PDB-5d5q: HcgB from Methanocaldococcus jannaschii with the pyridinol derive...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d5q

タイトル

HcgB from Methanocaldococcus jannaschii with the pyridinol derived from FeGP cofactor of [Fe]-hydrogenase

要素

Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Guanylyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / Helix hairpin bin / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

資金援助

日本,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Faraday Discuss. / 年: 2017
タイトル: Towards artificial methanogenesis: biosynthesis of the [Fe]-hydrogenase cofactor and characterization of the semi-synthetic hydrogenase.
著者: Bai, L. / Fujishiro, T. / Huang, G. / Koch, J. / Takabayashi, A. / Yokono, M. / Tanaka, A. / Xu, T. / Hu, X. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2015年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年6月14日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5d5q.ent.gz	216.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d5q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5d5q_validation.pdf.gz	480.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d5q_full_validation.pdf.gz	493.6 KB	表示
XML形式データ	5d5q_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	5d5q_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/5d5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/5d5q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5d5pC 3wb0S 3brc 3bw0 PDB 未公開エントリ 3bw1 3bw2 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5czj-2 5d5p-2 5czj-1 4od4-2 3brc-d 4od4-3 4mpq-d 4od5-5 6b4c-10 5d5p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase

B: Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase

C: Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase

D: Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase

ヘテロ分子

76.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase

B: Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase

D: Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase

ヘテロ分子

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38.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.910, 76.500, 65.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.770, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LEU	LEU	chain A	A	A	3 - 159	3 - 159
2	SER	SER	chain B	B	B	3 - 157	3 - 157
3	LEU	LEU	chain C	C	C	3 - 159	3 - 159
4	LEU	LEU	chain D	D	D	3 - 159	3 - 159

#1: タンパク質	Uncharacterized protein MJ0488, Guanylyltransferase / HcgB 分子量: 18871.297 Da / 分子数: 4 / 断片: Rossmann-like domain, residues 1-158 / 変異: I2V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0488 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57912
#2: 化合物	ChemComp-57O / (4,6-dihydroxy-3,5-dimethylpyridin-2-yl)acetic acid 分子量: 197.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 20 % (w/v) PEG8000, 0.2 M magnesium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月7日

放射

モノクロメーター: A double-crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: l,-k,h / Fraction: 0.48

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 20900 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 16.65 / Num. measured all: 69158

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.5-2.6		0.939	0.338	3.98	7981	2338	2331	0.401	99.7
2.6-2.7		0.966	0.244	5.34	6767	2000	1992	0.29	99.6
2.7-2.9		0.976	0.193	6.53	10488	3223	3213	0.232	99.7
2.9-3.1		0.99	0.121	10.21	8499	2492	2474	0.144	99.3
3.1-3.2		0.994	0.084	13.84	3368	976	973	0.099	99.7
3.2-3.3		0.995	0.081	13.22	2979	895	890	0.097	99.4
3.3-3.5		0.995	0.067	14.91	4726	1499	1484	0.081	99
3.5-3.8		0.996	0.054	17.64	4633	1693	1508	0.065	89.1
3.8-4		0.998	0.04	22.8	2829	865	837	0.047	96.8
4-4.3		0.998	0.032	28.75	3335	1025	1012	0.039	98.7
4.3-5.9		0.998	0.028	33.82	8367	2590	2555	0.034	98.6
5.9-8		0.998	0.025	38.79	3045	977	960	0.03	98.3
8-12		0.999	0.02	54.1	1503	469	463	0.023	98.7
	12	0.999	0.022	52.33	638	215	208	0.026	96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WB0

3wb0

解像度: 2.5→48.237 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.81 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	1049	5.02 %
R_work	0.2064	19836	-
obs	0.2075	20900	98.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.23 Å² / B_iso mean: 61.5988 Å² / B_iso min: 5.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→48.237 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4920	0	56	56	5032
B_iso mean	-	-	45.78	36.24	-
残基数	-	-	-	-	626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	6690
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	804
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	834
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.436	2014

