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- PDB-5de0: Dye-decolorizing protein from V. cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5de0
タイトルDye-decolorizing protein from V. cholerae
要素Deferrochelatase
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme complex
機能・相同性
機能・相同性情報


melanin metabolic process / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Deferrochelatase / TyrA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Uchida, T. / Sasaki, M. / Tanaka, Y. / Yao, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
MEXT 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: A Dye-Decolorizing Peroxidase from Vibrio cholerae.
著者: Uchida, T. / Sasaki, M. / Tanaka, Y. / Ishimori, K.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deferrochelatase
B: Deferrochelatase
C: Deferrochelatase
D: Deferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,7838
ポリマ－135,3184
非ポリマー2,4664
水4,540252
1
A: Deferrochelatase
B: Deferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8924
ポリマ－67,6592
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area24160 Å2
手法PISA
2
C: Deferrochelatase
D: Deferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8924
ポリマ－67,6592
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.700, 77.700, 156.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Deferrochelatase / Dyp-type peroxidase family protein


分子量: 33829.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: DN30_2082, VC39_07860, VC78_07860, VS27_03965, WG08_01515
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085T8S6, UniProt: Q9KQ59*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: potassium thiocyanate, PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 50860 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.83 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 12.51
反射 シェル解像度: 2.24→2.38 Å / 冗長度: 5.72 % / Rmerge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QNR

3qnr


解像度: 2.24→41.296 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 2542 5 %
Rwork0.2362 --
obs0.2368 50852 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→41.296 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9260 0 172 252 9684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74513189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5853465
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031699
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2404-2.28350.36461390.32612652X-RAY DIFFRACTION98
2.2835-2.33010.33341400.30922656X-RAY DIFFRACTION100
2.3301-2.38080.31541410.29432672X-RAY DIFFRACTION100
2.3808-2.43620.32791440.3012740X-RAY DIFFRACTION100
2.4362-2.49710.34851380.29372631X-RAY DIFFRACTION100
2.4971-2.56460.30491420.29542699X-RAY DIFFRACTION100
2.5646-2.640.33341420.28372681X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.72520.29971410.27562690X-RAY DIFFRACTION100
2.7252-2.82260.28171410.26892684X-RAY DIFFRACTION100
2.8226-2.93560.28461420.272688X-RAY DIFFRACTION100
2.9356-3.06920.27381420.26092706X-RAY DIFFRACTION100
3.0692-3.23090.30221420.26012698X-RAY DIFFRACTION100
3.2309-3.43330.28461410.24212678X-RAY DIFFRACTION100
3.4333-3.69820.23771430.22422712X-RAY DIFFRACTION100
3.6982-4.070.23241410.21482675X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.65830.17061400.18762662X-RAY DIFFRACTION100
4.6583-5.86630.18511430.19152709X-RAY DIFFRACTION100
5.8663-41.30270.1741400.17862677X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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