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万見
- PDB-5d90: Crystal structure of HiNmlR, a MerR family regulator lacking the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d90
タイトルCrystal structure of HiNmlR, a MerR family regulator lacking the sensor domain, bound to promoter DNA
要素MerR family regulator protein
キーワードTRANSCRIPTION / MerR family regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR-type HTH domain signature. / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily ...MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR-type HTH domain signature. / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0186
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Counago, R.M. / Chang, C.W. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of thiol-based regulation of formaldehyde detoxification in H. influenzae by a MerR regulator with no sensor region.
著者: Counago, R.M. / Chen, N.H. / Chang, C.W. / Djoko, K.Y. / McEwan, A.G. / Kobe, B.
履歴
登録2015年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: MerR family regulator protein
D: MerR family regulator protein
A: MerR family regulator protein
C: MerR family regulator protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6114
ポリマ－62,6114
非ポリマー00
水2,864159
1
B: MerR family regulator protein
D: MerR family regulator protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3052
ポリマ－31,3052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
2
A: MerR family regulator protein
C: MerR family regulator protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3052
ポリマ－31,3052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area15150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.633, 38.967, 145.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

#1: タンパク質
MerR family regulator protein / Apo_NmlR


分子量: 15652.698 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: HI_0186 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P44558
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.8 Å / Num. obs: 27154 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 6.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.8 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 1998 7.37 %
Rwork0.2211 --
obs0.2247 27119 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4108 0 0 159 4267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8945578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.681596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038627
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004699
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.35551390.27361755X-RAY DIFFRACTION100
2.3575-2.42110.34621420.2771783X-RAY DIFFRACTION100
2.4211-2.49220.29521410.271769X-RAY DIFFRACTION100
2.4922-2.57250.31431420.27041783X-RAY DIFFRACTION100
2.5725-2.66420.35981400.26091759X-RAY DIFFRACTION100
2.6642-2.77060.28561420.24641801X-RAY DIFFRACTION100
2.7706-2.89630.29721420.24591767X-RAY DIFFRACTION100
2.8963-3.04850.32041420.23891793X-RAY DIFFRACTION100
3.0485-3.23880.26091430.25481804X-RAY DIFFRACTION100
3.2388-3.48760.28121430.22911794X-RAY DIFFRACTION100
3.4876-3.83630.25161430.19841793X-RAY DIFFRACTION100
3.8363-4.38610.22621430.18591802X-RAY DIFFRACTION100
4.3861-5.50630.22861460.17761835X-RAY DIFFRACTION100
5.5063-19.80240.21121500.17521883X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.5858 Å / Origin y: -0.9081 Å / Origin z: -35.8588 Å
111213212223313233
T0.2263 Å20.0033 Å2-0.0028 Å2-0.1771 Å20.0098 Å2--0.219 Å2
L0.2325 °20.0422 °20.094 °2--0.027 °20.0177 °2--0.3206 °2
S0.0063 Å °0.0464 Å °-0.0297 Å °-0.0392 Å °0.0217 Å °0.0431 Å °-0.036 Å °-0.0405 Å °-0.0317 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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