PDB-5d3j: First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD33

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d3j

タイトル

First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD33

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / Gene regulation / Bromodomain / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / : / histone reader activity / condensed nuclear chromosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Huegle, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
著者: Hugle, M. / Lucas, X. / Weitzel, G. / Ostrovskyi, D. / Breit, B. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Gunther, S. / Wohlwend, D.

履歴

登録	2015年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d3j.cif.gz	72.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d3j.ent.gz	53.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d3j_validation.pdf.gz	738.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d3j_full_validation.pdf.gz	739.7 KB	表示
XML形式データ	5d3j_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	5d3j_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d3j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d24C 5d25C 5d26C 5d3hC 5d3lC 5d3nC 5d3pC 5d3rC 5d3sC 5d3tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uvx-d 4cfl-d 4lyw-d 5d26-d 4o7e-1 7c2z-d 4bw4-d 5d3h-d 4mr3-d 5ovb-1 5cfw-d 6z7m-d 6mh7-1 5ei4-d 6fsy-d 4o75-d 6ckr-2 5nnc-1 5oww-3 4clb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.290, 49.520, 58.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15012.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-168 / 変異: T43M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-L33 / 4-acetyl-N-[3-(diethylsulfamoyl)phenyl]-3-ethyl-5-methyl-1H-pyrrole-2-carboxamide 分子量: 405.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₇N₃O₄S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Hepes, magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→32.6 Å / Num. obs: 14195 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / R_merge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2017 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
iMOSFLM		データ削減

精密化

解像度: 1.7→32.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 4.509 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20554	1296	10 %	RANDOM
R_work	0.17712	-	-	-
obs	0.17989	11689	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.711 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→32.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1055	0	28	148	1231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.355	1.998	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.377	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.157	26.071	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.215	15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.089	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.022	903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.393	0.899	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.659	1.342	659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.748	1.033	624
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.396	9.362	4997
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	82	-
R_work	0.274	851	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.5708	-1.6854	-8.1836	7.3062	0.4843	9.1287	0.0261	0.4228	-0.0573	0.0749	-0.0638	0.1553	0.1849	-0.5247	0.0377	0.0385	-0.0133	-0.0291	0.0638	0.006	0.0437	-0.3993	60.5266	7.6339
2	4.4113	-0.4581	-3.9817	0.0597	0.5273	11.2071	0.0533	0.4202	0.7322	0.0011	-0.0947	-0.05	-0.7724	-0.5671	0.0413	0.1162	-0.0462	-0.0223	0.2027	-0.0074	0.2141	9.5418	56.9483	-6.1771
3	0.6529	0.1285	1.5156	2.3747	-2.2175	8.4189	-0.0165	0.1363	-0.1465	-0.1216	0.0237	-0.0881	0.2094	0.2847	-0.0072	0.0426	-0.0013	0.0186	0.033	-0.0334	0.0685	22.4216	50.3333	2.3599
4	7.5937	-1.254	-0.1237	2.1331	0.1375	2.5532	0.0243	-0.1726	-0.3344	0.1453	0.0048	-0.0144	0.2874	0.0215	-0.0291	0.0544	0.0019	-0.003	0.0047	0.0094	0.0214	13.096	51.3738	18.494
5	6.6962	3.2275	-4.2758	4.7473	-2.3069	6.0885	0.0146	0.0556	0.018	0.1922	0.0467	0.317	-0.2137	-0.2861	-0.0613	0.0348	0.0221	0.0078	0.0698	0.0013	0.0404	-0.4991	64.9383	17.3845
6	2.725	-1.0963	-2.6656	0.566	1.6087	5.037	0.0224	0.0949	0.0042	-0.0355	0.0027	0.0006	-0.0855	0.0043	-0.0252	0.0285	-0.0328	-0.015	0.0427	0.0174	0.0096	14.4467	57.629	6.0896
7	1.4618	0.0876	1.8401	2.8834	-0.6588	5.2373	0.0006	-0.1666	0.0189	0.2063	-0.024	-0.0093	-0.0426	-0.028	0.0234	0.0209	-0.0046	-0.0038	0.056	-0.0012	0.0019	10.91	65.1614	24.186
8	11.512	-2.8212	-7.8916	3.8548	1.4535	9.7059	0.0191	-0.1738	0.1631	0.0421	0.1168	-0.3046	-0.0346	0.3428	-0.1359	0.0412	-0.0069	-0.0376	0.0566	-0.0012	0.055	23.524	57.438	18.3874
9	4.2414	-0.4712	1.0415	5.0978	1.3469	8.982	-0.2262	0.2108	-0.0785	-0.3625	-0.1746	-0.0672	0.4583	0.3307	0.4008	0.1457	-0	0.0106	0.1645	0.0041	0.1861	30.5806	54.8874	3.7331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	57 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	70 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	87 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	104 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	134 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	151 - 162
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	163 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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