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- PDB-5dbs: 2009 H1N1 PA endonuclease mutant E119D in complex with dTMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dbs
タイトル2009 H1N1 PA endonuclease mutant E119D in complex with dTMP
要素Polymerase acidic protein
キーワードHYDROLASE / influenza / resistance / endonuclease inhibitor / viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Restriction Endonuclease / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Kumar, G. / White, S.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI098757 米国
St. Jude Children's Research Hospital (ALSAC) 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Identification and characterization of influenza variants resistant to a viral endonuclease inhibitor.
著者: Song, M.S. / Kumar, G. / Shadrick, W.R. / Zhou, W. / Jeevan, T. / Li, Z. / Slavish, P.J. / Fabrizio, T.P. / Yoon, S.W. / Webb, T.R. / Webby, R.J. / White, S.W.
履歴
登録2015年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Data collection
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6084
ポリマ－23,1341
非ポリマー4733
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子

A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子

A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子

A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,43016
ポリマ－92,5374
非ポリマー1,89312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_885-x+3,-y+3,z1
crystal symmetry operation3_855-y+3,x,z1
crystal symmetry operation4_585y,-x+3,z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area30620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.390, 90.390, 133.293
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 23134.316 Da / 分子数: 1 / 変異: E119D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: PA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3W5S0
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.0 M ammonium sulfate, 2% w/v PEG400, 50 mM magnesium chloride, 50 mM manganese chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16301 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.186 / Net I/av σ(I): 28.954 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 200012
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.106-2.186.40.72815580.9070.2750.7810.77798.2
2.18-2.268.20.68716050.9580.2360.7280.82699.9
2.26-2.3710.50.67216160.9820.2090.7050.856100
2.37-2.4912.90.65916150.9860.1890.6860.905100
2.49-2.6514.20.48416030.9910.1330.5020.994100
2.65-2.8514.40.31616190.990.0870.3281.152100
2.85-3.1414.40.17616250.9950.0480.1821.32499.9
3.14-3.5914.30.11216440.9960.0310.1171.489100
3.59-4.5214.20.08716620.9970.0240.0911.51999.9
4.52-5012.90.06617540.9980.0190.0691.46799

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0124精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CZN

5czn


解像度: 2.11→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 12.017 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2409 867 5.3 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.2102 15432 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.98 Å2 / Biso mean: 62.66 Å2 / Biso min: 41.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20 Å20 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----1.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1413 0 27 16 1456
Biso mean--69.88 58.49 -
残基数----179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6141.9511988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99533022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6555178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17322.85770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60615241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7861512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9963.777715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9973.776714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1955.655892
LS精密化 シェル解像度: 2.106→2.161 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 62 -
Rwork0.274 1085 -
all-1147 -
obs--96.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4028-0.20091.08450.121-0.1831.34780.0147-0.2159-0.02190.0119-0.1412-0.0170.5128-0.11270.12650.4363-0.12950.15890.26610.00730.0853128.2073111.5355417.8859
215.37512.5748-9.827437.438414.239624.5593-0.48630.46770.20820.47940.19590.67541.039-0.45150.29040.1384-0.03970.00950.03650.04310.1515126.6208105.1095415.8108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 176
2X-RAY DIFFRACTION2E1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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