PDB-5dg3: Structure of Pseudomonas aeruginosa LpxA in complex with UDP-3-O-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dg3

タイトル

Structure of Pseudomonas aeruginosa LpxA in complex with UDP-3-O-(R-3-hydroxydecanoyl)-GlcNAc

要素

Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Acyltransferases / Catalytic Domain / UDP-GlcNAc / Fatty Acids / Lipid A / Substrate Specificity / Uridine Diphosphate N-Acetylglucosamine / Hydrocarbon Rulers

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Smith, E.W. / Chen, Y.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structures of Pseudomonas aeruginosa LpxA Reveal the Basis for Its Substrate Selectivity.
著者: Smith, E.W. / Zhang, X. / Behzadi, C. / Andrews, L.D. / Cohen, F. / Chen, Y.

履歴

登録	2015年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月23日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.3	2015年10月14日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	5demC 5depC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dep-2 6ueg-1 6uee-1 3i3x-2 3i3a-3 3i3x-3 5dem-1 5dep-1 4e6u-1 3i3a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

B: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

C: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

D: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

E: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

F: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

ヘテロ分子

171 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

B: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

C: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
85.7 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

ヘテロ分子

F: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

E: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
85.8 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.963, 83.328, 220.369
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	THR	THR	A	A	3 - 257	3 - 257
2	1	LEU	LEU	THR	THR	B	B	3 - 257	3 - 257
1	2	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	3 - 258	3 - 258
2	2	LEU	LEU	ARG	ARG	C	C	3 - 258	3 - 258
1	3	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	3 - 258	3 - 258
2	3	LEU	LEU	ARG	ARG	D	D	3 - 258	3 - 258
1	4	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	3 - 258	3 - 258
2	4	LEU	LEU	ARG	ARG	E	E	3 - 258	3 - 258
1	5	LEU	LEU	THR	THR	A	A	3 - 257	3 - 257
2	5	LEU	LEU	THR	THR	F	F	3 - 257	3 - 257
1	6	LEU	LEU	THR	THR	B	B	3 - 257	3 - 257
2	6	LEU	LEU	THR	THR	C	C	3 - 257	3 - 257
1	7	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	3 - 258	3 - 258
2	7	LEU	LEU	ARG	ARG	D	D	3 - 258	3 - 258
1	8	LEU	LEU	THR	THR	B	B	3 - 257	3 - 257
2	8	LEU	LEU	THR	THR	E	E	3 - 257	3 - 257
1	9	SER	SER	ARG	ARG	B	B	2 - 258	2 - 258
2	9	SER	SER	ARG	ARG	F	F	2 - 258	2 - 258
1	10	LEU	LEU	ARG	ARG	C	C	3 - 258	3 - 258
2	10	LEU	LEU	ARG	ARG	D	D	3 - 258	3 - 258
1	11	LEU	LEU	ARG	ARG	C	C	3 - 258	3 - 258
2	11	LEU	LEU	ARG	ARG	E	E	3 - 258	3 - 258
1	12	LEU	LEU	THR	THR	C	C	3 - 257	3 - 257
2	12	LEU	LEU	THR	THR	F	F	3 - 257	3 - 257
1	13	LEU	LEU	ARG	ARG	D	D	3 - 258	3 - 258
2	13	LEU	LEU	ARG	ARG	E	E	3 - 258	3 - 258
1	14	LEU	LEU	ARG	ARG	D	D	3 - 258	3 - 258
2	14	LEU	LEU	ARG	ARG	F	F	3 - 258	3 - 258
1	15	LEU	LEU	THR	THR	E	E	3 - 257	3 - 257
2	15	LEU	LEU	THR	THR	F	F	3 - 257	3 - 257

