PDB-5dd4: Apo structure of transcriptional factor AraR from Bacteroides the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dd4

タイトル

Apo structure of transcriptional factor AraR from Bacteroides thetaiotaomicron VPI

要素

TRANSCRIPTIONAL REGULATOR AraR

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / AraR / DNA binding / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON / HELIX-TURN-HELIX MOTIF / NUDIX FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Chang, C. / Tesar, C. / Rodionov, D. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: A novel transcriptional regulator of L-arabinose utilization in human gut bacteria.
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Li, X. / Kim, Y. / Rodionov, D.A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2015年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月21日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月16日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dd4.cif.gz	103.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dd4.ent.gz	84 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dd4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dd4_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dd4_full_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示
XML形式データ	5dd4_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	5dd4_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/5dd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/5dd4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bs6C 5ddgC 5deqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2o0y-2 6der-d 6den-d 6deo-d 6des-d 2h0i-d 6dep-d 5lxv-d 2nqp-2 5wkc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC111381

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (4) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR AraR

ヘテロ分子

26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR AraR

ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR AraR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.735, 123.735, 123.735
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

#1: タンパク質	TRANSCRIPTIONAL REGULATOR AraR / NUDIX family hydrolase 分子量: 26622.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_0354 / プラスミド: PMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8AAV8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.17 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.1M Malic Acid

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日

放射

モノクロメーター: Si(111)double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.56→50 Å / Num. obs: 10292 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Χ²: 1.104 / Net I/av σ(I): 21.025 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 111364

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.56-2.58	11	0.992	273	0.803	100
2.58-2.6	11	0.914	232	0.846	100
2.6-2.63	11.1	0.96	270	0.86	100
2.63-2.65	10.9	0.782	259	0.918	100
2.65-2.68	11.1	0.646	242	0.906	100
2.68-2.7	11	0.687	246	0.887	100
2.7-2.73	11	0.566	267	0.889	100
2.73-2.76	11	0.57	244	0.941	100
2.76-2.79	11.1	0.476	248	0.972	100
2.79-2.82	11	0.393	270	0.904	100
2.82-2.85	11.1	0.377	245	0.957	100
2.85-2.88	11	0.355	261	0.964	100
2.88-2.92	10.9	0.337	259	0.98	100
2.92-2.96	11.2	0.318	238	0.998	100
2.96-2.99	11.1	0.271	256	0.981	100
2.99-3.04	10.9	0.263	243	1.102	100
3.04-3.08	11.1	0.213	268	1.07	100
3.08-3.12	10.9	0.224	268	1.164	100
3.12-3.17	11.1	0.202	246	1.127	100
3.17-3.23	11	0.168	250	1.129	100
3.23-3.28	10.9	0.171	253	1.228	100
3.28-3.34	10.9	0.151	269	1.148	100
3.34-3.4	11	0.142	246	1.262	100
3.4-3.47	10.9	0.135	266	1.28	100
3.47-3.55	10.9	0.124	255	1.312	100
3.55-3.63	10.8	0.125	255	1.456	100
3.63-3.72	10.9	0.115	251	1.387	100
3.72-3.82	10.9	0.116	264	1.463	100
3.82-3.94	10.8	0.104	264	1.428	100
3.94-4.06	10.7	0.11	253	1.465	100
4.06-4.21	10.6	0.105	254	1.454	100
4.21-4.38	10.6	0.098	257	1.336	100
4.38-4.58	10.6	0.094	262	1.339	100
4.58-4.82	10.6	0.089	254	1.188	100
4.82-5.12	10.4	0.084	268	1.158	100
5.12-5.51	10.2	0.097	256	1.174	100
5.51-6.07	10.5	0.088	261	1.019	100
6.07-6.94	10.4	0.086	268	0.948	100
6.94-8.74	10.5	0.081	273	0.962	100
8.74-50	9.5	0.074	278	0.785	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定
SBC-Collect		データ収集

精密化

解像度: 2.56→39.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 16.846 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.438 / ESU R Free: 0.256
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2219	479	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1828	-	-	-
obs	0.1847	9559	97.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.01 Å² / B_iso mean: 35.617 Å² / B_iso min: 11.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.56→39.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1776	0	8	27	1811
B_iso mean	-	-	37.23	24.71	-
残基数	-	-	-	-	221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	1.989	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.709	3	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.409	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.294	24.783	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.678	15	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.129	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	422

LS精密化シェル

解像度: 2.563→2.63 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	32	-
R_work	0.243	541	-
all	-	573	-
obs	-	-	73.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.5504	-6.4788	-2.6544	5.3294	1.3492	2.1421	-0.0843	-0.0933	0.0791	0.0855	-0.0782	-0.0968	-0.1795	0.3783	0.1625	0.0313	-0.0503	-0.0203	0.0956	0.0449	0.1373	59.5665	7.2987	32.5131
2	16.5673	0.5532	-1.9691	6.9419	-0.9767	4.4514	-0.0045	-0.3486	0.168	-0.1067	-0.1304	-0.6239	-0.5491	0.2804	0.1349	0.1486	-0.0615	-0.053	0.037	0.0353	0.1321	57.8092	21.5097	30.1694
3	2.0303	-1.3267	-0.3223	5.1013	-0.5861	3.6381	-0.0109	-0.1627	0.1203	0.2353	-0.0339	-0.2364	-0.3429	0.2411	0.0448	0.0865	-0.058	-0.0422	0.0646	-0.0065	0.0915	57.7151	14.285	34.4151
4	4.2497	-2.9045	-2.7071	2.1196	1.4902	2.7373	0.0521	0.2881	-0.4397	-0.0735	-0.1556	0.3849	0.0317	-0.2739	0.1035	0.0918	-0.0466	-0.0149	0.0574	-0.0437	0.2561	37.4535	13.2435	35.9487
5	5.2733	-2.0441	-2.7944	9.9977	5.2603	6.8253	-0.4153	-0.2237	-0.4821	-0.0806	0.2289	0.0296	0.2175	-0.4891	0.1864	0.0634	-0.0528	0.0551	0.264	0.0554	0.2563	29.9055	17.2796	48.0196
6	18.7541	0.9378	-0.0998	10.0314	-9.8382	9.709	-0.9688	0.4351	-1.4813	-0.2124	1.3109	0.4201	0.2905	-1.2686	-0.3421	0.8577	-0.2218	0.2879	0.4808	-0.2239	0.8123	31.6116	2.5424	43.8281

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	26 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	40 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	133 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	182 - 218
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	219 - 225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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