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- PDB-5d7e: Crystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with H3K9ac -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d7e
タイトルCrystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with H3K9ac
要素
  • H3K9ac
  • Transcription initiation factor TFIID subunit 14
キーワードNUCLEAR PROTEIN / acetylation histone YEATS reader
機能・相同性
機能・相同性情報


NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 ...NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / transcription factor TFIIF complex / mediator complex / Ino80 complex / Oxidative Stress Induced Senescence / SWI/SNF complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / intracellular copper ion homeostasis / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / CENP-A containing nucleosome / aerobic respiration / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / structural constituent of chromatin / nucleosome / chromatin organization / histone binding / transcription by RNA polymerase II / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SAS complex subunit SAS5/transcription initiation factor TFIID subunit 14 / YEATS domain / YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Histone H3 signature 1. ...SAS complex subunit SAS5/transcription initiation factor TFIID subunit 14 / YEATS domain / YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Transcription initiation factor TFIID subunit 14 / Histone H3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Andrews, F.H. / Shanle, E.K. / Strahl, B.D. / Kutateladze, T.G.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110058 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100907 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K12-GM000678 米国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)T32AA007464 米国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2015
タイトル: Association of Taf14 with acetylated histone H3 directs gene transcription and the DNA damage response.
著者: Shanle, E.K. / Andrews, F.H. / Meriesh, H. / McDaniel, S.L. / Dronamraju, R. / DiFiore, J.V. / Jha, D. / Wozniak, G.G. / Bridgers, J.B. / Kerschner, J.L. / Krajewski, K. / Martin, G.M. / ...著者: Shanle, E.K. / Andrews, F.H. / Meriesh, H. / McDaniel, S.L. / Dronamraju, R. / DiFiore, J.V. / Jha, D. / Wozniak, G.G. / Bridgers, J.B. / Kerschner, J.L. / Krajewski, K. / Martin, G.M. / Morrison, A.J. / Kutateladze, T.G. / Strahl, B.D.
履歴
登録2015年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 14
C: H3K9ac
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4456
ポリマ－16,9312
非ポリマー5144
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area9160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.164, 113.164, 26.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 14 / Actin non-complementing mutant 1 / Chromosome stability protein 10 / SWI/SNF chromatin-remodeling ...Actin non-complementing mutant 1 / Chromosome stability protein 10 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit TAF14 / SWI/SNF complex 29 kDa subunit / SWI/SNF complex subunit TAF14 / TBP-associated factor 14 / TBP-associated factor 30 kDa / Transcription factor G 30 kDa subunit / Transcription initiation factor TFIIF 30 kDa subunit


分子量: 16026.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TAF14, ANC1, CST10, SWP29, TAF30, TFG3, YPL129W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35189
#2: タンパク質・ペプチド H3K9ac


分子量: 904.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P61830*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M sodium citrate and 48% PEG600 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→56.52 Å / Num. obs: 15763 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→56 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2179 792 5.03 %
Rwork0.1847 --
obs0.1863 15750 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 33 67 1294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.221725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.501493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005223
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.9-2.01910.28481270.21192448
2.0191-2.1750.22911320.1842456
2.175-2.39380.25021260.192476
2.3938-2.74020.22471340.18992463
2.7402-3.45240.23271330.19232521
3.45240.19241400.17462594
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.7059 Å / Origin y: 13.737 Å / Origin z: 1.3062 Å
111213212223313233
T0.238 Å20.0392 Å2-0.0064 Å2-0.1983 Å2-0.0402 Å2--0.2042 Å2
L2.0994 °2-2.4508 °20.5902 °2-5.9918 °2-0.7938 °2--0.9006 °2
S0.0866 Å °0.0594 Å °0.0525 Å °-0.0932 Å °-0.1194 Å °0.2075 Å °-0.1037 Å °-0.1338 Å °0.0464 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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