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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d4n
タイトルStructure of CPII bound to ADP, AMP and acetate, from Thiomonas intermedia K12
要素Nitrogen regulatory protein P-II
キーワードSIGNALING PROTEIN / carbon regulatory PII protein / CPII / nitrogen regulatory PII protein / nucleotide binding / ADP hydrolysis / bicarbonate binding / acetate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Nitrogen regulatory protein P-II
類似検索 - 構成要素
生物種Thiomonas intermedia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
Model detailsnitrogen regulatory PII superfamily protein
データ登録者Wheatley, N.M. / Ngo, J. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: A PII-Like Protein Regulated by Bicarbonate: Structural and Biochemical Studies of the Carboxysome-Associated CPII Protein.
著者: Wheatley, N.M. / Eden, K.D. / Ngo, J. / Rosinski, J.S. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Collazo, M. / Hoveida, H. / Hubbell, W.L. / Yeates, T.O.
履歴
登録2015年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogen regulatory protein P-II
B: Nitrogen regulatory protein P-II
C: Nitrogen regulatory protein P-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7457
ポリマ－35,8533
非ポリマー8934
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.530, 75.410, 79.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nitrogen regulatory protein P-II


分子量: 11950.863 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiomonas intermedia (strain K12) (バクテリア)
株: K12 / 遺伝子: Tint_0114 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5X329
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.9
詳細: 0.1 M acetate pH 4.6, 30% PEG 2000, 0.2 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→54.73 Å / Num. obs: 41577 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.01 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 21.38 / Num. measured all: 267556
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.6-1.640.7020.8521.9119026306229840.92797.5
1.64-1.680.8340.6482.6820034295929550.70299.9
1.68-1.730.9120.4773.5919178288028790.517100
1.73-1.790.9480.3584.7918670282728270.388100
1.79-1.850.9690.2656.2617172271027060.28899.9
1.85-1.910.980.2068.7615908263426120.22599.2
1.91-1.980.9870.15712.1516926257725510.1799
1.98-2.060.9940.10715.8716635244724440.11599.9
2.06-2.160.9950.08619.6715880236723660.093100
2.16-2.260.9960.07622.8413775224422230.08399.1
2.26-2.380.9980.05726.1212960215021450.06299.8
2.38-2.530.9980.0531.6413518204120410.054100
2.53-2.70.9990.04436.3613096193919380.04899.9
2.7-2.920.9990.03841.9811792179117890.04299.9
2.92-3.20.9990.03346.5910295166416600.03699.8
3.2-3.570.9990.02949.088396151315050.03299.5
3.57-4.130.9990.02756.788485134913460.02999.8
4.13-5.050.9990.02359.447242115711530.02599.7
5.05-7.150.9990.02154.752169169090.02399.2
7.150.9990.02259.7733525445440.024100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.6 Å54.73 Å
Translation1.6 Å54.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.10.0精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D4L

5d4l


解像度: 1.6→54.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9492 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9364 / SU R Cruickshank DPI: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.093 / SU Rfree Blow DPI: 0.09 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.09
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2346 2095 5.05 %RANDOM
Rwork0.2115 ---
obs0.2127 41508 99.69 %-
原子変位パラメータBiso max: 111.71 Å2 / Biso mean: 35.51 Å2 / Biso min: 17.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.194 Å20 Å20 Å2
2---0.6952 Å20 Å2
3---2.8892 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.247 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→54.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2215 0 58 103 2376
Biso mean--24.96 38.37 -
残基数----293
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d816SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes46HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes372HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2354HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion302SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2739SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2354HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3193HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.44
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 151 4.99 %
Rwork0.2408 2875 -
all0.2402 3026 -
obs--99.69 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.0277 Å / Origin y: 16.8396 Å / Origin z: -20.7775 Å
111213212223313233
T-0.1058 Å2-0.0115 Å2-0.0037 Å2--0.084 Å20.0158 Å2---0.0811 Å2
L1.017 °20.0927 °2-0.1181 °2-2.2799 °20.6414 °2--1.7369 °2
S0.0296 Å °-0.0595 Å °-0.0022 Å °0.005 Å °-0.0469 Å °0.063 Å °0.0638 Å °-0.0807 Å °0.0173 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }A3 - 107
2X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }B4 - 103
3X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }C4 - 108
4X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }D1 - 2
5X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }E1 - 104
6X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }F1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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