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- PDB-5d69: Human calpain PEF(S) with (2Z,2Z')-2,2'-disulfanediylbis(3-(6-iod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d69
タイトルHuman calpain PEF(S) with (2Z,2Z')-2,2'-disulfanediylbis(3-(6-iodoindol-3-yl)acrylic acid) bound
要素Calpain small subunit 1
キーワードHYDROLASE / PEF(S) / domain VI / calcium binding domain / cysteine protease / mercaptoacrylic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / Formation of the cornified envelope / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of macroautophagy / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular exosome ...calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / Formation of the cornified envelope / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of macroautophagy / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-57T / Calpain small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Adams, S.E. / Robinson, E.J. / Rizkallah, P.J. / Miller, D.J. / Hallett, M.B. / Allemann, R.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
EPSRC and MRCG0701192 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: Conformationally restricted calpain inhibitors.
著者: Adams, S.E. / Robinson, E.J. / Miller, D.J. / Rizkallah, P.J. / Hallett, M.B. / Allemann, R.K.
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calpain small subunit 1
B: Calpain small subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,67013
ポリマ－40,0332
非ポリマー1,63711
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area16640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.030, 79.650, 57.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 96 - 268 / Label seq-ID: 1 - 173

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Calpain small subunit 1 / Penta EF Short / CSS1 / Calcium-activated neutral proteinase small subunit / CANP small subunit / ...Penta EF Short / CSS1 / Calcium-activated neutral proteinase small subunit / CANP small subunit / Calcium-dependent protease small subunit / CDPS / Calcium-dependent protease small subunit 1 / Calpain regulatory subunit


分子量: 20016.607 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 96-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPNS1, CAPN4, CAPNS / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04632
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-57T / (2E,2'Z)-2,2'-disulfanediylbis[3-(4-iodophenyl)prop-2-enoic acid]


分子量: 610.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H12I2O4S2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% PEG6000, 20 MM CACL2, 50 MM CACODYLATE BUFFER, PH7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→34.47 Å / Num. obs: 31256 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 113627
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.97-2.023.80.8861.4876823250.7160.51999
8.81-34.473.50.03925.912643620.9970.02296.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.97 Å34.47 Å
Translation1.97 Å34.47 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.1データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0124精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→34.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 10.418 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 1482 4.7 %RANDOM
Rwork0.1989 ---
obs0.2006 29754 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.92 Å2 / Biso mean: 49.919 Å2 / Biso min: 29.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å2-0.85 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→34.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 117 115 3038
Biso mean--71.11 50.21 -
残基数----346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9631.9414030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4532.9876215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1415348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.68624.065155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.16215518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0071523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2021.7881392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.21.7871391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9382.671740
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 19780 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 121 -
Rwork0.321 2192 -
all-2313 -
obs--98.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09420.31050.31561.8925-0.5491.4440.1163-0.201-0.18820.1692-0.04630.16210.1828-0.0678-0.070.409-0.03260.01190.3714-0.03740.148313.9202-0.130215.4117
23.0167-0.4461-0.20112.15170.86641.034-0.00040.08550.1243-0.16080.083-0.1025-0.15540.0389-0.08260.3437-0.0395-0.02220.23480.04940.120629.03879.88550.2022
300000000000000-00.5371-0.0786-0.10310.61010.04840.103128.26250.07628.2962
400000000000000-00.6536-0.01910.04970.4950.00690.003921.55958.37825.9153
500000000000000-00.6892-0.0496-0.09740.3671-0.11090.39497.0611-14.68814.3559
600000000000000-00.55520.012-0.03740.4713-0.05490.095319.6981-8.0276.7068
70.21870.87830.17585.44450.2530.26590.12280.0294-0.03960.4273-0.08470.07620.12830.157-0.03820.49910.00660.02910.57020.01030.500114.5527-11.750924.068
800000000000000-00.4222-0.0382-0.19810.5138-0.05260.102723.9198-3.727-12.3207
900000000000000-00.5175-0.0042-0.1040.42490.04010.071818.50085.683-10.1827
1000000000000000-00.39090.0277-0.06350.5411-0.13480.185944.539210.565111.9007
1100000000000000-00.4685-0.03740.00680.26030.01220.066733.75721.6679.2847
1211.20234.18358.274111.448116.753825.0876-0.74280.27050.4411-0.30120.8032-0.1843-0.53940.9981-0.06040.4836-0.0137-0.02030.496-0.02570.473439.92314.846-7.7468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A96 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2B96 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3A301
4X-RAY DIFFRACTION4A302
5X-RAY DIFFRACTION5A303
6X-RAY DIFFRACTION6A304
7X-RAY DIFFRACTION7A401
8X-RAY DIFFRACTION8B301
9X-RAY DIFFRACTION9B302
10X-RAY DIFFRACTION10B303
11X-RAY DIFFRACTION11B304
12X-RAY DIFFRACTION12B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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