PDB-5dbl: Crystal structure of the Staphylococcus aureus SasG E1-G52 Y625W ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dbl

タイトル

Crystal structure of the Staphylococcus aureus SasG E1-G52 Y625W mutant

要素

Surface protein G

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / SasG / Biofilm / Staphylococcus aureus

機能・相同性

機能・相同性情報

single-species submerged biofilm formation / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Whelan, F. / Potts, J.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Disorder drives cooperative folding in a multidomain protein.
著者: Gruszka, D.T. / Mendonca, C.A. / Paci, E. / Whelan, F. / Hawkhead, J. / Potts, J.R. / Clarke, J.

履歴

登録	2015年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月5日	Group: Database references
改定 1.2	2016年10月19日	Group: Database references
改定 1.3	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dbl.cif.gz	74 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dbl.ent.gz	54.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dbl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dbl_validation.pdf.gz	400.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dbl_full_validation.pdf.gz	400.7 KB	表示
XML形式データ	5dbl_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	5dbl_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/5dbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/5dbl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tipS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tu9-1 3v4q-d 3v5b-d 5tu8-2 2jee-2 3v4w-d 2jee-1 1pl5-d 5tu9-2 2dw3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Surface protein G

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.046, 34.970, 69.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.890, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-727- HOH
2	1	A-862- HOH
3	1	A-913- HOH
4	1	A-946- HOH

#1: タンパク質	Surface protein G 分子量: 14516.241 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 498-629 / 変異: Y625W / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: sasG, SAOUHSC_02798 / プラスミド: pSKB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G2B2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM citrate pH 5, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→33.49 Å / Num. obs: 21092 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.47 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 67910 / Scaling rejects: 3

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.2 % / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.6-1.63	0.73	1.6	3195	1004	0.771	0.484	98.5
8.76-33.49	0.026	34.8	425	133	1	0.017	90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
XDS	November 3, 2014	データ削減
XDS	November 3, 2014	データスケーリング
Aimless	0.5.12	データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TIP

3tip

解像度: 1.6→33.422 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2072	1074	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1739	19974	-	-
obs	0.1757	21048	98.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.65 Å² / B_iso mean: 24.5601 Å² / B_iso min: 12.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→33.422 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1005	0	0	298	1303
B_iso mean	-	-	-	34.07	-
残基数	-	-	-	-	130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1090
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.992	1488
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	161
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	204
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.644	455

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6729	0.3127	138	0.2854	2455	2593	98
1.6729-1.7611	0.2682	158	0.2454	2453	2611	99
1.7611-1.8714	0.2077	118	0.2013	2463	2581	98
1.8714-2.0159	0.2407	135	0.1902	2486	2621	98
2.0159-2.2187	0.2035	118	0.1631	2515	2633	99
2.2187-2.5396	0.1889	130	0.177	2500	2630	99
2.5396-3.1993	0.2061	124	0.1728	2547	2671	99
3.1993-33.4289	0.188	153	0.1468	2555	2708	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0398	-0.0059	-0.0028	0.0778	0.0224	0.0053	-0.0762	0.1264	0.0614	-0.0853	0.004	0.008	0.1196	0.0069	0	0.169	-0.0236	0.0101	0.2124	0.0209	0.1954	36.6068	-25.3495	61.625
2	0.0176	0.0334	0.0068	0.0164	-0.0712	0.0119	0.1142	-0.0007	-0.0391	-0.1031	-0.0584	0.0927	0.1933	-0.0138	0	0.2212	0.0173	-0.0124	0.1776	-0.0071	0.1947	41.042	-33.0446	69.4406
3	0.0166	0.0078	0.0032	0.0097	-0.0004	-0.0003	0.0841	0.1311	-0.091	-0.2158	-0.0166	-0.0005	0.034	-0.0689	0	0.1968	-0.0007	-0.0074	0.1855	0.007	0.1801	24.0561	-22.4801	46.3018
4	-0.0125	-0.0359	0.0381	-0.0254	0.0406	0.0065	-0.0348	0.0122	0.0622	-0.0601	-0.0146	-0.0444	0.0003	-0.0131	0	0.1752	-0.0062	-0.0086	0.167	-0.0017	0.1869	35.7671	-27.5202	63.5708
5	-0.1188	-0.011	0.0586	-0.0546	0.0045	0.0164	-0.0289	-0.027	-0.0271	0.061	0.0708	-0.0619	-0.3048	0.2301	0	0.1904	-0.029	0.003	0.231	-0.0012	0.1579	49.5764	-26.8417	97.5138
6	0.0241	0.0313	0.1737	0.0656	0.2089	0.7753	0.0271	0.0116	0.0499	-0.1097	-0.0195	-0.0179	0.27	-0.2024	-0.0036	0.1141	-0.0055	0.0034	0.224	0.01	0.1838	55.9241	-31.7719	129.2222
7	0.0055	0.0115	-0.0153	0.0206	-0.0027	0.007	0.0759	-0.0686	-0.1101	0.0251	0.072	0.0433	0.2808	-0.0326	-0	0.1485	0.0139	0.0121	0.1602	0.001	0.1838	66.692	-33.6196	141.96
8	0.0866	0.0081	-0.0189	-0.0002	-0.0001	-0.0041	-0.0571	0.1065	0.1142	-0.0117	-0.02	0.0146	-0.0968	-0.2001	-0	0.1425	0.0016	0.0077	0.1954	0.0119	0.1636	61.3763	-26.7325	126.8654
9	-0.1368	0.0131	0.3004	-0.1417	0.0137	0.1152	0.0691	0.0196	-0.0465	-0.0111	0.0249	-0.0001	0.1056	0.1669	0.0003	0.1978	0.0204	-0.0087	0.2194	0.0038	0.15	51.2553	-29.9967	106.9236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 500 through 510 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 511 through 527 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 528 through 537 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 538 through 547 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 548 through 561 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 562 through 569 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 570 through 577 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 578 through 586 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 587 through 629 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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