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- PDB-5d74: The crystal structure of Ly7917 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d74
タイトルThe crystal structure of Ly7917
要素Putative phage lysin
キーワードHYDROLASE / endolysin / prophage / Lytic activity
機能・相同性Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / SH3-like domain, bacterial-type / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Putative phage lysin
機能・相同性情報
生物種Streptococcus phage phi7917 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wu, L. / Ji, W.H. / Sun, J.H. / Zhou, J.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Ly7917
著者: Wu, L. / Ji, W.H. / Sun, J.H. / Zhou, J.H.
履歴
登録2015年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative phage lysin
B: Putative phage lysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,08215
ポリマ－58,7082
非ポリマー37413
水8,881493
1
A: Putative phage lysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6009
ポリマ－29,3541
非ポリマー2468
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10810 Å2
手法PISA
2
B: Putative phage lysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4826
ポリマ－29,3541
非ポリマー1275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.009, 97.701, 174.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-613-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative phage lysin / lysin


分子量: 29354.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus phage phi7917 (ファージ)
遺伝子: phi7917_002 / プラスミド: pSJ2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M1PKZ3
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Tris, 0.8M LiCl / PH範囲: 6.5-7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 47363 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 11.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→34.643 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2337 2368 5.05 %
Rwork0.1958 --
obs0.1977 46869 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.643 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3522 0 13 493 4028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0114964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3691264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8988-1.93760.32921180.26262254X-RAY DIFFRACTION85
1.9376-1.97970.33891280.26222434X-RAY DIFFRACTION94
1.9797-2.02570.28921400.24282543X-RAY DIFFRACTION97
2.0257-2.07640.30251360.23762615X-RAY DIFFRACTION98
2.0764-2.13250.29241480.22792614X-RAY DIFFRACTION100
2.1325-2.19530.27941470.22552616X-RAY DIFFRACTION100
2.1953-2.26610.26531520.21982618X-RAY DIFFRACTION100
2.2661-2.34710.27051390.21612632X-RAY DIFFRACTION100
2.3471-2.4410.24471280.20312677X-RAY DIFFRACTION100
2.441-2.55210.26331310.21032621X-RAY DIFFRACTION99
2.5521-2.68660.25451420.21392669X-RAY DIFFRACTION100
2.6866-2.85480.23411500.22192645X-RAY DIFFRACTION100
2.8548-3.07510.2831370.20952673X-RAY DIFFRACTION100
3.0751-3.38440.22811390.19432653X-RAY DIFFRACTION100
3.3844-3.87350.19391710.16722682X-RAY DIFFRACTION100
3.8735-4.87810.15071190.14322728X-RAY DIFFRACTION100
4.8781-34.6490.17591430.16242827X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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