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- PDB-5del: Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5del
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bound with Inhibitor DSM59
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / alpha/beta barrel / mitochondrial membrane / FMN / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(3,5-dichlorophenyl)-2-methyl-3-nitrobenzamide / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Phillips, M. / Deng, X.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: The X-ray structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bound to a potent and selective N-phenylbenzamide inhibitor reveals novel binding-site interactions.
著者: Deng, X. / Matthews, D. / Rathod, P.K. / Phillips, M.A.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年10月7日ID: 4RYH
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7377
ポリマ－45,3861
非ポリマー1,3516
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.046, 85.046, 137.704
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 45385.914 Da / 分子数: 1 / 変異: UNP residues 158-569, delta(384-413) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFF0160c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 6種, 129分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物 ChemComp-D59 / N-(3,5-dichlorophenyl)-2-methyl-3-nitrobenzamide


分子量: 325.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10Cl2N2O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.35
詳細: 0.16 M Ammonium sulfate, 0.1 M NaAcetate, pH 5.35, 13.5% PEG4000, 24% Glycerol, 10 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月25日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.02 Å / Num. obs: 24803 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 28.45 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 30.28
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3I65

3i65


解像度: 2.2→38.955 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2146 1251 5.04 %Random
Rwork0.1948 ---
obs0.1958 24802 86.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2962 0 91 123 3176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7634190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2621172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029461
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.28460.2987370.2795606X-RAY DIFFRACTION20
2.2846-2.38860.2646880.27491765X-RAY DIFFRACTION59
2.3886-2.51450.25161470.26052995X-RAY DIFFRACTION98
2.5145-2.6720.26481590.23593023X-RAY DIFFRACTION100
2.672-2.87820.25541750.2213003X-RAY DIFFRACTION100
2.8782-3.16780.23911490.20593061X-RAY DIFFRACTION100
3.1678-3.62590.23381690.19463011X-RAY DIFFRACTION100
3.6259-4.56710.17071560.16443055X-RAY DIFFRACTION100
4.5671-38.96150.17821710.16313032X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.41491.43280.27340.95330.48431.0363-0.09460.44350.4669-0.23470.07320.2572-0.54030.05070.05510.9066-0.1612-0.16950.42310.08090.34328.355631.1813-17.4326
21.34971.11250.25862.28370.85790.9292-0.04770.01640.1991-0.2749-0.00270.3522-0.0882-0.12540.17980.5001-0.2113-0.11480.2768-0.01740.21384.422326.1969-3.2493
31.1110.9259-0.20832.93820.07590.1242-0.05980.036-0.2259-0.0302-0.0175-0.11480.0704-0.01320.0330.4413-0.2376-0.0650.27860.05010.19610.002115.43013.1523
42.14780.26740.06222.2665-0.13631.61350.0743-0.31450.19590.1164-0.14390.7855-0.0293-0.53710.06190.4022-0.2041-0.01770.459-0.09910.4532-4.628426.32895.8829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 162:194 )A162 - 194
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 195:283 )A195 - 283
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 284:336 )A284 - 336
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 337:565 )A337 - 565

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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