 Å °0.0583 Å °0.0221 Å °0.3044 Å °0.1924 Å °-0.0229 Å °0.1953 Å °
精密化 TLSグループSelection: all / Selection details: { F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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