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- PDB-5dai: Proliferating cell nuclear antigen homolog 1 bound to FEN-1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dai
タイトルProliferating cell nuclear antigen homolog 1 bound to FEN-1 peptide
要素
  • C-terminus of FEN-1 protein
  • DNA polymerase sliding clamp 1
キーワードTRANSFERASE / complex / PIP box binder
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-flap endonuclease activity / DNA replication, removal of RNA primer / 5'-3' exonuclease activity / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region ...Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / PIN-like domain superfamily / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase sliding clamp 1 / Flap endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ladner, J.E. / Altieri, A.S. / Kelman, Z.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A small protein inhibits proliferating cell nuclear antigen by breaking the DNA clamp.
著者: Altieri, A.S. / Ladner, J.E. / Li, Z. / Robinson, H. / Sallman, Z.F. / Marino, J.P. / Kelman, Z.
履歴
登録2015年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22016年8月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase sliding clamp 1
B: C-terminus of FEN-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,56713
ポリマ－30,5102
非ポリマー1,05711
水1,76598
1
A: DNA polymerase sliding clamp 1
B: C-terminus of FEN-1 protein
ヘテロ分子

A: DNA polymerase sliding clamp 1
B: C-terminus of FEN-1 protein
ヘテロ分子

A: DNA polymerase sliding clamp 1
B: C-terminus of FEN-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,70039
ポリマ－91,5306
非ポリマー3,17033
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area13350 Å2
ΔGint-419 kcal/mol
Surface area33590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.070, 152.070, 35.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp 1 / Proliferating cell nuclear antigen homolog 1 / PCNA 1


分子量: 29099.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: pcn1, TK0535 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JF32
#2: タンパク質・ペプチド C-terminus of FEN-1 protein


分子量: 1410.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JGN0*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: Well solution: 2.8 M ammonium sulfate, 100 mM citric acid buffer pH 5.3, and 10% PEG 4000.
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.8 Å / Num. obs: 20143 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.31 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 11.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LX1

3lx1


解像度: 2→28.762 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 1025 5.09 %random
Rwork0.1815 ---
obs0.1835 20133 98.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.762 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 55 98 2202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1362969
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.834842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004379
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.10560.33071520.27352770X-RAY DIFFRACTION100
2.1056-2.23750.3221480.23472753X-RAY DIFFRACTION100
2.2375-2.41010.31671430.23432783X-RAY DIFFRACTION99
2.4101-2.65250.31461490.22812733X-RAY DIFFRACTION99
2.6525-3.0360.32171620.21442738X-RAY DIFFRACTION98
3.036-3.82360.19281490.16592701X-RAY DIFFRACTION97
3.8236-28.76470.15751220.14992630X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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