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- PDB-5d2q: Crystal structure of STPR from Bombyx Mori in complex with 20-bp ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d2q
タイトルCrystal structure of STPR from Bombyx Mori in complex with 20-bp DNA derived from +290 site of the fibroin gene
要素
  • DNA (40-MER)
  • Fibroin-modulator-binding protein-1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Protein-DNA complex / All a-helix DNA major groove binding / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性: / STPRs (score and three amino acid peptide repeats) / DNA / DNA (> 10) / Fibroin-modulator-binding protein-1
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori (カイコ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cheng, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structures of an all-alpha protein running along the DNA major groove.
著者: Yu, L.Y. / Cheng, W. / Zhou, K. / Li, W.F. / Yu, H.M. / Gao, X. / Shen, X. / Wu, Q. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroin-modulator-binding protein-1
B: DNA (40-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3562
ポリマ－24,3562
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.890, 45.890, 240.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Fibroin-modulator-binding protein-1 / Uncharacterized protein


分子量: 12047.971 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 99-193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: fmbp-1, Fmbp-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5FBS0
#2: DNA鎖 DNA (40-MER)


分子量: 12307.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22% PEG 3350, 16% Glycerol,0.2 M ammonium citrate pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 10911 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 12.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.4→45.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 24.299 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29595 523 4.8 %RANDOM
Rwork0.24671 ---
obs0.24915 10310 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.413 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.64 Å20 Å2-0 Å2
2--2.64 Å2-0 Å2
3----5.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→45.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数584 814 0 37 1435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0141510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7921.4652205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2732407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.569577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.4182029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.41215107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5691513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1154.473311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0724.472310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.5896.672387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.5976.678388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7013.8851199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6983.8841198
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.9125.7911818
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.69534.2572006
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.69334.2171996
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 37 -
Rwork0.429 724 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.828134.5053-4.205686.2-10.49831.280.772-0.31721.34371.1025-0.58953.5384-0.15520.0855-0.18250.74060.089-0.4450.3039-0.23370.59230.52277.369-58.5095
23.6088-4.0961-8.57844.6569.739820.3959-0.19430.2681-0.19140.2041-0.25090.22450.4827-0.63640.44510.2962-0.1321-0.01750.31950.15860.33684.9485-2.4915-55.1175
310.2971-21.4837-12.261546.340620.903929.18150.86920.2408-0.1515-1.8855-0.13450.5716-0.4083-1.3427-0.73470.4517-0.0212-0.15240.1032-0.02220.442110.4318-8.7994-45.8296
40.1397-0.2682-0.068913.12795.59295.193-0.06830.04140.1516-0.59640.236-0.4678-0.11090.2822-0.16770.2092-0.00140.03080.1210.01130.26613.55285.0276-39.1613
58.69544.88660.9522.76180.51381.24820.02110.20720.2318-0.01230.07360.1372-0.0750.0151-0.09470.13620.0763-0.01460.1069-0.00020.2266-1.4515.0754-32.0824
66.12830.99715.21391.7439-1.27887.33280.3557-0.35360.03710.1988-0.4599-0.00490.16030.17780.10420.1844-0.04560.02740.2067-0.04320.3393-11.2146-1.174-22.4203
72.83940.2758-2.22731.15351.26214.74160.03070.16250.3514-0.03060.0679-0.02020.2494-0.2229-0.09860.24360.0357-0.00260.13660.00920.2338-2.28166.6372-29.4965
80.49060.1426-0.67513.81640.65828.1210.04140.11390.31180.06290.4479-0.19690.47970.1593-0.48920.2740.0120.06010.23860.02540.226512.67728.5664-53.3718
91.70340.1492-1.21651.70760.96946.71180.0428-0.0190.16840.10840.0386-0.07480.3055-0.3201-0.08140.08870.00060.00630.08990.01010.2287-5.84917.4338-23.5729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A113 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2A117 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3A124 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4A129 - 144
5X-RAY DIFFRACTION5A145 - 168
6X-RAY DIFFRACTION6A169 - 189
7X-RAY DIFFRACTION7B-20 - -3
8X-RAY DIFFRACTION8B-2 - 7
9X-RAY DIFFRACTION9B8 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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