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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5d4k | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the human polymeric Ig receptor (pIgR) ectodomain | |||||||||
![]() | Polymeric immunoglobulin receptor | |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Ig Super Family (IgSF) / polymeric Ig-binding protein / mucosal immunity / Secretory Component | |||||||||
機能・相同性 | ![]() polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / polymeric immunoglobulin binding / secretory IgA immunoglobulin complex / Fc receptor signaling pathway / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / azurophil granule membrane / receptor clustering / epidermal growth factor receptor signaling pathway / receptor complex ...polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / polymeric immunoglobulin binding / secretory IgA immunoglobulin complex / Fc receptor signaling pathway / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / azurophil granule membrane / receptor clustering / epidermal growth factor receptor signaling pathway / receptor complex / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stadtmueller, B.M. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure and dynamics of secretory component and its interactions with polymeric immunoglobulins. 著者: Stadtmueller, B.M. / Huey-Tubman, K.E. / Lopez, C.J. / Yang, Z. / Hubbell, W.L. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 398.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 331.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 2 - 549 / Label seq-ID: 2 - 549
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61483.004 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain (UNP residues 19-565) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.38 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris pH 5.5, 31% Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.599→39.623 Å / Num. all: 49242 / Num. obs: 49242 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 51.53 Å2 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.058 / Net I/av σ(I): 11.696 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 145998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1XED 解像度: 2.599→36.984 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 28.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 271.63 Å2 / Biso mean: 69.2157 Å2 / Biso min: 22.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.599→36.984 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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