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- PDB-5d76: The crystal structure of Ly7917 with the hydrolyzing product of MDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d76
タイトルThe crystal structure of Ly7917 with the hydrolyzing product of MDP
要素Putative phage lysin
キーワードHYDROLASE / endolysin / prophage / Lytic activity
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cytolysis of host cell / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L-alanyl-D-alpha-glutamine / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus phage phi7917 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Wu, L. / Ji, W.H. / Sun, J.H. / Zhou, J.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Ly7917
著者: Wu, L. / Ji, W.H. / Sun, J.H. / Zhou, J.H.
履歴
登録2015年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative phage lysin
B: Putative phage lysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2146
ポリマ－58,7082
非ポリマー5054
水45025
1
A: Putative phage lysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6424
ポリマ－29,3541
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10650 Å2
手法PISA
2
B: Putative phage lysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5712
ポリマ－29,3541
非ポリマー2171
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.856, 97.139, 174.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Putative phage lysin / lysin


分子量: 29354.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus phage phi7917 (ファージ)
遺伝子: phi7917_002 / プラスミド: pSJ2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M1PKZ3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-58B / L-alanyl-D-alpha-glutamine


分子量: 217.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15N3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Na-tartrate, 1.2M NaCl / PH範囲: 5.0-5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 20090 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.54→2.58 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.869 / Mean I/σ(I) obs: 61.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D74

5d74


解像度: 2.54→37.283 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2657 963 4.81 %
Rwork0.2074 --
obs0.2103 20019 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→37.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3498 0 32 25 3555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2044996
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8311250
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056543
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5353-2.66890.35621270.28462642X-RAY DIFFRACTION98
2.6689-2.83610.31511340.29012713X-RAY DIFFRACTION100
2.8361-3.0550.36881040.28592706X-RAY DIFFRACTION100
3.055-3.36230.36891630.23372705X-RAY DIFFRACTION100
3.3623-3.84830.26611380.20142724X-RAY DIFFRACTION100
3.8483-4.84680.21421570.16132733X-RAY DIFFRACTION100
4.8468-37.28710.22441400.19032833X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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