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- PDB-5mk4: Crystal structure of the Retinoid X Receptor alpha in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mk4
タイトルCrystal structure of the Retinoid X Receptor alpha in complex with synthetic honokiol derivative 7 and a fragment of the TIF2 co-activator.
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / RXR TIF2 Honokiol
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / nuclear steroid receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / transcription regulator inhibitor activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / response to progesterone / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / nervous system development / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I5W / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Andrei, S.A. / Scheepstra, M. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
NWOECHO 711011017 オランダ
引用ジャーナル: ACS Chem Neurosci / 年: 2017
タイトル: Ligand Dependent Switch from RXR Homo- to RXR-NURR1 Heterodimerization.
著者: Scheepstra, M. / Andrei, S.A. / de Vries, R.M.J.M. / Meijer, F.A. / Ma, J.N. / Burstein, E.S. / Olsson, R. / Ottmann, C. / Milroy, L.G. / Brunsveld, L.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8858
ポリマ－54,1534
非ポリマー7324
水8,575476
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.699, 74.140, 99.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 25670.793 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 229-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1405.710 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 686-696 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-I5W / (~{E})-3-[3-(2-methyl-5-phenyl-phenyl)-4-oxidanyl-phenyl]prop-2-enoic acid


分子量: 330.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M PIPES, pH 7.0, 0.1M NaCl, 22% PEG 2K MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→99.21 Å / Num. obs: 36452 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 27.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 399571 / Scaling rejects: 251
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.057.30.8971908026230.6550.3440.9652.299.1
8.94-99.219.60.146784880.9950.0320.10528.499.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.19 Å59.39 Å
Translation5.19 Å59.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.29データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLM7.2.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EC9

5ec9


解像度: 2→59.389 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 1823 5.01 %
Rwork0.1707 34557 -
obs0.1737 36380 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.94 Å2 / Biso mean: 33.7591 Å2 / Biso min: 12.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→59.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3565 0 86 476 4127
Biso mean--26.34 42.4 -
残基数----450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093869
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1695244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009679
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3884026
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.05410.29211300.22222584271499
2.0541-2.11450.2491120.201926652777100
2.1145-2.18280.23721180.192526362754100
2.1828-2.26080.35431320.24826232755100
2.2608-2.35130.28011410.192126212762100
2.3513-2.45830.24081390.157426602799100
2.4583-2.5880.23031290.17226202749100
2.588-2.75010.21171400.162726732813100
2.7501-2.96240.23681300.175126492779100
2.9624-3.26050.24641620.17626492811100
3.2605-3.73230.22031420.154126792821100
3.7323-4.7020.19491900.136626732863100
4.702-59.41470.211580.171828252983100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.68591.74970.11016.97741.47081.12180.5179-0.045-0.84910.31-0.2284-0.03210.8116-0.1985-0.26720.4746-0.00940.06710.1973-0.03030.55828.3633-16.5779-11.688
22.51590.06810.37351.69720.40493.32840.02980.0429-0.40630.05540.00770.09490.33540.0972-0.05930.19790.04090.00440.1344-0.03580.202733.6558-8.8806-12.5454
33.55361.21.23933.52961.31782.65030.1746-0.5058-0.27460.4775-0.2070.21050.3035-0.26030.02290.2622-0.01830.02620.18070.02880.187926.3321-4.1873-1.4719
44.74842.2683-1.53023.8149-2.22115.6114-0.03580.4476-0.6498-0.29390.05290.4830.6704-0.4234-0.04320.2565-0.0169-0.03930.2045-0.12560.523315.69-11.0868-18.3671
58.35314.27351.28375.02870.94321.39520.0783-0.14470.08870.2101-0.07490.3660.10380.0368-0.00430.17030.01230.00730.11940.00290.131927.11141.9675-9.7098
66.53954.4653.89485.26376.33988.4612-0.38860.5864-0.1205-0.49290.4553-0.3563-0.42060.7898-0.11670.2486-0.01860.02250.2661-0.03790.218944.28430.8941-16.2913
76.20990.54360.54315.00840.17318.3138-0.0113-0.20560.2167-0.57690.0044-0.2658-0.37050.0770.0040.28020.09950.03560.2801-0.06350.205541.7521-8.6032-26.4944
86.97652.9531-0.72764.3958-0.54640.6347-0.28670.7875-0.016-0.38440.5980.89030.2884-0.6939-0.35240.2086-0.0061-0.02790.4511-0.10940.4320.395412.6944-14.4584
92.46210.2043-0.17213.05260.26132.5693-0.02120.18-0.0928-0.1117-0.09740.3646-0.1569-0.37820.07390.11550.0235-0.02120.1835-0.05080.18738.721617.3566-12.2982
103.80111.0397-0.93482.4283-0.43752.5752-0.05540.5695-0.2845-0.4250.02940.22670.0949-0.2848-0.00830.20670.0005-0.04460.2802-0.05720.20212.899410.3457-24.0275
113.70962.08541.60213.9391.2062.44820.1427-0.4932-0.94780.54620.00530.5660.4267-0.6278-0.07350.1988-0.09840.04480.2666-0.02670.56425.38-0.5274-7.3814
124.72164.0261-0.27077.78610.43591.9709-0.1310.2843-0.3853-0.35880.158-0.2747-0.05980.059-0.05480.1254-0.0088-0.02670.1715-0.00880.138819.173410.9026-15.7232
139.12976.422-7.11314.5252-5.01695.5830.0633-0.27320.1764-0.0152-0.2183-0.1926-0.30510.60550.25590.2648-0.0245-0.02130.2866-0.04330.229918.075727.3948-8.0677
148.0965-3.56531.59147.7932-0.45367.6644-0.0621-0.86640.15030.4184-0.1317-0.153-0.0102-0.26380.18480.19210.0110.02680.2344-0.06110.18358.162124.80061.5881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 229 through 262 )A229 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 263 through 330 )A263 - 330
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 331 through 375 )A331 - 375
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 376 through 413 )A376 - 413
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 414 through 441 )A414 - 441
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 442 through 457 )A442 - 457
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 471 through 480 )B471 - 480
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 229 through 262 )C229 - 262
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 263 through 330 )C263 - 330
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 331 through 375 )C331 - 375
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 376 through 413 )C376 - 413
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 414 through 442 )C414 - 442
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 443 through 457 )C443 - 457
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 471 through 481 )D471 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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