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- PDB-5d8e: crystal structure of SSB from homo sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d8e
タイトルcrystal structure of SSB from homo sapiens
要素SOSS complex subunit B1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / single-strand DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


SOSS complex / establishment of protein localization to telomere / positive regulation of telomere capping / G-rich strand telomeric DNA binding / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / DNA polymerase binding / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding ...SOSS complex / establishment of protein localization to telomere / positive regulation of telomere capping / G-rich strand telomeric DNA binding / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / DNA polymerase binding / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / chromosome, telomeric region / DNA repair / DNA damage response / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Single-stranded DNA binding protein Ssb-like, OB fold / : / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
SOSS complex subunit B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Li, Y.H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of SSB from homo sapiens
著者: Li, Y.H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
履歴
登録2015年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOSS complex subunit B1
B: SOSS complex subunit B1
C: SOSS complex subunit B1
D: SOSS complex subunit B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0784
ポリマ－52,0784
非ポリマー00
水00
1
A: SOSS complex subunit B1
D: SOSS complex subunit B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0392
ポリマ－26,0392
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
2
B: SOSS complex subunit B1
C: SOSS complex subunit B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0392
ポリマ－26,0392
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.691, 137.691, 83.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
SOSS complex subunit B1 / Nucleic acid-binding protein 2 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold-containing protein 2B ...Nucleic acid-binding protein 2 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold-containing protein 2B / Sensor of single-strand DNA complex subunit B1 / Sensor of ssDNA subunit B1 / SOSS-B1 / Single-stranded DNA-binding protein 1 / hSSB1


分子量: 13019.521 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-109 / 変異: L70M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NABP2, OBFC2B, SSB1, LP3587 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BQ15
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 16% Jeffamine M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 18515 / Num. obs: 18515 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 50.1
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 8.65 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→35.914 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.83 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2893 940 5.17 %random selection
Rwork0.2641 ---
obs0.2673 18168 96.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→35.914 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3235 0 0 0 3235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.544422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1721218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006553
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.15250.38921420.38062456X-RAY DIFFRACTION93
3.1525-3.34960.37681410.35362472X-RAY DIFFRACTION94
3.3496-3.60740.41891390.35122280X-RAY DIFFRACTION87
3.6074-3.96890.29391260.27542327X-RAY DIFFRACTION88
3.9689-4.53980.26441270.23672472X-RAY DIFFRACTION93
4.5398-5.70670.24151200.21642577X-RAY DIFFRACTION95
5.7067-23.84950.27531340.24512633X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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