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万見
- PDB-5d99: 3DW4 redetermined by direct methods starting from random phase angles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d99
タイトル3DW4 redetermined by direct methods starting from random phase angles
要素RNA (27-MER) hairpin from sarcin-ricin domain of E. coli 23S rRNA
キーワードRNA / ab initio direct methods structure determination / hairpin RNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage L1 (ファージ)
手法X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Mooers, B.H.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI088011 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20 GM103640 米国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2009
タイトル: A fast selenium derivatization strategy for crystallization and phasing of RNA structures.
著者: Olieric, V. / Rieder, U. / Lang, K. / Serganov, A. / Schulze-Briese, C. / Micura, R. / Dumas, P. / Ennifar, E.
履歴
登録2015年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references / Experimental preparation ...Database references / Experimental preparation / Other / Structure summary
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 0This entry 5D99 reflects an alternative modeling of the structural data in r3dw4SF original data ...This entry 5D99 reflects an alternative modeling of the structural data in r3dw4SF original data determined by Author: V.Olieric,U.Rieder,K.Lang,A.Serganov,C.Schulze-Briese,R.Micura,P.Dumas,E.Ennifar

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (27-MER) hairpin from sarcin-ricin domain of E. coli 23S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8502
ポリマ－8,7581
非ポリマー921
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.630, 29.630, 76.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: RNA鎖 RNA (27-MER) hairpin from sarcin-ricin domain of E. coli 23S rRNA


分子量: 8758.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage L1 (ファージ)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.7 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 3DW4.

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2142精密化
Sir2014位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.97→20.952 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 10.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1199 2029 5.23 %Random selection
Rwork0.1046 ---
obs0.1054 38814 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→20.952 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 580 6 172 758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2241184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.737376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0231
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.97-0.99430.19121410.18082644X-RAY DIFFRACTION99
0.9943-1.02120.16351380.15192650X-RAY DIFFRACTION100
1.0212-1.05120.13021510.12732603X-RAY DIFFRACTION100
1.0512-1.08520.1251360.11292614X-RAY DIFFRACTION100
1.0852-1.12390.1161520.1062609X-RAY DIFFRACTION100
1.1239-1.16890.11881310.12618X-RAY DIFFRACTION100
1.1689-1.22210.10921580.09492597X-RAY DIFFRACTION100
1.2221-1.28660.10661360.09142671X-RAY DIFFRACTION100
1.2866-1.36720.11181630.09812595X-RAY DIFFRACTION100
1.3672-1.47270.1281310.10382640X-RAY DIFFRACTION100
1.4727-1.62080.11231460.09882628X-RAY DIFFRACTION100
1.6208-1.85530.10991470.09562629X-RAY DIFFRACTION100
1.8553-2.33690.1231500.11322622X-RAY DIFFRACTION100
2.3369-20.95650.12151490.10192665X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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