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- PDB-5d23: The crystal structure of STPR from Bombyx mori in complex with 13... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d23
タイトルThe crystal structure of STPR from Bombyx mori in complex with 13-bp DNA derived from the +290 site of fibroin gene
要素
  • DNA (26-MER)
  • Fibroin-modulator-binding protein-1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Protein-DNA complex / All a-helix / Major groove binding pattern / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性: / STPRs (score and three amino acid peptide repeats) / DNA / DNA (> 10) / Fibroin-modulator-binding protein-1
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori (カイコ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Cheng, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structures of an all-alpha protein running along the DNA major groove.
著者: Yu, L.Y. / Cheng, W. / Zhou, K. / Li, W.F. / Yu, H.M. / Gao, X. / Shen, X. / Wu, Q. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2015年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroin-modulator-binding protein-1
B: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0322
ポリマ－20,0322
非ポリマー00
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.180, 123.180, 73.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-211-

HOH

21A-229-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fibroin-modulator-binding protein-1 / Uncharacterized protein


分子量: 12047.971 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 99-193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: fmbp-1, Fmbp-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5FBS0
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7984.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG4000, 20% 2-propanol, 0.1M sodium citrate pH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 15446 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 12.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.95→27.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.537 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23192 774 5 %RANDOM
Rwork0.20483 ---
obs0.20616 14672 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.583 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å2-0.45 Å20 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3---2.92 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→27.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数508 527 0 92 1127
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0151101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2991.5251587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.20931884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.221563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.06417.625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9441591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5071514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.583.086255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5673.077254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5034.609317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.54.618318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6412.7845
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6422.701844
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5334.0251270
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.31724.7871481
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.16124.1631432
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 59 -
Rwork0.277 1081 -
obs--99.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
148.2355-18.162657.177892.4499-55.781781.4850.9237-0.0584-0.7491-3.1082-0.5631-1.07392.23170.2263-0.36061.07550.37780.41461.518-0.27270.554514.405-21.089-23.012
29.6927.88285.311713.9488-2.26878.6799-0.14740.9157-0.667-0.5975-0.1898-1.31230.34731.34090.33720.1264-0.03890.220.407-0.07240.416713.841-19.894-17.212
313.27347.1572-10.73599.37692.828522.14380.0381-0.9466-0.95240.0778-0.6066-0.65890.07360.60370.56860.0242-0.03270.06470.18570.03170.30079.048-18.234-7.35
417.0245-7.2829-2.125812.2314-4.44044.1897-0.0842-0.6528-0.4750.8496-0.2568-0.5137-0.47450.55870.3410.2025-0.2038-0.0940.29990.05960.11251.248-16.4672.376
58.37961.83386.82995.07910.57328.8279-0.0707-0.44640.1254-0.2114-0.27120.1066-0.5653-0.00720.34180.2339-0.10890.00520.1345-0.03630.1309-6.326-13.308-7.841
67.20066.35963.153910.51211.635317.3867-0.77750.13080.4303-0.98040.40250.4703-0.82770.55110.3750.5227-0.058-0.2170.03660.0310.239-16.208-13.974-23.446
72.0197-0.591.971414.1372-5.6053.7355-0.36990.11130.1807-1.03640.3540.41390.0484-0.02970.01580.3639-0.0852-0.08950.0946-0.00520.1358-18.523-22.563-25.155
81.276-3.0822.197522.564-6.25347.1684-0.1599-0.03320.02890.33730.2733-0.47860.01840.1583-0.11340.17850.022-0.02370.1028-0.05210.0674-13.601-33.545-19.978
95.60184.44791.07553.85890.79911.7013-0.37080.2232-0.3133-0.54340.3081-0.2707-0.1080.26240.06270.2279-0.10390.03620.1975-0.07560.1558-5.331-19.127-14.499
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A127 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2A130 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3A135 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4A143 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5A149 - 163
6X-RAY DIFFRACTION6A164 - 172
7X-RAY DIFFRACTION7A173 - 178
8X-RAY DIFFRACTION8A179 - 190
9X-RAY DIFFRACTION9B-17 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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