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2967	X-RAY DIFFRACTION	10.15	TORSIONAL
1	2	B	2967	X-RAY DIFFRACTION	10.15	TORSIONAL
1	3	C	2967	X-RAY DIFFRACTION	10.15	TORSIONAL
1	4	D	2967	X-RAY DIFFRACTION	10.15	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5009-2.6327	0.3073	149	0.2981	2821	2970	95
2.6327-2.7977	0.3204	151	0.2897	2869	3020	95
2.7977-3.0136	0.2637	150	0.2514	2855	3005	95
3.0136-3.3168	0.2681	151	0.2438	2858	3009	95
3.3168-3.7965	0.2543	141	0.2202	2676	2817	89
3.7965-4.7822	0.1987	150	0.1567	2850	3000	93
4.7822-43.1124	0.193	153	0.1727	2907	3060	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9011	0.1828	2.4416	6.2646	2.2395	2.0096	-0.3538	0.7488	0.4662	-0.6389	0.2296	-0.0795	-0.4595	0.9845	0.1656	0.418	-0.0755	0.1531	0.3859	0.1142	0.5168	27.3288	0.6624	12.6862
2	2.5561	0.6581	3.9712	5.1997	3.7697	2.2504	-0.3826	0.4755	0.5449	-0.5689	0.2151	0.145	-0.4004	0.3481	0.4054	0.733	-0.1619	0.0576	0.4703	0.1107	0.4814	20.1837	-1.1047	1.7746
3	3.0821	0.2225	-1.3006	3.1894	-2.2699	9.1852	0.1233	0.664	-0.3446	-0.7073	0.1999	0.6935	0.7855	0.4797	0.0242	1.0038	-0.0764	-0.0946	0.3153	-0.051	0.6735	10.475	-14.5856	-6.7302
4	0.7485	0.2215	0.1971	3.2167	-0.6218	1.4947	-0.4883	0.1836	0.4673	-0.6977	-0.0834	-0.1645	-0.2667	1.1031	0.1777	0.9804	0.0431	-0.1879	-1.0468	0.1204	0.5571	10.9915	-13.677	1.9179
5	2.2887	0.1486	1.4347	2.2788	-0.5735	1.1415	-0.4327	0.887	0.2459	-0.709	-0.1957	0.1282	-0.1454	-0.9076	0.2029	1.0246	0.0859	-0.1719	-0.3297	0.1365	0.6164	4.3087	-6.5466	0.176
6	1.965	0.8722	0.0991	5.0486	0.1535	1.3741	-0.0408	0.7595	0.7373	-0.7813	0.0138	0.4452	-0.3032	-0.4405	0.2758	1.2867	-0.0686	-0.4468	-0.0105	0.0644	0.7982	7.0702	-1.3797	-6.6742
7	3.3616	-1.7575	-1.0932	4.7513	3.4967	4.1027	0.1802	-0.1929	-0.118	0.2413	0.2416	0.7713	0.0886	-0.7643	-0.0247	0.4977	-0.003	0.3136	0.7223	-0.0602	0.5278	-6.9075	-22.3027	11.1975
8	0.293	-0.6346	-0.6397	5.0999	0.9973	1.6894	0.333	0.1236	0.2307	0.0664	-0.6152	0.7475	-0.034	-1.265	0.2681	0.3497	0.0185	-0.0083	0.717	-0.189	0.7252	-7.1282	-9.219	12.7606
9	6.4379	5.0327	-1.6078	7.1266	1.9061	8.0605	-0.8625	-0.2984	2.264	-0.4593	-0.1456	1.0971	-1.5452	-0.4863	1.0943	0.6496	0.0869	-0.0861	0.3725	-0.1601	0.9924	-2.7852	9.0596	19.8725
10	7.3663	-2.4005	0.833	1.4602	1.1494	2.9331	0.3622	-0.3989	-0.0336	0.4321	-0.2738	0.3087	0.1091	0.1377	-0.146	0.7215	-0.0498	0.4017	0.3287	-0.1103	0.8114	1.8122	2.9799	26.3158
11	9.9046	0.4092	-8.4136	5.3482	-3.0614	8.7431	-0.0271	-0.0615	-0.2302	0.419	-0.252	-0.1343	0.3333	0.1885	0.27	0.3029	0.053	0.0488	0.3709	-0.107	0.3963	11.9172	-5.0675	19.8264
12	9.9838	3.0146	-4.4879	6.5037	-2.6652	7.9911	-0.5506	-0.8745	0.5156	0.5165	-0.4892	0.9362	-1.0872	-0.748	0.1553	0.1972	0.4911	0.4094	-0.6957	-0.7235	0.4004	2.5396	-2.4858	20.8936
13	1.9766	-0.9777	1.0222	6.188	-0.4347	5.5164	-0.383	-0.2859	0.1656	-0.2549	-0.2085	0.5757	-0.2569	-0.6717	0.2798	0.2055	-0.0317	0.0005	0.3445	-0.0894	0.4472	5.6299	-4.8176	13.6292
14	6.9637	3.2238	-5.5069	1.5897	-2.7124	4.6524	0.5102	-0.4413	1.6889	0.1883	-0.3147	0.9465	-0.779	0.1549	-0.0966	0.6695	-0.0242	-0.2223	0.3461	-0.0576	0.7278	7.5473	7.0803	8.0747
15	3.5455	-1.9611	-1.809	7.387	0.2687	4.4403	0.3292	0.1721	0.4491	-0.0301	-0.2383	0.5873	-0.5011	-0.1044	-0.0093	0.787	0.072	-0.2126	0.3447	-0.1452	0.9637	-3.1633	3.7684	8.5688
16	9.1834	2.8942	-2.5145	4.8161	-3.0318	9.087	-0.1241	-0.4793	0.4146	1.5567	-0.0374	-0.0533	-0.512	-0.3656	0.1327	0.9182	0.1144	-0.1582	0.2963	-0.0252	0.5736	10.3965	-6.7326	34.7744
17	6.9858	7.2549	-2.118	8.8028	-3.0852	2.4283	0.6077	-0.516	-0.0357	1.4059	-0.4596	0.208	0.4324	0.0429	-0.1549	0.9523	-0.129	-0.1208	0.3087	0.0044	0.699	13.1676	-14.7073	38.4078
18	3.697	-0.178	-2.3709	5.4552	-0.7776	5.9901	0.692	-0.2953	-0.2128	0.9842	-0.1168	0.4856	0.0637	-0.3446	-0.3999	0.683	-0.1812	0.1586	0.4299	0.0327	0.7298	-0.3295	-29.6562	25.9917
