PDB-5d6s: Structure of epoxyqueuosine reductase from Streptococcus thermophilus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d6s

タイトル

Structure of epoxyqueuosine reductase from Streptococcus thermophilus.

要素

Epoxyqueuosine reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cobalamin dependent oxidoreductase / iron-sulfur protein / tRNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

epoxyqueuosine reductase activity / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / tRNA processing / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Payne, K.A.P. / Fisher, K. / Dunstan, M.S. / Sjuts, H. / Leys, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Epoxyqueuosine Reductase Structure Suggests a Mechanism for Cobalamin-dependent tRNA Modification.
著者: Payne, K.A. / Fisher, K. / Sjuts, H. / Dunstan, M.S. / Bellina, B. / Johannissen, L. / Barran, P. / Hay, S. / Rigby, S.E. / Leys, D.

履歴

登録	2015年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d6s.cif.gz	388.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d6s.ent.gz	317.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d6s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d6s_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d6s_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5d6s_validation.xml.gz	71.1 KB	表示
CIF形式データ	5d6s_validation.cif.gz	91.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/5d6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/5d6s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5d08-1 5d08-2 4rv4-2 2w11-d 5l6e-d 5f1k-2 5tey-d 5d0b-2 5vo3-d 6dgn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (4) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Epoxyqueuosine reductase

B: Epoxyqueuosine reductase

C: Epoxyqueuosine reductase

D: Epoxyqueuosine reductase

E: Epoxyqueuosine reductase

ヘテロ分子

236 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Epoxyqueuosine reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Epoxyqueuosine reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Epoxyqueuosine reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Epoxyqueuosine reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Epoxyqueuosine reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.120, 106.120, 332.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	29 - 400
2	1	B	29 - 400
1	2	A	32 - 399
2	2	C	32 - 399
1	3	A	29 - 400
2	3	D	29 - 400
1	4	A	29 - 400
2	4	E	29 - 400
1	5	B	32 - 399
2	5	C	32 - 399
1	6	B	29 - 400
2	6	D	29 - 400
1	7	B	29 - 400
2	7	E	29 - 400
1	8	C	32 - 399
2	8	D	32 - 399
1	9	C	32 - 399
2	9	E	32 - 399
1	10	D	29 - 400
2	10	E	29 - 400

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Epoxyqueuosine reductase 分子量: 45134.793 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス) 遺伝子: MNA02_1104 / 発現宿主: Bacillus megaterium (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0F7K4Z9, UniProt: A0A0R4I997*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Anaerobic crystals were obtained by mixing 2 microL protein with 2 microL 0.3 M sodium acetate, 0.1 M Tris/Cl pH7.5, 15% w/v PEG4000 and incubated at room temperature in a 100% N2-atmosphere glove box

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→88.58 Å / Num. obs: 60261 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.65→88.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 13.827 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25301	3165	5 %	RANDOM
R_work	0.21407	-	-	-
obs	0.21601	60261	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.351 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9 Å²	1.9 Å²	0 Å²
2-	-	1.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.65→88.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14536	0	535	74	15145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	15476
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	14909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.976	2.025	21413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.785	3	34421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.611	5	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.595	24.798	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.524	15	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.658	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	17383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	3285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	23602	0.03
1	2	B	23602	0.03
2	1	A	23263	0.02
2	2	C	23263	0.02
3	1	A	23604	0.02
3	2	D	23604	0.02
4	1	A	23593	0.03
4	2	E	23593	0.03
5	1	B	23275	0.01
5	2	C	23275	0.01
6	1	B	23626	0.01
6	2	D	23626	0.01
7	1	B	23600	0.02
7	2	E	23600	0.02
8	1	C	23290	0.01
8	2	D	23290	0.01
9	1	C	23278	0.02
9	2	E	23278	0.02
10	1	D	23625	0.01
10	2	E	23625	0.01

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	242	-
R_work	0.325	4332	-
obs	-	-	98.22 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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