PDB-5d8m: Crystal structure of the metagenomic carboxyl esterase MGS0156

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d8m

タイトル

Crystal structure of the metagenomic carboxyl esterase MGS0156

要素

Metagenomic carboxyl esterase MGS0156

キーワード

HYDROLASE / esterase

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold / membrane / Alpha/beta hydrolase

機能・相同性情報

生物種

uncultured organism (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Cui, H. / Nocek, B. / Tchigvintsev, A. / Popovic, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of esterase (MGS0156)
著者: Nocek, B. / Cui, H. / Tchigvintsev, A. / Popovic, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.

履歴

登録	2015年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d8m.cif.gz	141.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d8m.ent.gz	115.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d8m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d8m_validation.pdf.gz	417.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d8m_full_validation.pdf.gz	419.7 KB	表示
XML形式データ	5d8m_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	5d8m_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/5d8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/5d8m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4g3h-2 4g3h-3 3m74-d 3t6a-4 3av9-d 4g3h-4 2ada-d 6ie3-d 1f76-4 3avb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Metagenomic carboxyl esterase MGS0156

37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Metagenomic carboxyl esterase MGS0156

ソフトウェアが定義した集合体
74.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.764, 95.907, 135.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Metagenomic carboxyl esterase MGS0156 分子量: 37084.516 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 75-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured organism (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G3FEJ8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Sodium Citrate ph5.6, 0.2M Ammonium Acetate, 30%PEG4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月10日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→36.06 Å / Num. obs: 27606 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1888	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→36.06 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1898	2268	5.05 %
R_work	0.1512	-	-
obs	0.1532	26361	91.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→36.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2461	0	0	318	2779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2538
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.16	3473
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.924	924
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	456

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9496-1.992	0.2178	66	0.1861	1485	X-RAY DIFFRACTION	45
1.992-2.0383	0.2157	110	0.1764	1775	X-RAY DIFFRACTION	55
2.0383-2.0893	0.202	113	0.1744	2058	X-RAY DIFFRACTION	63
2.0893-2.1458	0.2127	141	0.1715	2298	X-RAY DIFFRACTION	70
2.1458-2.2089	0.2108	129	0.1657	2526	X-RAY DIFFRACTION	78
2.2089-2.2802	0.2303	121	0.1602	2724	X-RAY DIFFRACTION	83
2.2802-2.3617	0.2226	157	0.1484	2812	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3617-2.4562	0.1807	183	0.1507	2956	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4562-2.568	0.1961	138	0.1485	3040	X-RAY DIFFRACTION	93
2.568-2.7033	0.1885	159	0.1612	3093	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7033-2.8726	0.2043	182	0.162	3031	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8726-3.0943	0.1956	165	0.1601	3072	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0943-3.4055	0.2155	161	0.1458	3047	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4055-3.8978	0.1738	147	0.1323	2992	X-RAY DIFFRACTION	92
3.8978-4.9088	0.1452	155	0.1314	2961	X-RAY DIFFRACTION	90
4.9088-36.0617	0.1768	143	0.1551	2784	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3519	-0.0477	-1.4619	0.5148	0.3155	2.3422	-0.0186	0.0467	-0.0123	-0.0078	0.0139	-0.0533	0.2343	-0.0598	-0.0021	0.1063	0.0256	-0.0066	0.1739	0.027	0.1074	6.1586	20.792	60.5719
2	1.2705	-0.0842	-0.4463	0.8492	0.2805	1.5463	-0.0589	-0.0318	0.001	-0.1185	0.0156	-0.1032	0.1229	0.3051	0.0329	0.1378	0.0192	0.029	0.1163	0.0111	0.1147	12.3645	23.2807	44.0745
3	2.4333	0.0432	0.0587	1.4056	-0.5247	2.4706	-0.0158	0.0838	-0.1341	-0.1036	-0.0032	0.1579	0.2232	-0.226	0.0318	0.0958	-0.0302	-0.0075	0.0842	0.0062	0.1158	-3.4599	19.0991	45.9462
4	1.2988	-0.1173	0.7514	3.8941	-4.317	7.7982	-0.1417	-0.1399	0.2759	0.2891	0.3948	0.5014	-0.6808	-0.8104	-0.2693	0.1776	0.0183	0.0063	0.2702	-0.0277	0.244	-11.4887	31.9156	50.4709
5	1.5763	-0.1188	-0.5402	1.8758	-0.2467	2.3454	-0.0524	-0.1732	0.0538	0.1098	0.1251	-0.0172	-0.0484	0.1123	-0.0634	0.0611	0.009	0.0142	0.1257	0.0039	0.0648	5.9315	27.6314	57.5418
6	2.1057	-0.9785	-0.2895	4.8236	0.788	1.9576	0.1339	-0.0078	0.2014	-0.4735	-0.1229	-0.1622	-0.1508	0.2353	0.0189	0.0968	-0.0053	0.0213	0.1275	-0.0124	0.0771	12.233	28.7999	45.4786

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 82 through 121)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 122 through 205 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 206 through 272 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 273 through 310 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 311 through 372 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 373 through 413 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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