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- PDB-5dfs: Crystal structure of Spider Monkey Cytochrome C at 1.15 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dfs
タイトルCrystal structure of Spider Monkey Cytochrome C at 1.15 Angstrom
要素Cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / Mitochondrial cytochrome c
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / apoptotic process / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Ateles sp. (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者MOU, T.C. / McClelland, L.J. / Jeakins-Cooley, M.E. / Goldes, M.E. / SPRANG, S.R. / BOWLER, B.E.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2016
タイトル: Disruption of a hydrogen bond network in human versus spider monkey cytochrome c affects heme crevice stability.
著者: Goldes, M.E. / Jeakins-Cooley, M.E. / McClelland, L.J. / Mou, T.C. / Bowler, B.E.
履歴
登録2015年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 2.02021年3月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,37212
ポリマ－23,6922
非ポリマー1,68010
水5,549308
1
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6596
ポリマ－11,8461
非ポリマー8145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7136
ポリマ－11,8461
非ポリマー8675
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.534, 42.733, 67.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 11845.817 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ateles sp. (哺乳類) / 遺伝子: CYCS, CYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00003
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 0.1 M LiCl2, 20% PEG 6000, 0.1 M HEPES, pH 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.22 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月9日
放射モノクロメーター: sI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.22 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→14.75 Å / Num. obs: 62439 / % possible obs: 97.83 % / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.15→1.191 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 97.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YCC

2ycc


解像度: 1.15→14.75 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1825 2009 3.22 %Random selection
Rwork0.1595 ---
obs0.1603 62325 97.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.2 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→14.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1641 0 112 308 2061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6372468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.038705
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012302
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.15-1.17870.27811370.25814277X-RAY DIFFRACTION97
1.1787-1.21060.22311430.22064343X-RAY DIFFRACTION99
1.2106-1.24620.23721610.22334262X-RAY DIFFRACTION99
1.2462-1.28640.29171400.24124250X-RAY DIFFRACTION97
1.2864-1.33230.22561330.20114362X-RAY DIFFRACTION99
1.3323-1.38560.22921440.20964280X-RAY DIFFRACTION97
1.3856-1.44860.21351450.1744369X-RAY DIFFRACTION100
1.4486-1.52490.20961450.18314296X-RAY DIFFRACTION98
1.5249-1.62040.1661470.14764353X-RAY DIFFRACTION99
1.6204-1.74530.16751450.14414408X-RAY DIFFRACTION100
1.7453-1.92060.17751480.14884296X-RAY DIFFRACTION98
1.9206-2.19770.17731430.14154241X-RAY DIFFRACTION95
2.1977-2.76590.15271450.14524322X-RAY DIFFRACTION98
2.7659-14.75370.15331330.13084257X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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