19	2.4015	0.2942	-0.7037	4.4947	-2.1083	3.6916	0.6961	-0.2194	-0.257	0.9311	-0.0631	0.0317	0.5275	-0.2248	-0.2246	0.8675	-0.1415	-0.0454	0.2764	-0.0828	0.693	3.1491	-32.7229	22.0595
20	4.0542	0.3104	-0.5101	1.5492	-0.8572	2.2121	0.6561	-0.165	0.0175	0.5899	-0.2375	0.2772	0.1775	-0.1793	-0.3627	0.6446	-0.0259	0.0165	0.2397	-0.0212	0.5167	7.825	-25.5183	19.9179
21	8.7737	-2.7863	-0.9932	6.111	-0.7716	6.3313	0.5867	-0.1351	0.0062	0.4222	-0.3643	0.8875	-0.1661	-0.2896	-0.4555	0.5067	-0.1351	0.131	0.3268	-0.0682	0.4672	10.0735	-21.9435	26.8694
22	8.579	0.8923	-2.1542	7.6465	-1.3367	2.0109	0.0548	-0.2625	-1.1066	0.5213	-0.1063	0.0868	1.2613	0.0695	0.1241	0.974	0.1656	-0.3443	0.1094	-0.0949	0.8649	21.2872	-40.306	18.185
23	4.5727	-0.1972	-2.3044	2.3121	-0.0438	4.8222	0.4676	-0.6966	-0.9618	1.1477	-0.0988	0.4897	1.09	0.1345	-0.0592	0.8955	-0.2243	-0.1014	0.3361	0.1276	0.5949	13.4037	-34.444	30.9752
24	2.4581	-1.3878	2.1177	0.9997	-0.7639	2.2839	0.8436	0.8134	-0.5232	0.0396	-0.0389	-0.2492	1.1491	0.3976	-0.6133	0.9119	0.1374	-0.0869	0.2362	-0.1334	0.6716	21.6189	-31.6833	5.1756
25	8.3417	-2.0908	-0.1907	7.9425	-0.721	2.0692	-0.1011	0.0043	0.6979	0.9114	0.7279	-1.4984	-0.0602	0.5323	-0.6306	0.4517	0.0909	-0.075	0.4747	-0.1684	0.9217	37.3558	-17.7295	22.2303
26	7.9214	-3.4645	-2.3015	3.8224	1.399	0.6872	0.4561	-0.4308	0.4526	0.4735	-0.0461	-1.3597	-0.2544	0.7892	-0.7708	0.6086	-0.1476	0.0592	0.9127	0.1088	0.5663	27.9442	-10.1915	21.8096
27	3.7111	0.1282	-0.5562	6.7561	0.3791	4.7868	-0.1968	0.704	-0.3799	0.0559	-0.1353	-1.0075	0.221	0.3585	0.226	0.2582	-0.0136	0.2077	0.3818	-0.0529	0.5195	24.334	-16.7074	19.0811
28	4.1347	-1.5751	-1.4155	6.7017	2.217	5.584	-0.0304	-0.8068	-0.3481	1.8334	0.2359	-0.5899	1.1762	0.8525	-0.0363	0.922	0.0592	-0.1637	0.3505	0.023	0.5871	29.4517	-25.8652	30.2758

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 16 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 47 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 81 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 118 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 119 through 138 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 139 through 159 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 16 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 17 through 47 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 48 through 61 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 62 through 74 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 75 through 93 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 94 through 104 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 105 through 122 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 123 through 141 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 142 through 157 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 3 through 16 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 17 through 36 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 37 through 47 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 48 through 81 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 82 through 118 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 119 through 129 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 130 through 138 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 139 through 159 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 3 through 36 )	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 37 through 61 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 62 through 81 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 82 through 129 )	D
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 130 through 159 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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