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- PDB-5d8p: 2.35A resolution structure of iron bound BfrB (wild-type, C2221 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d8p
タイトル2.35A resolution structure of iron bound BfrB (wild-type, C2221 form) from Pseudomonas aeruginosa
要素Ferroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / IRON STORAGE / iron binding / iron mobilization
機能・相同性
機能・相同性情報


ferritin complex / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Bacterioferritin BfrB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Wang, Y. / Yao, H. / Rivera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1158469 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Characterization of the Bacterioferritin/Bacterioferritin Associated Ferredoxin Protein-Protein Interaction in Solution and Determination of Binding Energy Hot Spots.
著者: Wang, Y. / Yao, H. / Cheng, Y. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Midaugh, C.R. / Rivera, M.
履歴
登録2015年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 1.32015年10月28日Group: Database references
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年11月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferroxidase
B: Ferroxidase
C: Ferroxidase
D: Ferroxidase
E: Ferroxidase
F: Ferroxidase
G: Ferroxidase
H: Ferroxidase
I: Ferroxidase
J: Ferroxidase
K: Ferroxidase
L: Ferroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,758117
ポリマ－222,96212
非ポリマー9,796105
水8,935496
1
A: Ferroxidase
B: Ferroxidase
C: Ferroxidase
D: Ferroxidase
E: Ferroxidase
F: Ferroxidase
G: Ferroxidase
H: Ferroxidase
I: Ferroxidase
J: Ferroxidase
K: Ferroxidase
L: Ferroxidase
ヘテロ分子

A: Ferroxidase
B: Ferroxidase
C: Ferroxidase
D: Ferroxidase
E: Ferroxidase
F: Ferroxidase
G: Ferroxidase
H: Ferroxidase
I: Ferroxidase
J: Ferroxidase
K: Ferroxidase
L: Ferroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,515234
ポリマ－445,92424
非ポリマー19,591210
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area73450 Å2
ΔGint-394 kcal/mol
Surface area132030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.296, 196.077, 202.509
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: T (正4面体型対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-210-

HEM

21D-210-

HEM

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Ferroxidase


分子量: 18580.168 Da / 分子数: 12 / 断片: BfrB / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: bfrB, PA3531 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: Q9HY79, ferroxidase

-
非ポリマー , 5種, 601分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物...
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30% (v/v) PEG 200, 100 mM Na acetate, 200 sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49.02 Å / Num. obs: 108455 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 33.72 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 706154
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.35-2.396.41.24723424153590.7140.53100
12.87-49.026.30.06534.946507350.9980.02798

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation8.94 Å49.02 Å
Translation8.94 Å49.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.12データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IS7

3is7


解像度: 2.35→49.019 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 23.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 5309 4.9 %
Rwork0.1701 97788 -
obs0.1728 103097 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.19 Å2 / Biso mean: 39.214 Å2 / Biso min: 18.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→49.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15049 0 453 496 15998
Biso mean--47.89 41.48 -
残基数----1872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01115753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08621372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8089314
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.37670.31153670.26616591695899
2.3767-2.40470.32373660.258166357001100
2.4047-2.4340.27332990.242867187017100
2.434-2.46480.32653160.238867097025100
2.4648-2.49720.3053480.229465786926100
2.4972-2.53140.28822820.219367136995100
2.5314-2.56760.27143740.210466747048100
2.5676-2.60590.25573220.204966396961100
2.6059-2.64660.29143420.21126620696299
2.6466-2.690.28873400.21656706704699
2.69-2.73640.28273400.211466326972100
2.7364-2.78620.27673510.202565996950100
2.7862-2.83970.26453530.19196590694399
2.8397-2.89770.26193780.185766247002100
2.8977-2.96070.24123500.177966517001100
2.9607-3.02960.2583190.186766817000100
3.0296-3.10530.24553950.182666097004100
3.1053-3.18930.26613810.187166046985100
3.1893-3.28310.24013540.187666477001100
3.2831-3.3890.23862780.18986652693099
3.389-3.51010.22873440.16165766920100
3.5101-3.65060.20463120.149667057017100
3.6506-3.81670.20743120.143767137025100
3.8167-4.01790.18413320.129366346966100
4.0179-4.26950.17713340.116266586992100
4.2695-4.59890.16723270.11026655698299
4.5989-5.06130.18063640.120165986962100
5.0613-5.79260.21053880.151365916979100
5.7926-7.29420.20023610.168566657026100
7.2942-49.02990.19583330.18566637697099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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