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万見
- PDB-5da3: Crystal structure of PTK6 Kinase domain with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5da3
タイトルCrystal structure of PTK6 Kinase domain with inhibitor
要素Protein-tyrosine kinase 6
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PTK6 / BRK / Complex / Inhibitor / Kinase / Transferase / Imidazo pyrazin / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PTK6 Activates STAT3 / negative regulation of protein tyrosine kinase activity / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / intestinal epithelial cell differentiation / ERBB2 signaling pathway / negative regulation of growth / PTK6 Expression / tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / PTK6 promotes HIF1A stabilization ...PTK6 Activates STAT3 / negative regulation of protein tyrosine kinase activity / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / intestinal epithelial cell differentiation / ERBB2 signaling pathway / negative regulation of growth / PTK6 Expression / tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / PTK6 Down-Regulation / PTK6 Regulates Cell Cycle / positive regulation of cell cycle / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / cellular response to retinoic acid / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / ruffle / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / positive regulation of DNA replication / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Cytoprotection by HMOX1 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / positive regulation of neuron projection development / Cyclin D associated events in G1 / cell migration / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / cell differentiation / nuclear body / protein phosphorylation / innate immune response / signaling receptor binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PTK6, SH2 domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...PTK6, SH2 domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-58V / Protein-tyrosine kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Thakur, M.K. / Birudukota, S. / Swaminathan, S. / Battula, S.K. / Vadivelu, S. / Tyagi, R. / Gosu, R.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Co-crystal structures of PTK6: With Dasatinib at 2.24 angstrom , with novel imidazo[1,2-a]pyrazin-8-amine derivative inhibitor at 1.70 angstrom resolution
著者: Thakur, M.K. / Birudukota, S. / Swaminathan, S. / Battula, S.K. / Vadivelu, S. / Tyagi, R. / Gosu, R.
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-tyrosine kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2364
ポリマ－30,5881
非ポリマー6483
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area590 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.372, 48.403, 71.924
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein-tyrosine kinase 6 / Breast tumor kinase / Tyrosine-protein kinase BRK


分子量: 30588.330 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP residues 185-446 / 変異: C433T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTK6 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13882, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-58V / (2-chloro-4-{[6-cyclopropyl-3-(1H-pyrazol-4-yl)imidazo[1,2-a]pyrazin-8-yl]amino}phenyl)(morpholin-4-yl)methanone


分子量: 463.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22ClN7O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M tri-Lithium citrate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 33176 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.053 / Net I/av σ(I): 28.458 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 207286
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.762.80.39620610.8160.2380.4661.07263.1
1.76-1.834.90.35829350.9010.170.3981.07289.2
1.83-1.916.80.26430570.9420.1080.2861.07492.6
1.91-2.027.40.18230790.9850.0710.1951.04793.3
2.02-2.147.50.12831120.9920.050.1371.06894.3
2.14-2.317.50.131720.9940.0390.1071.02695.1
2.31-2.547.50.08431480.9960.0330.091.04695.8
2.54-2.917.50.06932110.9960.0270.0741.08296.7
2.91-3.667.50.05732780.9970.0220.0611.04997.8
3.66-507.30.05433720.9970.0210.0581.0298.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D7V

5d7v


解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.324 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2302 1548 5.1 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
obs0.1991 28876 91.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.45 Å2 / Biso mean: 22.476 Å2 / Biso min: 11.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å20 Å20.36 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2126 0 52 192 2370
Biso mean--19.7 30.31 -
残基数----264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2741.9913182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3185289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.51923.056108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48615411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1241519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21594
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5191.51404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86122213
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46431063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2284.5951
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.511 75 -
Rwork0.443 1336 -
all-1411 -
obs--58.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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