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万見
- PDB-5d7d: Crystal structure of the ATP binding domain of S. aureus GyrB com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d7d
タイトルCrystal structure of the ATP binding domain of S. aureus GyrB complexed with a ligand
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / DNA gyrase / GyrB / ligand / structure-based design / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. ...DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-57X / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, J. / Yang, Q. / Cross, J.B. / Romero, J.A.C. / Ryan, M.D. / Lippa, B. / Dolle, R.E. / Andersen, O.A. / Barker, J. / Cheng, R.K. ...Zhang, J. / Yang, Q. / Cross, J.B. / Romero, J.A.C. / Ryan, M.D. / Lippa, B. / Dolle, R.E. / Andersen, O.A. / Barker, J. / Cheng, R.K. / Kahmann, J. / Felicetti, B. / Wood, M. / Scheich, C.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Discovery of Indazole Derivatives as a Novel Class of Bacterial Gyrase B Inhibitors.
著者: Zhang, J. / Yang, Q. / Romero, J.A. / Cross, J. / Wang, B. / Poutsiaka, K.M. / Epie, F. / Bevan, D. / Wu, Y. / Moy, T. / Daniel, A. / Chamberlain, B. / Carter, N. / Shotwell, J. / Arya, A. / ...著者: Zhang, J. / Yang, Q. / Romero, J.A. / Cross, J. / Wang, B. / Poutsiaka, K.M. / Epie, F. / Bevan, D. / Wu, Y. / Moy, T. / Daniel, A. / Chamberlain, B. / Carter, N. / Shotwell, J. / Arya, A. / Kumar, V. / Silverman, J. / Nguyen, K. / Metcalf, C.A. / Ryan, D. / Lippa, B. / Dolle, R.E.
履歴
登録2015年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,25217
ポリマ－47,8632
非ポリマー1,38915
水5,224290
1
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6389
ポリマ－23,9321
非ポリマー7068
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6148
ポリマ－23,9321
非ポリマー6827
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.300, 55.446, 51.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 23931.602 Da / 分子数: 2
断片: ATP binding domain, UNP residues 2-234 (delta 105-127)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: P0A0K8, EC: 5.99.1.3

-
非ポリマー , 5種, 305分子

#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-57X / 7-propyl-3-[2-(pyridin-3-yl)-1,3-thiazol-5-yl]-1,7-dihydro-6H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-6-one


分子量: 337.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N5OS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 40-43% MPD_P1K_P3350, 100 mM Mops/Na-Hepes, 100 mM Divalents

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月3日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50.1 Å / Num. obs: 51220 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.68 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 138531 / Scaling rejects: 1039
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.6-1.662.440.4922.21136046461.241290.3
1.66-1.722.610.3992.51346051551.141499.9
1.72-1.82.630.2833.41361951661.05899.9
1.8-1.92.650.2034.61376251771.0438100
1.9-2.022.660.1426.31383651511.0214799.7
2.02-2.172.680.0999.2140995182119799.7
2.17-2.392.720.08411.81423251800.9114299.8
2.39-2.742.770.05715.91451752090.827099.8
2.74-3.452.820.038231471751900.818699.3
3.45-50.12.830.02736.81492951640.9132596.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.98 Å37.58 Å
Translation1.98 Å37.58 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
d*TREKデータスケーリング
MOLREP10.2.35位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KZN

1kzn


解像度: 1.6→50.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.1948 / WRfactor Rwork: 0.1655 / FOM work R set: 0.8382 / SU B: 4.486 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.088 / SU Rfree: 0.0868 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1946 2607 5.1 %RANDOM
Rwork0.1654 ---
obs0.1669 48608 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.61 Å2 / Biso mean: 29.55 Å2 / Biso min: 15.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0 Å2-0.43 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→50.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3076 0 89 292 3457
Biso mean--35.29 39.24 -
残基数----382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0193396
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5271.9754639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18937475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3585433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.94925186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.58215614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1861526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2372.311584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.222.3081583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3223.4481984
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.465 178 -
Rwork0.387 3153 -
all-3331 -
obs--86.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.1451 Å / Origin y: -28.2493 Å / Origin z: 8.6411 Å
111213212223313233
T0.0195 Å20.0166 Å2-0.0151 Å2-0.0388 Å2-0.0111 Å2--0.0162 Å2
L0.1863 °20.1332 °20.1314 °2-0.0963 °20.0908 °2--0.177 °2
S-0.0024 Å °-0.0121 Å °0.0281 Å °-0.0027 Å °-0.0164 Å °0.0211 Å °-0.0002 Å °0.0052 Å °0.0188 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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