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万見
- PDB-5d3z: Crystal structure of the thioesterase domain of deoxyerythronolid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d3z
タイトルCrystal structure of the thioesterase domain of deoxyerythronolide B synthase in complex with a small phosphonate inhibitor
要素Erythronolide synthase, modules 5 and 6
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / Thioesterase domaine Alpha / beta hydrolase fold deoxyerythronolide B synthase Allyl phosphonate inhibitor / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Thioesterase / Thioesterase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension ...Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Thioesterase / Thioesterase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-ylphosphonic acid / Erythronolide synthase EryA3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bergeret, F. / Argyropoulos, P. / Boddy, C.N. / Schmeing, T.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP 106615 カナダ
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: Towards a characterization of the structural determinants of specificity in the macrocyclizing thioesterase for deoxyerythronolide B biosynthesis.
著者: Argyropoulos, P. / Bergeret, F. / Pardin, C. / Reimer, J.M. / Pinto, A. / Boddy, C.N. / Schmeing, T.M.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 2.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythronolide synthase, modules 5 and 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1824
ポリマ－28,7811
非ポリマー4003
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.544, 112.544, 42.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Erythronolide synthase, modules 5 and 6 / 6-deoxyerythronolide B synthase III / DEBS 3 / ORF 3


分子量: 28781.148 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 2904-3172 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
遺伝子: eryA / プラスミド: pBacP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q03133, 6-deoxyerythronolide-B synthase
#2: 化合物 ChemComp-57H / prop-2-en-1-ylphosphonic acid / アリルホスホン酸


分子量: 122.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O3P
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Na-cacodylate, 35-38% polyethylene glycol (PEG) 300, 0.18-0.24 M Ca-acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月2日 / 詳細: Rigaku Varimax-HF
放射モノクロメーター: Rigaku Varimax-HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→32.15 Å / Num. obs: 18469 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000706データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000706データ削減
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KEZ

1kez


解像度: 2.1→32.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.298 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1904 932 5.1 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs0.171 17518 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.68 Å2 / Biso mean: 17.466 Å2 / Biso min: 7.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.05 Å2-0 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→32.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1964 0 21 210 2195
Biso mean--34.68 27.76 -
残基数----263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1441.9612807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75734341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9025267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.0522.70685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.44115283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0891517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8771.6281065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8471.6261064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4762.4331333
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.144 73 -
Rwork0.154 1267 -
all-1340 -
obs--99.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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