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- PDB-5d3q: Dynamin 1 GTPase-BSE fusion dimer complexed with GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d3q
タイトルDynamin 1 GTPase-BSE fusion dimer complexed with GDP
要素Dynamin-1,Dynamin-1
キーワードHYDROLASE / Fusion protein / GTPase / Endocytosis
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin coat assembly involved in endocytosis / vesicle scission / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / presynaptic endocytic zone membrane / dynamin GTPase / chromaffin granule / regulation of vesicle size / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Retrograde neurotrophin signalling / Formation of annular gap junctions ...clathrin coat assembly involved in endocytosis / vesicle scission / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / presynaptic endocytic zone membrane / dynamin GTPase / chromaffin granule / regulation of vesicle size / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Retrograde neurotrophin signalling / Formation of annular gap junctions / endosome organization / Gap junction degradation / photoreceptor ribbon synapse / membrane coat / Recycling pathway of L1 / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / endocytic vesicle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / MHC class II antigen presentation / photoreceptor inner segment / receptor-mediated endocytosis / cell projection / modulation of chemical synaptic transmission / protein homooligomerization / receptor internalization / endocytosis / : / GDP binding / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / microtubule binding / protein homotetramerization / microtubule / GTPase activity / glutamatergic synapse / synapse / GTP binding / protein kinase binding / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain ...Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Dynamin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Anand, R. / Eschenburg, S. / Reubold, T.F.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the GTPase domain and the bundle signalling element of dynamin in the GDP state.
著者: Anand, R. / Eschenburg, S. / Reubold, T.F.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Data collection
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynamin-1,Dynamin-1
B: Dynamin-1,Dynamin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0656
ポリマ－77,0542
非ポリマー1,0114
水10,971609
1
A: Dynamin-1,Dynamin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0323
ポリマ－38,5271
非ポリマー5052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dynamin-1,Dynamin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0323
ポリマ－38,5271
非ポリマー5052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.220, 49.960, 82.520
Angle α, β, γ (deg.)99.40, 87.18, 105.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Dynamin-1,Dynamin-1


分子量: 38527.035 Da / 分子数: 2
断片: UNP residues 5-320, 726-746,UNP residues 5-320, 726-746
由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence contains residues 5-320 and 726-746 of human dynamin 1. The very N-terminus contains a glycine residue from the TEV cleavage step. The two dynamin fragments are connected by a ...詳細: The sequence contains residues 5-320 and 726-746 of human dynamin 1. The very N-terminus contains a glycine residue from the TEV cleavage step. The two dynamin fragments are connected by a linker sequence of eight residues (KHGTDSRV).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNM1, DNM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q05193, dynamin GTPase
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Before crystallization set-ups, GG1 at a concentration of 10 mg/ml was supplemented with 2 mM GDP and 2 mM MgCl2 and incubated for 1 h on ice. GG1GDP was crystallized by hanging drop vapour ...詳細: Before crystallization set-ups, GG1 at a concentration of 10 mg/ml was supplemented with 2 mM GDP and 2 mM MgCl2 and incubated for 1 h on ice. GG1GDP was crystallized by hanging drop vapour diffusion mixing 1.5 ul protein solution with 1.5 ul reservoir solution containing 0.1 M Tris (pH 8.0), 26 % PEG 3350 and 0.2 M NaSCN. The drops were equilibrated against 700 ul of reservoir.
PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.626 Å / Num. obs: 72213 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.63 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 10.75
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.85 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 96.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2x2e

2x2e


解像度: 1.7→47.626 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2055 3611 5 %Random selection
Rwork0.1727 ---
obs0.1744 72207 97.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5134 0 64 609 5807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6583346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008945
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72240.26571390.20692642X-RAY DIFFRACTION96
1.7224-1.7460.25881340.21052538X-RAY DIFFRACTION96
1.746-1.77090.24681370.20122603X-RAY DIFFRACTION96
1.7709-1.79730.24711360.19642599X-RAY DIFFRACTION96
1.7973-1.82540.23251380.19472616X-RAY DIFFRACTION96
1.8254-1.85540.25671380.18382620X-RAY DIFFRACTION96
1.8554-1.88740.21591340.1812552X-RAY DIFFRACTION97
1.8874-1.92170.23181420.18192690X-RAY DIFFRACTION97
1.9217-1.95860.18791330.17952538X-RAY DIFFRACTION96
1.9586-1.99860.23851400.17812657X-RAY DIFFRACTION97
1.9986-2.04210.23241360.18132579X-RAY DIFFRACTION97
2.0421-2.08960.2241390.18262644X-RAY DIFFRACTION97
2.0896-2.14180.21851370.17552596X-RAY DIFFRACTION97
2.1418-2.19970.20431400.17652653X-RAY DIFFRACTION97
2.1997-2.26450.22291370.17782608X-RAY DIFFRACTION98
2.2645-2.33760.21891400.17412661X-RAY DIFFRACTION97
2.3376-2.42110.21761380.17812620X-RAY DIFFRACTION97
2.4211-2.5180.22271390.17222639X-RAY DIFFRACTION98
2.518-2.63260.23321420.1742709X-RAY DIFFRACTION99
2.6326-2.77140.21291420.17712691X-RAY DIFFRACTION100
2.7714-2.9450.22091400.17822673X-RAY DIFFRACTION100
2.945-3.17240.22151430.18112702X-RAY DIFFRACTION100
3.1724-3.49150.18831400.17392658X-RAY DIFFRACTION100
3.4915-3.99650.16841430.15732720X-RAY DIFFRACTION100
3.9965-5.03430.16961410.14672683X-RAY DIFFRACTION100
5.0343-47.64470.17931430.16822705X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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