PDB-5d25: First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD27

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d25

タイトル

First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD27

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / Gene regulation / Inhibitor / bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Huegle, M. / Gerhardt, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
著者: Hugle, M. / Lucas, X. / Weitzel, G. / Ostrovskyi, D. / Breit, B. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Gunther, S. / Wohlwend, D.

履歴

登録	2015年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d25.cif.gz	70.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d25.ent.gz	51.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d25.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d25_validation.pdf.gz	735.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d25_full_validation.pdf.gz	735.7 KB	表示
XML形式データ	5d25_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	5d25_validation.cif.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d25	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d24C 5d26C 5d3hC 5d3jC 5d3lC 5d3nC 5d3pC 5d3rC 5d3sC 5d3tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d3h-d 5a85-d 6lg4-d 4hbx-d 4bw2-d 6mau-d 5y94-d 3uvx-d 6vuc-d 6v1l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.360, 49.810, 58.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15012.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-168 / 変異: T43M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-56M / 4-acetyl-N-[5-(diethylsulfamoyl)-2-hydroxyphenyl]-3,5-dimethyl-1H-pyrrole-2-carboxamide 分子量: 407.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₅N₃O₅S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Hepes

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→39.4 Å / Num. obs: 12993 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / R_merge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1872 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→37.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.492 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19573	1272	9.8 %	RANDOM
R_work	0.17481	-	-	-
obs	0.17682	11677	99.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.734 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.09 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→37.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1037	0	40	103	1180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.229	2.006	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.283	5	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.144	25.849	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.236	15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.976	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.022	880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.257	0.887	515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.416	1.328	649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.469	1.014	626
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.315	9.131	4921
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	85	-
R_work	0.274	846	-
obs	-	-	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7148	-2.1884	-6.62	7.7865	0.6071	9.8229	0.2528	0.084	0.0737	-0.0123	0.0026	0.1717	-0.0014	-0.3309	-0.2555	0.0719	-0.0056	-0.0469	0.0772	0.0063	0.0536	-0.6609	61.0255	7.9354
2	4.4413	-0.107	0.8595	0.8248	-0.224	6.1039	-0.0442	0.2961	0.0267	-0.1314	-0.0058	-0.0012	0.1385	0.1646	0.05	0.0718	-0.0163	-0.0026	0.0268	-0.0001	0.0533	18.458	52.742	0.198
3	2.4661	-1.2482	-0.0183	3.0432	-0.3781	1.9834	0.0025	-0.1903	-0.0684	0.0974	0.0013	0.054	0.0156	-0.1397	-0.0038	0.0158	-0.0206	-0.0047	0.0486	0.0113	0.0046	6.4699	58.3632	17.4768
4	4.1191	-0.4543	-2.7604	0.892	0.9563	4.6545	0.0051	0.149	-0.0888	-0.0309	0.0755	0.0442	0.0021	-0.0803	-0.0806	0.0134	-0.0111	-0.0153	0.0211	0.0116	0.0271	14.9616	56.2713	3.3676
5	0.4611	-0.4404	0.1014	2.1283	0.6035	1.8566	-0.0155	-0.1584	0.0206	0.2899	0.0353	-0.1064	0.0022	-0.0359	-0.0198	0.0541	-0.0183	-0.0133	0.0655	-0.0001	0.0365	12.8966	63.9264	21.1317
6	10.9286	-2.4774	-8.6091	4.385	2.0152	8.7152	0.0463	0.1794	0.0165	-0.1105	-0.0423	-0.4775	-0.0924	0.3655	-0.004	0.0539	-0.0363	-0.0276	0.1634	0.0034	0.1136	26.6673	56.1656	14.0054

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	107 - 127
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	128 - 153
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	154 - 166

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