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- PDB-5d2l: Crystal structure of TCR C7 in complex with HCMV NLV epitope pres... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d2l
タイトルCrystal structure of TCR C7 in complex with HCMV NLV epitope presented by HLA-A2
要素
  • ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL
  • Beta-2-microglobulin
  • C7 TCR alpha chain
  • C7 TCR beta chain
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / HCMV / HLA-A2 / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tegument / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...viral tegument / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / structural constituent of virion / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL82/UL83 / Betaherpesvirus UL82/83 protein N terminus / dUTPase-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Herpesvirus UL82/UL83 / Betaherpesvirus UL82/83 protein N terminus / dUTPase-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / 65 kDa phosphoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Cytomegalovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.511 Å
データ登録者Gao, M. / Mariuzza, R.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI036900 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Clonal Diversity of the Public T Cell Response to a Dominant Human Cytomegalovirus Epitope.
著者: Yang, X. / Gao, M. / Chen, G. / Pierce, B.G. / Lu, J. / Weng, N.P. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2015年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
I: C7 TCR alpha chain
J: C7 TCR beta chain
Q: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL
G: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
K: C7 TCR alpha chain
L: C7 TCR beta chain
U: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL
M: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
N: Beta-2-microglobulin
O: C7 TCR alpha chain
P: C7 TCR beta chain
T: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL
C: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: C7 TCR alpha chain
F: C7 TCR beta chain
R: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,15920
ポリマ－381,15920
非ポリマー00
水97354
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
I: C7 TCR alpha chain
J: C7 TCR beta chain
Q: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2905
ポリマ－95,2905
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
K: C7 TCR alpha chain
L: C7 TCR beta chain
U: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2905
ポリマ－95,2905
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
N: Beta-2-microglobulin
O: C7 TCR alpha chain
P: C7 TCR beta chain
T: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2905
ポリマ－95,2905
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: C7 TCR alpha chain
F: C7 TCR beta chain
R: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2905
ポリマ－95,2905
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.760, 366.643, 151.948
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-305-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 16分子 AGMCBHNDIKOEJLPF

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31985.398 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質
C7 TCR alpha chain


分子量: 22930.268 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
#4: タンパク質
C7 TCR beta chain


分子量: 27551.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 58分子 QUTR

#5: タンパク質・ペプチド
ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL


分子量: 943.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cytomegalovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P18139*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 400, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 53000 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 86.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.208 / Χ2: 1.067 / Net I/av σ(I): 10.917 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 399727
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
3.5-3.567.60.93726180.8760.3640.807100
3.56-3.637.60.85525910.9020.3320.8161000.917
3.63-3.697.60.80126160.8820.3110.8371000.86
3.69-3.777.60.64126530.920.2490.8351000.688
3.77-3.857.60.58925920.9370.2280.8821000.632
3.85-3.947.60.49726240.9510.1920.8721000.533
3.94-4.047.60.40926360.9660.1590.8981000.439
4.04-4.157.60.35826370.9790.1390.9271000.384
4.15-4.277.60.29926210.9790.1160.9841000.321
4.27-4.417.60.25126260.9850.0981.0381000.27
4.41-4.577.60.22226370.9850.0861.0651000.238
4.57-4.757.60.19226400.9890.0751.1051000.207
4.75-4.977.60.18126460.990.071.1831000.195
4.97-5.237.60.18526480.9890.0721.1951000.199
5.23-5.557.60.18526620.9890.0721.251000.199
5.55-5.987.50.18226480.9870.0711.2531000.195
5.98-6.587.50.15526870.9910.0611.1781000.167
6.58-7.537.50.10726850.9970.0421.1711000.115
7.53-9.487.40.06727130.9980.0261.3891000.072
9.48-5070.04928200.9990.021.6699.60.053

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GSN, 4OZF

3gsn

4ozf


解像度: 3.511→49.512 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3546 2699 5.1 %Random selection
Rwork0.2697 50201 --
obs0.2739 52900 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 194.07 Å2 / Biso mean: 80.2544 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.511→49.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25218 0 0 54 25272
Biso mean---78 -
残基数----3198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00925892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.58535141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0713727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1549187
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.511-3.57490.37381340.30242369250390
3.5749-3.64360.38971350.31725872722100
3.6436-3.7180.38811510.306826202771100
3.718-3.79880.37331220.305826772799100
3.7988-3.88710.34311460.305926022748100
3.8871-3.98430.38311450.292626402785100
3.9843-4.09190.361610.287726042765100
4.0919-4.21230.37961380.282826552793100
4.2123-4.34820.35921410.262926162757100
4.3482-4.50350.31451530.257126242777100
4.5035-4.68370.31661490.243326292778100
4.6837-4.89670.33721340.241326982832100
4.8967-5.15460.28591420.243326222764100
5.1546-5.47710.3521320.272126752807100
5.4771-5.89940.39411230.268726872810100
5.8994-6.49190.40021420.298126852827100
6.4919-7.42860.36641430.284427012844100
7.4286-9.34890.34511680.259226912859100
9.3489-49.51660.36261400.242819295999

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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