PDB-5ddk: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6-N347A) in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ddk

タイトル

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6-N347A) in complex with CoA

要素

Acetyl-CoA hydrolase

キーワード

TRANSFERASE / Tricarboxylic acid cycle / Acidophile

機能・相同性

機能・相同性情報

succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetate metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA metabolic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.127 Å

データ登録者

Kappock, T.J. / Mullins, E.A. / Murphy, J.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2016
タイトル: Functional Dissection of the Bipartite Active Site of the Class I Coenzyme A (CoA)-Transferase Succinyl-CoA:Acetate CoA-Transferase.
著者: Murphy, J.R. / Mullins, E.A. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2015年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ddk.cif.gz	411.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ddk.ent.gz	334.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ddk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ddk_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ddk_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5ddk_validation.xml.gz	42.4 KB	表示
CIF形式データ	5ddk_validation.cif.gz	62.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/5ddk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/5ddk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dw4C 5dw5C 5dw6C 5e5hC 4eu9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dw5-d 5dw6-d 4eua-d 4eu4-d 4eu5-d 2nvv-2 4euc-d 4eu9-d 5dw4-d 6k5v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
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生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
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類似性 (1)
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RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
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人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA hydrolase

B: Acetyl-CoA hydrolase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.103, 109.775, 120.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acetyl-CoA hydrolase 分子量: 56003.266 Da / 分子数: 2 / 変異: N347A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetobacter aceti 1023 (バクテリア) 遺伝子: AZ09_02565 / プラスミド: pET23a / 詳細 (発現宿主): pJK524 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: A0A063X8M7, UniProt: B3EY95*PLUS, succinyl-CoA:acetate CoA-transferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / Density meas: 35.7 Mg/m³ / 溶媒含有率: 37.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, 25 mM 2-mercaptoethanol, 2 mM coenzyme A

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月27日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.127→50 Å / Num. obs: 50048 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / R_sym value: 0.116 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 2.127→2.17 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / R_sym value: 0.652 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4eu9

4eu9

解像度: 2.127→32.337 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 17.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	2394	5 %	same as 4eu9
R_work	0.1449	-	-	-
obs	0.1473	47881	94.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.127→32.337 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7751	0	115	623	8489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8091
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.859	10968
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.882	2990
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	1202
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1454

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1274-2.1709	0.2323	119	0.1706	2395	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1709-2.2181	0.2219	137	0.167	2453	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2181-2.2696	0.2322	143	0.1677	2523	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2696-2.3264	0.2481	137	0.1619	2511	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3264-2.3893	0.2262	131	0.1644	2576	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3893-2.4595	0.2232	130	0.1593	2566	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4595-2.5389	0.2089	142	0.1637	2608	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5389-2.6296	0.2471	141	0.1621	2628	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6296-2.7348	0.2037	139	0.1658	2669	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7348-2.8592	0.2678	138	0.1686	2702	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8592-3.0099	0.2098	144	0.1661	2761	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0099-3.1983	0.2103	145	0.1615	2777	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1983-3.445	0.1909	140	0.1426	2782	X-RAY DIFFRACTION	99
3.445-3.7912	0.1876	157	0.1238	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7912-4.3387	0.1363	146	0.1144	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3387-5.462	0.1422	149	0.1128	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
5.462-32.3403	0.1537	156	0.1404	2987	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.068	-0.2008	-0.115	0.3717	0.0957	0.9671	0.0043	0.1122	-0.0361	-0.0596	-0.0267	-0.0811	-0.004	0.2088	0.0163	0.1142	-0.0076	0.0164	0.1911	0.0118	0.1695	10.0321	-5.7326	7.8331
2	1.077	0.8753	-1.0192	0.7318	-0.7171	1.2633	-0.1439	-0.0257	-0.6088	0.0154	-0.1151	0.0606	0.2276	0.0066	0.2758	0.1788	-0.0349	0.0228	0.2067	-0.0693	0.2456	-15.138	-18.897	16.337
3	2.4168	0.2749	-1.0504	1.4782	0.1615	2.4576	-0.2911	-0.2277	-0.588	-0.044	-0.056	-0.1141	0.4818	0.0282	0.2002	0.2168	0.0218	0.0515	0.1965	0.0231	0.2808	-13.0911	-14.6074	5.7513
4	0.4907	-0.2249	0.0809	0.6478	0.1849	1.5213	-0.0257	-0.04	-0.086	0.0867	-0.013	0.091	0.0445	-0.1613	0.0356	0.0979	-0.0151	0.0187	0.1152	-0.0085	0.1657	-16.6131	-5.9845	29.0879
5	1.564	-0.9769	0.318	1.453	0.6351	1.2073	-0.0958	-0.2865	-0.1823	0.2376	0.0609	0.098	0.206	-0.2135	-0.0328	0.2215	0.0019	0.0368	0.2241	0.0543	0.1761	-13.2708	-7.3868	46.4154
6	1.0252	-0.1249	0.4797	0.7143	-0.3865	0.9251	-0.1172	-0.1885	0.0961	-0.0429	0.0001	0.1547	-0.4326	-0.6081	-0.0096	0.2968	0.186	-0.0512	0.3764	-0.0655	0.2247	-35.543	19.4063	23.3749
7	0.9617	-0.4665	0.1213	1.2559	0.2386	0.1291	-0.0023	0.0454	0.1107	-0.3993	-0.1079	0.0208	-0.5126	-0.2375	0.0306	0.3672	0.1248	-0.0753	0.2728	-0.0112	0.1663	-27.8688	19.1914	6.7532
8	1.3055	0.3933	1.3323	0.6886	-0.0399	1.7012	-0.1361	-0.4057	0.1403	-0.03	-0.0955	0.0679	-0.3859	-0.0136	0.2399	0.3421	-0.0494	-0.0287	0.1089	-0.0201	0.238	-6.6307	28.7442	26.7766
9	0.4609	-0.0556	0.2336	0.458	0.0285	0.7281	-0.0339	0.0054	0.1458	-0.1057	-0.0035	-0.0414	-0.3064	-0.0535	0.0223	0.2599	0.0008	-0.0028	0.1192	0.004	0.1934	-8.8937	21.3611	22.6168
10	0.8828	0.5292	0.898	1.9901	1.3824	3.8431	-0.0238	-0.0663	-0.0008	0.0004	0.0382	-0.1789	-0.2497	0.2073	-0.0036	0.1268	-0.0434	-0.0059	0.1826	-0.0012	0.2034	6.4434	8.9374	39.3907
11	1.8577	-2.5788	-2.5495	4.7466	3.3104	4.2246	-0.1849	-0.2231	-0.0703	0.3569	0.2372	-0.0505	0.0899	0.3254	-0.1457	0.1316	-0.0371	-0.0403	0.1907	0.0141	0.1319	-3.1727	4.8628	45.3634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 223 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 224 through 255 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 256 through 348 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 349 through 476 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 477 through 513 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 176 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 177 through 223 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 224 through 255 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 256 through 445 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 446 through 476 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 477 through 505 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)