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- PDB-5d4l: Structure of the apo form of CPII from Thiomonas intermedia K12, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d4l
タイトルStructure of the apo form of CPII from Thiomonas intermedia K12, a nitrogen regulatory PII-like protein
要素Nitrogen regulatory protein P-II
キーワードSIGNALING PROTEIN / carbon regulatory PII protein / CPII / nitrogen regulatory PII protein / nucleotide binding / ADP hydrolysis / bicarbonate binding / acetate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogen regulatory protein PII / P-II protein family profile. / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrogen regulatory protein P-II
類似検索 - 構成要素
生物種Thiomonas intermedia (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
Model detailsnitrogen regulatory PII superfamily protein
データ登録者Wheatley, N.M. / Ngo, J. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: A PII-Like Protein Regulated by Bicarbonate: Structural and Biochemical Studies of the Carboxysome-Associated CPII Protein.
著者: Wheatley, N.M. / Eden, K.D. / Ngo, J. / Rosinski, J.S. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Collazo, M. / Hoveida, H. / Hubbell, W.L. / Yeates, T.O.
履歴
登録2015年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogen regulatory protein P-II
B: Nitrogen regulatory protein P-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9362
ポリマ－25,9362
非ポリマー00
水39622
1
A: Nitrogen regulatory protein P-II

A: Nitrogen regulatory protein P-II

A: Nitrogen regulatory protein P-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9043
ポリマ－38,9043
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area13540 Å2
手法PISA
2
B: Nitrogen regulatory protein P-II

B: Nitrogen regulatory protein P-II

B: Nitrogen regulatory protein P-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9043
ポリマ－38,9043
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.690, 82.690, 31.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Nitrogen regulatory protein P-II


分子量: 12967.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiomonas intermedia (strain K12) (バクテリア)
株: K12 / 遺伝子: Tint_0114 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5X329
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 20% PEG 3500, 0.15 M LD Malic Acid pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→71.61 Å / Num. obs: 10491 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 16.96 / Num. measured all: 121103
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.3-2.3610.50.8490.6983.2476668137470.73391.9
2.36-2.420.9090.634.186917877270.65892.4
2.42-2.490.9350.5584.4582627117080.58399.6
2.49-2.570.9390.4855.1885257557390.50797.9
2.57-2.650.9440.4535.881397216800.47394.3
2.65-2.750.9650.3846.5678686746730.40299.9
2.75-2.850.9710.3118.0976176826570.32596.3
2.85-2.970.9790.25910.0272276196080.27198.2
2.97-3.10.9880.20212.5468956056030.21199.7
3.1-3.250.9940.14816.6468495995780.15596.5
3.25-3.420.9950.12320.1564265565560.128100
3.42-3.630.9970.09924.2357125074930.10497.2
3.63-3.880.9980.07630.858615125120.08100
3.88-4.190.9980.06933.1652724634550.07298.3
4.19-4.590.9990.0541.2246324164120.05399
4.59-5.140.9990.04546.3444293823820.047100
5.14-5.930.9990.0636.5638673383350.06399.1
5.93-7.260.9980.0673532222792780.07199.6
7.26-10.270.9990.04349.726532312300.04599.6
10.270.9990.03855.512901191180.0499.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å71.61 Å
Translation3.82 Å71.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CZ4

2cz4


解像度: 2.3→35.806 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 524 5 %
Rwork0.1773 9963 -
obs0.1801 10487 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.02 Å2 / Biso mean: 34.0123 Å2 / Biso min: 16.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→35.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1474 0 0 22 1496
Biso mean---33.7 -
残基数----194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081506
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2282038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.401538
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.52830.29481290.22342443257295
2.5283-2.8940.26791300.22122468259897
2.894-3.64560.27731310.18192500263199
3.6456-35.81020.17931340.14672552268699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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