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- PDB-5dcm: Structure of a lantibiotic response regulator: C-terminal domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dcm
タイトルStructure of a lantibiotic response regulator: C-terminal domain of the nisin resistance regulator NsrR
要素(PhoB family transcriptional regulator) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Antimicrobial peptide / lantibiotic / nisin / resistance/regulation / two component system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Khosa, S. / Kleinschrodt, D. / Hoeppner, A. / Smits, S.H.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structure of the Response Regulator NsrR from Streptococcus agalactiae, Which Is Involved in Lantibiotic Resistance.
著者: Khosa, S. / Hoeppner, A. / Gohlke, H. / Schmitt, L. / Smits, S.H.
履歴
登録2015年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PhoB family transcriptional regulator
B: PhoB family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5142
ポリマ－55,5142
非ポリマー00
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.380, 60.460, 56.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-369-

HOH

21B-401-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PhoB family transcriptional regulator


分子量: 27756.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: DK41_05180, EN72_05470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5JZS1
#2: タンパク質 PhoB family transcriptional regulator


分子量: 27756.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: DK41_05180, EN72_05470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5JZS1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M SPG buffer pH 8.0 and 25% (w/v) PEG 1500 / PH範囲: 6.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07145 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07145 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. obs: 124813 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→56.85 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 3740 7.63 %
Rwork0.1868 --
obs0.1893 49037 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→56.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1552 0 0 325 1877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.092129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.286593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6002-1.62040.25351300.23511711X-RAY DIFFRACTION99
1.6204-1.64170.27061290.21711656X-RAY DIFFRACTION99
1.6417-1.66420.24551230.22411738X-RAY DIFFRACTION99
1.6642-1.6880.22361660.22541643X-RAY DIFFRACTION100
1.688-1.71320.27371420.20991703X-RAY DIFFRACTION99
1.7132-1.740.19941440.22351655X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.76850.28131440.20631699X-RAY DIFFRACTION99
1.7685-1.7990.25521260.21571657X-RAY DIFFRACTION99
1.799-1.83170.23551520.2061697X-RAY DIFFRACTION99
1.8317-1.86690.18481140.21251670X-RAY DIFFRACTION99
1.8669-1.90510.21721350.20431678X-RAY DIFFRACTION98
1.9051-1.94650.22581560.19711639X-RAY DIFFRACTION98
1.9465-1.99180.26111040.17971658X-RAY DIFFRACTION97
1.9918-2.04160.20471420.19121654X-RAY DIFFRACTION97
2.0416-2.09680.24171530.18811640X-RAY DIFFRACTION98
2.0968-2.15850.2191390.18121691X-RAY DIFFRACTION99
2.1585-2.22820.23921260.19271700X-RAY DIFFRACTION99
2.2282-2.30780.25991430.19171649X-RAY DIFFRACTION99
2.3078-2.40020.22611510.18611674X-RAY DIFFRACTION100
2.4002-2.50940.2111480.19491728X-RAY DIFFRACTION100
2.5094-2.64170.22951390.18591678X-RAY DIFFRACTION100
2.6417-2.80720.20771450.18911669X-RAY DIFFRACTION100
2.8072-3.0240.2991300.19011684X-RAY DIFFRACTION99
3.024-3.32830.18581440.18681703X-RAY DIFFRACTION99
3.3283-3.80980.19221450.17421637X-RAY DIFFRACTION97
3.8098-4.79950.17691380.14631683X-RAY DIFFRACTION100
4.7995-56.88590.21091320.18691703X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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