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- PDB-5d6t: Crystal Structure of Aspergillus clavatus Sph3 in complex with GalNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d6t
タイトルCrystal Structure of Aspergillus clavatus Sph3 in complex with GalNAc
要素SPHERULIN-4
キーワードHYDROLASE / spherulin / (beta/alpha) barrel / glycoside hydrolase / GalNAc complex
機能・相同性Spherulation-specific family 4 / Spherulation-specific family 4 / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Cell surface spherulin 4-like protein
機能・相同性情報
生物種Aspergillus clavatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Bamford, N.C. / Little, D.J. / Howell, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)81361 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Sph3 Is a Glycoside Hydrolase Required for the Biosynthesis of Galactosaminogalactan in Aspergillus fumigatus.
著者: Bamford, N.C. / Snarr, B.D. / Gravelat, F.N. / Little, D.J. / Lee, M.J. / Zacharias, C.A. / Chabot, J.C. / Geller, A.M. / Baptista, S.D. / Baker, P. / Robinson, H. / Howell, P.L. / Sheppard, D.C.
履歴
登録2015年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPHERULIN-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4134
ポリマ－30,0601
非ポリマー3533
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.740, 58.880, 96.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SPHERULIN-4


分子量: 30060.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus clavatus (strain ATCC 1007 / CBS 513.65 / DSM 816 / NCTC 3887 / NRRL 1) (カビ)
株: ATCC 1007 / CBS 513.65 / DSM 816 / NCTC 3887 / NRRL 1 / 遺伝子: ACLA_035820 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A1CJQ5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97859 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97859 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→37.39 Å / Num. obs: 19185 / % possible obs: 96.55 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.06221 / Net I/σ(I): 21.36
反射 シェル解像度: 1.93→1.99 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4024 / % possible all: 98.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1760精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C5G

5c5g


解像度: 1.93→37.387 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 960 5 %Random selection
Rwork0.1695 ---
obs0.1719 19185 96.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→37.387 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1973 0 21 203 2197
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072047
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0022803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.56731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006368
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-2.03180.25791370.22012607X-RAY DIFFRACTION98
2.0318-2.1590.23451360.19532580X-RAY DIFFRACTION98
2.159-2.32570.26311370.18772598X-RAY DIFFRACTION98
2.3257-2.55970.24631360.18612585X-RAY DIFFRACTION97
2.5597-2.930.24881370.18732598X-RAY DIFFRACTION97
2.93-3.6910.23251370.16452611X-RAY DIFFRACTION96
3.691-37.3940.15531400.13432646X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.91770.51790.64682.1976-0.52373.62710.02760.1426-0.26920.1962-0.10450.1340.08350.17360.03430.12390.01380.01840.1086-0.00690.1887-8.8839-0.8217-11.7197
21.46720.92650.40954.07650.50390.67760.1493-0.0312-0.23660.4383-0.0528-0.14590.11970.042-0.11290.22960.0073-0.01550.23160.00810.1644-1.15353.2791-6.4148
34.573-2.31622.85113.2341-2.03793.2512-0.00190.0320.13950.2543-0.0137-0.0529-0.18370.06370.0310.1907-0.02290.04380.1901-0.01760.1387-1.636418.3454-10.689
44.4611-1.49222.54292.0738-1.47522.40410.0170.39470.1986-0.01-0.1656-0.1374-0.14210.33040.14730.1724-0.01420.01170.1889-0.00160.1489-2.867618.2496-19.5863
51.99711.8615-0.42174.0799-1.48841.73690.00690.19790.2290.10480.0770.328-0.1042-0.1152-0.01010.13810.0094-0.00770.1907-0.03850.1494-17.113110.94-21.0221
61.92181.8336-0.16344.0053-1.83022.1728-0.12190.34270.0896-0.30940.06740.06460.1013-0.1032-0.00060.18510.02710.00450.1887-0.01790.1744-17.78177.5615-25.7346
72.32231.7102-0.2654.122-1.37141.65950.02340.1421-0.3107-0.00270.0377-0.02780.242-0.1781-0.0250.1587-0.0324-0.00290.168-0.06410.1932-21.8199-6.1563-18.0046
82.1552-0.6308-0.09643.4858-0.01544.9770.0134-0.1013-0.25020.1723-0.0560.13380.14180.03340.04270.1269-0.0403-0.01460.1609-0.02820.1795-15.2059-1.9727-12.4597
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 52 through 73 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 128 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 129 through 173 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 174 through 208 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 209 through 230 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 231 through 253 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 254 through 272 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 273 through 304 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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