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.320813, 0.191648, -0.927551), (0.656625, 0.750774, -0.071985), (0.682585, -0.632147, -0.366699)	44.186859, -2.56039, 44.751732
3	given	(1), (1), (1)
4	given	(-0.35211, 0.680981, 0.642093), (0.222899, 0.7273, -0.649115), (-0.909029, -0.085438, -0.40788)	-13.26099, 22.214331, 58.62532
5	given	(1), (1), (1)
6	given	(0.026005, 0.997878, 0.059692), (-0.999405, 0.027306, -0.021084), (-0.02267, -0.059108, 0.997994)	19.828171, 18.89175, 55.368038
7	given	(1), (1), (1)
8	given	(-0.72233, 0.363667, -0.588205), (-0.687318, -0.283597, 0.668705), (0.076373, 0.88731, 0.454806)	71.82132, 19.567869, 50.481312
9	given	(1), (1), (1)
10	given	(0.199744, 0.280149, -0.938946), (0.707773, -0.703932, -0.059463), (-0.677613, -0.652683, -0.338888)	86.090958, -1.35003, 89.476517
11	given	(1), (1), (1)
12	given	(-0.361069, 0.200972, -0.910626), (0.674646, 0.730448, -0.106294), (0.643803, -0.65273, -0.399327)	44.164661, -1.18404, 46.417831
13	given	(1), (1), (1)
14	given	(-0.676108, -0.335311, 0.656082), (-0.7348, 0.241252, -0.63393), (0.054283, -0.910694, -0.409499)	29.14039, 4.92227, 17.33918
15	given	(1), (1), (1)
16	given	(-0.167376, 0.302312, 0.938399), (-0.703081, -0.70385, 0.101346), (0.691131, -0.642808, 0.330358)	9.55897, 18.311119, -29.318649
17	given	(1), (1), (1)
18	given	(-0.061685, -0.997621, 0.030771), (0.998017, -0.062039, -0.010679), (0.012562, 0.030051, 0.999469)	17.88102, -19.31036, -55.360081
19	given	(1), (1), (1)
20	given	(-0.215813, -0.300513, -0.929041), (-0.708249, 0.703153, -0.062922), (0.672167, 0.644413, -0.364588)	-9.21596, 20.430691, 24.661909
21	given	(1), (1), (1)
22	given	(0.031459, -0.997863, -0.057272), (-0.998323, -0.034155, 0.046731), (-0.048587, 0.055706, -0.997264)	-23.142719, 56.718399, 59.664398
23	given	(1), (1), (1)
24	given	(0.703614, 0.337764, 0.625174), (0.708478, -0.265797, -0.653767), (-0.05465, 0.902922, -0.426317)	-68.26857, 47.892929, 66.522247
25	given	(1), (1), (1)
26	given	(0.667054, 0.277757, -0.691296), (-0.743187, 0.312947, -0.591386), (0.052078, 0.908248, 0.415178)	0.87564, 52.280861, -2.17175
27	given	(1), (1), (1)
28	given	(-0.690491, 0.722134, 0.041779), (0.25136, 0.293703, -0.922256), (-0.678263, -0.626308, -0.384315)	21.418751, 64.034088, 37.873051
29	given	(1), (1), (1)
30	given	(-0.682573, 0.231741, 0.693102), (-0.729292, -0.277231, -0.62552), (0.047191, -0.932437, 0.358238)	7.0537, 45.7314, -4.62112

#1: タンパク質	Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase 分子量: 28048.730 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain PA7) (緑膿菌) 株: PA7 / 遺伝子: lpxA, PSPA7_1495 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A6V1E4, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-U21 / uridine-5'-diphosphate-3-O-(R-3-hydroxydecanoyl)-N-acetyl-D-glucosamine / (2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(R)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydrox ytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H- pyran-4-yl (3R)-3-hydroxydecanoate 分子量: 777.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₇H₄₅N₃O₁₉P₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M imidazole pH8.0, 20% PEG 1000, 10mM UDP-3-O-(R-3-hydroxydecanoyl)-GlcNAc

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→110.18 Å / Num. obs: 65433 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 26.27

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
HKL-2000		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→110.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.533 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24505	3038	5 %	RANDOM
R_work	0.19316	-	-	-
obs	0.1958	57656	91.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.049 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→110.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11663	0	209	231	12103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	12128
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	11485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.816	1.947	16475
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.743	3	26289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.34	5	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.906	22.741	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.233	15	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.103	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	13775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.527	4.1	6117
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.527	4.1	6116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.598	6.904	7634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.597	6.904	7635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.578	4.474	6011
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.576	4.474	6011
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.818	7.381	8841
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.1	9.248	13981
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.101	9.249	13976
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2183	TIGHT POSITIONAL	0.41	0.11
1	A	2254	TIGHT POSITIONAL	0.35	0.11
1	A	2246	TIGHT POSITIONAL	0.4	0.11
1	A	2183	TIGHT POSITIONAL	0.44	0.11
1	A	2185	TIGHT POSITIONAL	0.4	0.11
1	A	2241	TIGHT POSITIONAL	0.43	0.11
1	A	2242	TIGHT THERMAL	4.38	1.12
2	A	2255	TIGHT THERMAL	3.63	1.12
3	A	2188	TIGHT THERMAL	2.99	1.12
4	A	2250	TIGHT THERMAL	5.15	1.12
5	A	2242	TIGHT THERMAL	3.47	1.12
6	B	2246	TIGHT THERMAL	3.21	1.12
7	B	2185	TIGHT THERMAL	3.92	1.12
8	B	2241	TIGHT THERMAL	3.21	1.12
9	B	2285	TIGHT THERMAL	3.91	1.12
10	C	2183	TIGHT THERMAL	3.32	1.12
11	C	2254	TIGHT THERMAL	3.74	1.12
12	C	2246	TIGHT THERMAL	3.87	1.12
13	D	2183	TIGHT THERMAL	3.83	1.12
14	D	2185	TIGHT THERMAL	2.6	1.12
15	E	2241	TIGHT THERMAL	3.92	1.12

LS精密化シェル

解像度: 2.296→2.356 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	161	-
R_work	0.224	2729	-
obs	-	-	59.32 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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