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万見
- PDB-5da7: monomeric PCNA bound to a small protein inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5da7
タイトルmonomeric PCNA bound to a small protein inhibitor
要素
  • DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen
  • Thermococcales inhibitor of PCNA
キーワードDNA binding protein/inhibitor / complex / inhibitor / DNA binding protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain ...: / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase sliding clamp 1 / PCNA-inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Ladner, J.E. / Altieri, A.S. / Kelman, Z.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A small protein inhibits proliferating cell nuclear antigen by breaking the DNA clamp.
著者: Altieri, A.S. / Ladner, J.E. / Li, Z. / Robinson, H. / Sallman, Z.F. / Marino, J.P. / Kelman, Z.
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22016年8月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen
D: DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen
B: Thermococcales inhibitor of PCNA
E: Thermococcales inhibitor of PCNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,18822
ポリマ－73,4594
非ポリマー1,72918
水00
1
A: DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen
B: Thermococcales inhibitor of PCNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,88214
ポリマ－36,7292
非ポリマー1,15312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area13760 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen
E: Thermococcales inhibitor of PCNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3068
ポリマ－36,7292
非ポリマー5766
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.341, 184.079, 330.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen / Proliferating cell nuclear antigen homolog 1 / PCNA 1


分子量: 29099.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: pcn1, TK0535 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JF32
#2: タンパク質 Thermococcales inhibitor of PCNA


分子量: 7629.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
参照: UniProt: Q5JH72
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: Well solution: 1.2 M ammonium sulfate, 50 mM sodium citrate buffer, and 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月15日
放射モノクロメーター: coated mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 30707 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 36.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.892

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LX1

3lx1


解像度: 2.802→29.962 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2611 1544 5.03 %random
Rwork0.2006 ---
obs0.2035 30681 98.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.802→29.962 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4508 0 90 0 4598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014644
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.366252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3141780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8023-2.89270.35941300.30022317X-RAY DIFFRACTION88
2.8927-2.9960.31971200.28712612X-RAY DIFFRACTION98
2.996-3.11580.33171470.27482637X-RAY DIFFRACTION100
3.1158-3.25740.30741380.23552697X-RAY DIFFRACTION100
3.2574-3.42890.30521330.23582660X-RAY DIFFRACTION100
3.4289-3.64340.32441480.22682634X-RAY DIFFRACTION100
3.6434-3.92420.26451310.20442688X-RAY DIFFRACTION100
3.9242-4.3180.22121470.19772689X-RAY DIFFRACTION100
4.318-4.94050.21691620.1642660X-RAY DIFFRACTION100
4.9405-6.21530.26961520.19842716X-RAY DIFFRACTION100
6.2153-29.96410.24131360.17512827X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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