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万見
- PDB-5d3i: Crystal structure of the SSL3-TLR2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d3i
タイトルCrystal structure of the SSL3-TLR2 complex
要素
  • Staphylococcal Superantigen-Like protein 3
  • Toll-like receptor 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Superantigens / Superantigen-like proteins / SSL / SSL3 / Toll-like Receptor 2 / TLR2 / TLR6 / Immunology / Inflammation / Inhibition / Lipopeptide / phosphatidylcholine / PC / immune evasion / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


diacyl lipopeptide binding / Beta defensins / triacyl lipopeptide binding / positive regulation of neutrophil migration / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide ...diacyl lipopeptide binding / Beta defensins / triacyl lipopeptide binding / positive regulation of neutrophil migration / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to bacterial lipopeptide / lipoteichoic acid binding / negative regulation of synapse assembly / Regulation of TLR by endogenous ligand / response to molecule of fungal origin / response to peptidoglycan / regulation of dendritic cell cytokine production / positive regulation of xenophagy / positive regulation of interleukin-18 production / xenophagy / negative regulation of actin filament polymerization / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / neutrophil migration / cellular response to peptidoglycan / negative regulation of interleukin-12 production / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of interleukin-17 production / microglia development / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of macrophage cytokine production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of phagocytosis / leukocyte migration / pattern recognition receptor activity / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of chemokine production / ERK1 and ERK2 cascade / nitric oxide biosynthetic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of cytokine production / positive regulation of interleukin-1 beta production / learning / response to bacterium / defense response / positive regulation of interleukin-6 production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / amyloid-beta binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / membrane raft / innate immune response / external side of plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Toll-like receptor / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain ...Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Toll-like receptor / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / TIR domain / Leucine Rich repeat / Enterotoxin / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Staphylococcal superantigen-like 3 / Toll-like receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Feitsma, L.J. / Huizinga, E.G.
資金援助 オランダ, 3件
組織認可番号国
Netherlands Organization for Scientific ResearchECHO Grant 700.58.006 オランダ
Netherlands Organization for Health Research and DevelopmentZonMw Grant 205200004 オランダ
Dutch Top Institute Pharma ProjectD1-101 オランダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural basis for inhibition of TLR2 by staphylococcal superantigen-like protein 3 (SSL3).
著者: Koymans, K.J. / Feitsma, L.J. / Brondijk, T.H. / Aerts, P.C. / Lukkien, E. / Lossl, P. / van Kessel, K.P. / de Haas, C.J. / van Strijp, J.A. / Huizinga, E.G.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22015年9月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 2
B: Staphylococcal Superantigen-Like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1566
ポリマ－86,6882
非ポリマー1,4684
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area34210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.198, 104.198, 153.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Toll-like receptor 2


分子量: 63839.773 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-589 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tlr2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-EBNA1-S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9QUN7
#2: タンパク質 Staphylococcal Superantigen-Like protein 3


分子量: 22848.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAOUHSC_00386 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta-gami / 参照: UniProt: Q2G0X7

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / DOPC


分子量: 787.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PCB, PEG1500 / PH範囲: 5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→52.1 Å / Num. obs: 14687 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.225 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSMarch 2013データ削減
Aimless1.7.6データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TLR2, SSL3

解像度: 3.2→52.099 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 697 4.78 %Random
Rwork0.2308 ---
obs0.2327 14583 93.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→52.099 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5885 0 86 0 5971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1998225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1482286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054954
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051034
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.44710.3571460.35012812X-RAY DIFFRACTION95
3.4471-3.79390.3641430.29122862X-RAY DIFFRACTION97
3.7939-4.34270.27661450.22942797X-RAY DIFFRACTION94
4.3427-5.47040.21671440.19262780X-RAY DIFFRACTION93
5.4704-52.10590.23211190.18362635X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3166-0.29921.50231.8609-0.45433.8451.04630.1676-1.43750.0904-0.1604-1.03051.56161.22781.96361.09560.5172-0.34411.0655-0.0651.331527.37495.08142.0196
27.5393-2.88462.54194.8226-2.91065.82140.276-0.7359-0.73560.17930.3317-0.13450.83470.02160.99590.55690.0262-0.02240.51150.19790.49394.756714.702-1.3176
33.39460.7791-2.48567.8467-0.1866.4492-0.1268-0.16840.5126-0.43710.10820.50560.1323-0.688-0.26640.5038-0.01680.04580.39550.04330.3492-3.491729.4781-14.4205
47.08551.96531.6862.00060.15233.8754-0.22980.63760.34950.07070.0416-0.2379-0.11820.8733-0.06540.38730.0350.07030.51710.20150.513721.999247.6699-25.9604
51.125-0.85780.87680.8819-0.09651.7342-0.1104-1.3626-0.748-0.03390.2291-0.91260.14881.280.01590.5819-0.0479-0.02181.54030.43071.485350.187842.478-15.4302
65.2608-2.9381-0.09663.69480.77710.8109-0.4305-0.97320.6459-0.0228-0.11891.48830.4042-1.8179-0.12520.6124-0.26690.01151.12610.14120.6029-29.692637.878-41.8451
75.139-2.0963-2.46965.27686.10798.26840.82171.0036-0.89740.4064-1.90120.98810.7738-0.485-1.71780.7911-0.0002-0.31710.59910.07890.755-5.96835.4062-40.5031
84.92550.11293.37291.52730.33721.9162-0.08770.5902-0.2735-0.26770.22840.22280.10070.328-0.00160.5456-0.0083-0.03750.58910.11690.5952-10.261237.6539-40.8185
95.2204-2.36521.59037.83144.87195.87050.20450.84780.18650.30840.721-1.44640.02180.79262.2550.5209-0.0267-0.00070.53760.04270.4794-6.726442.9528-43.5175
104.1394-0.82372.50911.48460.52127.1228-0.0775-0.3717-0.1686-0.69210.05320.20250.5222-0.5782-0.010.3723-0.0984-0.04920.70010.09140.6045-15.862540.2186-41.2233
117.9191.32981.44350.8937-0.50671.9016-0.05540.4710.880.7981.1551.9467-0.7912-1.36841.9480.44090.1975-0.05391.23860.19421.2917-39.399851.1233-53.0525
121.0519-0.63011.50282.5755-0.43651.59210.28391.28340.62320.0968-0.70660.4203-0.5361-1.19530.12831.00860.2407-0.02111.4397-0.13910.7923-30.990355.3566-49.5372
134.66512.6183-0.18525.8729-0.80136.3674-0.0758-0.29020.14780.05750.02090.34180.3322-0.93040.00040.4938-0.01320.0280.6950.00650.5128-27.734345.3789-52.4823
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1B257 - 326
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 146 through 240 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 241 through 344 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 345 through 538 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 539 through 575 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 137 through 152 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 153 through 167 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 168 through 189 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 190 through 202 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 203 through 228 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 229 through 243 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 244 through 256 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 257 through 326 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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